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网文转:石正丽和中共的败笔 — RaTG13
作者:USMedEdu
发表时间:2020-05-11
更新时间:2020-05-11
浏览:185次
评论:0篇
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石正丽和中共的败笔 — RaTG13
(这是对我之前文章的一个更新,刚刚发表在了GNEWS: https://gnews.org/zh-hans/192182/。很
遗憾GNEWS版里面有一些编辑错误,所以我把原文在这儿再贴一遍。假如您已经看过我之前的文
章的话,非常抱歉,这里有一些重复,请您跳过第一部分“谁敢在这个问题上撒谎”。谢谢!)

武汉冠状病毒(SARS-CoV-2, 2019nCoV, the CCP virus)到底源自哪里?很多的科研文章似乎都
认可它来自于大自然,是进化的结果。事实真的是这样吗?这些科研成果真的可靠吗?我先不说我
的看法,只提醒大家先注意一点,所有持这个观点的论文其判断都是基于一个证据: 一个名为
RaTG13的病毒序列。

从病毒的“血缘”上讲,RaTG13是最接近武汉冠状病毒的,两者的全基因序列的96%完全相同。如果
说RaTG13是自然产生的病毒,那么武汉冠状病毒当然也完全可能出于自然,而且两者之间必然在
不久之前有一个共同的祖先。

问题是,这个RaTG13病毒并不存在。关于它存在的证据 --- 它的基因序列 --- 是伪造的。

这么说的根据在哪儿?基因序列也能伪造吗?谁这么大胆敢瞒天过海?这些问题都合情合理。咱们
去每个问题上深究一下,然后看看这个说法到底靠不靠谱儿。

谁敢在这个问题上撒谎?

RaTG13的序列是由武汉病毒所和P4实验室的石正丽博士发现并报道的。石博士是中国首屈一指的
冠状病毒专家。她有个众所周知的外号,叫“蝙蝠女侠”。这是因为她的团队一直以来经常去偏远的
山洞里捕捉蝙蝠,然后从蝙蝠身上检测甚至分离出冠状病毒。按照公开的说法,她们研究的目的是
希望能提早发现可能感染人的冠状病毒,从而帮助人们在未来避免像SARS那样的健康灾难。

然而,具有讽刺意味的是,现实中所发生的似乎与之正好相反。从武汉疫情爆发刚一开始,就不停
的有人怀疑是石正丽人工制造了这个病毒,并有意或无意地把它释放了出去。石一直是最大的,甚
至唯一的嫌疑人。有意思的是,在一月23日,当这样的质疑声马上要冲破屋顶的时候,石向自然杂
志(Nature)投稿并最终发表了一篇论文(1)。在文章里她将当时刚刚公开不久的武汉冠状病毒的
序列与其它beta类冠状病毒的序列做了比较,并由此描绘了武汉冠状病毒的可能进化路径。文章里
同时报道了一个全新的蝙蝠的冠状病毒,就是我们前面提到的RaTG13。因为RaTG13与武汉冠状病
毒有非常之高的一致性,石的这一“发现”可以说在很大程度上压制了,或者说缓和了,外界对病毒
为人造的质疑。

论文中描述说,RaTG13是早在2013年在云南发现的。根据可靠的消息来源,石正丽跟几个人分别
承认过,她手中并没有真正的RaTG13的毒株。据她说,她的实验室当年是从云南的蝙蝠的粪便中
分析基因片段,从而寻找可能存在的冠状病毒时发现的这个RaTG13的基因。用稍微通俗点儿的话
说,事实上她是没有实物证据能证明RaTG13存在的,她只有这个病毒的基因序列,也就是一个由
ATCG四个字母以各种方式组合出来的长链。

这个序列可不可能被伪造呢?这个其实再容易不过了。让一个人坐那儿往一个word文档里打字就可
以了。一共不到3万个字母,不到一天就完活儿了。要是你还有一个模版序列,它和你想要得到的序
列有96%是一模一样的,那这个工作就要更容易一千倍了。新序列打完之后,只要上传到网上公开
的基因数据库就可以了。和大众对这件事的印象不同,序列上传的过程中并没有什么严格的审核。
这方面完全依赖科学家们的职业操守,或者说良知。成功上传了的序列就可以被公开引用,并拿来
分析数据和发表文章了。

那么,现在的问题就是,这样一个RaTG13的序列能不能拿来当作证据呢?别忘了,这个事很核心
的一点就是到底是不是石正丽本人制造了这个病毒。假如真是人为制造的话,那么这可以说是人类
有史以来最大的犯罪,而石是这里唯一最大的嫌疑人。这种情况下,石是不是有为自己掩盖罪行的
动机呢?假如她在自证清白时所用的证据不过是她刚刚在word文档中打出来的一连串字母,法官,
陪审团,受害者,或者任何人应不应该认可这样的证据呢?

RaTG13如果真实存在的话绝不应该被石正丽忽视七年之久

好,我们现在再换一个角度看。这个RaTG13病毒的序列是很震撼的:它显示这个病毒完全具有感
染人类的可能。

在beta类冠状病毒的spike蛋白的前半段(S1)中有一段关键序列,叫做RBD。这个RBD就决定了
次病毒的spike能否结合人体受体蛋白ACE2以及此病毒能否侵染人类。石正丽团队的一个常规流程
是,当样本采集完成并确定有冠状病毒存在之后,他们会第一时间检查这个病毒的RBD序列。假如
发现这个新病毒的RBD序列与SARS的RBD序列有高的相似性(这个情况其实很罕见),团队就激
动甚至热血沸腾了。这是因为他们发现了真有可能侵染人的动物病毒。当然,这也意味着高影响因
子的科研论文已经在向他们招手了。

在2013年,也就是RaTG13被发现的同一年,石正丽成为了冠状病毒领域的科研明星。原因就是她
发现了两个蝙蝠冠状病毒(Rs3367,SHC014),其RBD序列与SARS病毒的RBD非常相似。这个
发现首次揭示,2003年肆虐的SARS冠状病毒其实源自蝙蝠。文章被发表在了学术界至高无上的
《自然》(Nature)杂志(2)。在那之后,石的团队又陆续发表了其他的文章,介绍了他们后期发
现的,含有类似RBD序列的蝙蝠冠状病毒(3,4)。

这个RBD序列长什么样呢?图1是SARS冠状病毒的RBD和石正丽发表在顶级杂志上的蝙蝠冠状病毒
的RBD序列的比对(2-4)。相对于SARS(最上面的序列),很多蝙蝠冠状病毒(图1的下半部
分)的RBD中有相当的序列缺失。这种差异也决定了这些蝙蝠冠状病毒很可能不会感染人。与之相
对的是,图1中上半部分的病毒不但没有序列缺失,而且在与ACE2结合的五个关键位点上与SARS
有一定程度的相似。这组“光鲜亮丽”的病毒是被业界公认的突破性的发现。

Picture
图1. SARS(SARS_GZ02),RaTG13,和石正丽在2013-2017年间发表在顶级杂志(2-4)中的蝙
蝠冠状病毒的RBD序列的比对。上方红色数字标示的是被石正丽特别关注的,与ACE2结合至关重
要的五个位点(2)。序列比对用的是MultAlin webserver
(http://multalin.toulouse.inra.fr/multalin/)。

那么,2013年发现的RaTG13和这些石正丽的宝贝病毒们比怎么样?

从序列上看,RaTG13无疑是属于“光鲜亮丽”那一组的,甚至是出类拔萃的。在长度上,它非常完
整。虽然有一个氨基酸的插入,但其插入的是对序列变化容忍度较高的位置,理论上不影响功能。
更重要的一点是,RaTG13在关键位置上的氨基酸的“保存”上做的好于大多数,甚至是所有的其他蝙
蝠冠状病毒。在442位,RaTG13的“L”应该是最接近SARS的“Y”的(两者都是疏水的)。在472位,
RaTG13是唯一一个拥有和SARS一样的“L”的蝙蝠病毒。虽然在另外三个位置上,RaTG13和SARS
的氨基酸并不完全一致,但氨基酸的性质也都相近,理论上不会对功能产生过于负面的影响(事实
上,最近刚刚发表的一篇文章通过实验印证了RaTG13的RBD确实能结合人体的ACE2(5)。注:
这个工作中所用的RaTG13基因是化学合成出来的)。

作为一个冠状病毒领域的顶级专家,石正丽只要瞥一眼RaTG13的RBD序列就会立马意识到这个病
毒和SARS很像,很可能可以结合人体ACE2,所以它非常可能具有感染人的能力。如果石正丽实验
室真如她们自我标榜的那样,其研究的目的就是希望通过对蝙蝠的冠状病毒的充分了解达到能够预
警人类的作用,防止类似SARS那样的健康灾难的发生,那么本着这样的心态,石正丽怎么会在七
年之间似乎完全忽视了一个像RaTG13这样的病毒呢?她怎么能忍七年而不发表这个惊人的发现,
反而去发表很多“相貌”不如RaTG13的病毒呢?为什么只是在武汉疫情爆发之后,当人们开始怀疑武
汉病毒的来源的时候,石突然决定发表这个RaTG13的序列呢?

所有这些都不符合常理。这些事实放在一块儿只能让人更加地怀疑石正丽。她或者直接参与了制造
这个病毒,或者在帮忙掩盖真相,或是两者兼而有之。

当然,这些事实也极大地支持了我们的判断:这个RaTG13病毒是捏造的;它只在《自然》中存
在,而在真实的大自然中并不存在。

RaTG13的spike的基因序列中留有人为操作的明显证据

在仔细分析这一点之前,我们需要先了解一下自然进化中的一个特点。

在基因(由碱基组成)被翻译成蛋白(由氨基酸组成)时,每三个连续的碱基形成一个密码子
(codon),而每一个位置上的密码子决定了在对应的蛋白位置上是哪一个氨基酸(图2)。反过来
说,一个氨基酸一般对应四个密码子,有的氨基酸会对应的多点儿个,有的少一两个(这里有更细
致的解释:https://passel2.unl.edu/view/lesson/3ccee8500ac8/6)。怎么理解呢?这就是说,假如
基因里有一个碱基出现单点突变的话,它所在的密码子肯定变了,但是这个密码子所对应的氨基酸
不是一定发生变化,因为新的密码子也许对应的还是原来的氨基酸。氨基酸不发生变化的碱基突变
被称作同义突变(synonymous mutation),而导致氨基酸变化的碱基突变被称作非同义突变
(non-synonymous mutation)。当自然进化以随机变异的方式进行时,平均来说,每6个碱基突变
会导致1个氨基酸的变化。或者说,同义突变与非同义突变的比例大概是5:1。

Picture
图2. 密码子与氨基酸对应关系 (原图来自:
https://passel2.unl.edu/view/lesson/3ccee8500ac8/6)

了解了这个进化的特点之后,我们先来看一个自然进化的例子。在图3A里,我们比较了亲缘关系很
近的两个蝙蝠冠状病毒,ZC45和ZXC21(6),从它们的spike的基因序列比对中得到了同义突变和
非同义突变的情况。绿线所显示的是,当按着序列顺序检查每个密码子的时候,同义突变的增加情
况。红线显示的是非同义突变随序列顺序而增加的情况。和预期的一样,同义变异明显多于非同义
变异。很关键的一点是,两个曲线有明显的相关性:它们差不多同时上升也同时趋于平缓。而且,
在序列的差不多任意一个位置,累计的同义突变与非同义突变的比例基本都在5:1左右。就像我们在
上面提到的,这样的特点是与两个病毒为近亲而序列间之不同来源于自然变异的事实相一致的。
Picture
图3. 不同病毒的spike序列比对和同义突变(绿线)/非同义突变(红线)分析揭示出人为操作的明
显痕迹。A. 比较两个出于自然的,有近亲关系的蝙蝠冠状病毒,ZC45(MG772933)和
ZXC21(MG772934)。B. 比较武汉冠状病毒(NC_045512)和RaTG13(MN996532)。此两者
间的突变情况明显违背自然进化的规律。序列比对由EMBOSS Needle完成。同义和非同义突变的
分析采用了来自 www.hiv.lanl.gov的SNAP软件(7)。

同样的比较如果发生在RaTG13和武汉冠状病毒之间呢?这个自然进化的特征是否也存在呢?答案
是不存在。

图3B就是这样的比较。你首先可能会注意到的一点就是,在序列的后半段,当绿线还在稳定上升的
时候,红线基本持平。注意,这段序列有700多个氨基酸(相当于2100多碱基),其长度是有绝对
的统计意义的。而在这一区间内,两条曲线的协同性完全消失了。神奇的是,假如你只看最终的同
义突变数和非同义突变数的话,其比例居然还是基本符合5:1这个自然进化的规律的。

好,我们再拿出一些更具体的数字,来更好的感受一下这里面的特异之处。现在我们只看spike的后
半段,就是S2蛋白,其区间是从684左右到1273(按照武汉冠状病毒的序列)。仔细分析之后我们
可以发现,在ZC45和ZXC21之间,S2上有32个碱基突变,其中5个导致了蛋白突变。或者说碱基序
列中有27个同义突变和5个非同义突变。如前所述,这是与自然进化相一致的:每6个碱基变化导致
1个氨基酸突变,或者说同义突变和非同义突变的比例为5:1。于此形成强烈对比的是,在同样的S2
上,武汉冠状病毒和RaTG13之间有90个碱基突变,却仅有2个氨基酸突变。这里,每45个碱基突变
对应1个氨基酸突变,同义突变和非同义突变的比例为44:1。

需要强调一下,ZC45和ZXC21之间全序列一致性为~97%,其程度与武汉冠状病毒和RaTG13之间
的全序列一致性基本一样。所以,以上的对比是非常合适的,其结果也是很有说服力的。

假如一个人在研究武汉冠状病毒和RaTG13病毒间序列的差异时仅仅计算了spike序列的整体的同义
突变和非同义突变的比例,那么他/她会发现这里似乎一切正常,并无可疑之处。可是,假如他/她分
析出如图3中那样的细节的话,那任何有头脑的人都会得出同一个结论:这绝对不正常。

怎么解释这个发现呢?一个符合逻辑的说法就是,武汉冠状病毒和RaTG13病毒两者之间至少有一
个是非天然的。假如一个天然的,那另一个一定不是。当然,也有可能两者都不是。

假如武汉冠状病毒是非天然的,那咱们的结论就出来了,不必进一步推理了。

事实上,作为生物武器的武汉冠状病毒也完全可能“看”起来是天然的,因为它最有可能就是在一个
天然的冠状病毒的模版上做了细微的改造后而制成的。这样的一来的话,我们就可以推断:
RaTG13是非天然的。这也就和我们这篇文章的其他分析吻合了:这个RaTG13病毒并不存在,它的
序列是捏造的。

石正丽在伪造RaTG13的序列的时候怎么会出现这样的败笔呢?我在前面说,照着一个模版序列可
以很容易编造出一个96%一致性的新病毒序列。但是,在整个基因组里完美地呈现合理的同义突变
和非同义突变的比例不是容易做到的。在这个过程中不出现纰漏应该是很难的。从石的角度来说,
她必须先照顾spike的前半段,就是S1,因为里面有最关键的RBD。她必须在里面做足够的文章,
因为那是会被人们最仔细检查的。可是她很可能在改编S1序列的过程中“消耗”了太多的非同义突
变,所以为了给整个spike基因维持一个合理的同义突变和非同义突变的比例,她不得不严格限制了
S2里非同义突变的数目以致“拉平”了图3B中的红色曲线。造假最后一定会露馅儿的。

石正丽和中共捏造这个RaTG13的更深一层原因

希望读到这儿的朋友现在和我一样确信这个RaTG13的序列是伪造的。在这个前提下,我们第一个
要做的就是把所有以它为论据而宣扬武汉冠状病毒来源于自然的科研论文扔进垃圾桶。经过这么清
理之后,你会发现最后一个也没剩下。

然后,我们可以回过头看一看,在RaTG13之外,其它的病毒哪个与武汉冠状病毒最相似。事实
上,最接近武汉冠状病毒的就是我们在前面图3里提到的ZC45和ZXC21,或者叫舟山蝙蝠病毒(发
现于浙江舟山)。两者都和武汉冠状病毒有非常高的相似性:蛋白序列95%一致,基因序列89%一
致。这个一致性中有一点尤其令人生疑,就是当几乎所有蛋白间的一致性都达到95%,甚至100%
时,决定病毒宿主S1蛋白的一致性却只有69%。我在之前的一篇文章里仔细分析了这里面的细节,
揭示了这个诡异的一致性分布为什么说明武汉冠状病毒一定是用舟山蝙蝠病毒为模版而制造的生物
武器(https://nerdhaspower.weebly.com/article-in-chinese; 另:“冠军的亲爹”对此原文的解读:
https://gnews.org/zh-hans/169331/)。

需要提到的是,舟山蝙蝠病毒是由中共的一个军事实验室发现并发表的(6)。就是说全世界只有中
共手里有这个模版病毒。知道了这一点之后你也许就能更充分地理解中共捏造RaTG13的良苦用心
了。揭掉了RaTG13这层画皮之后,一切不是过于明显了吗?

最后,我要再补充一个很重要的,我之前的文章里没有的证据。这是一位在我的文章后留言的朋友
发现和分析的,我认为是证明武汉冠状病毒为人造的有力证据。

Beta类冠状病毒的E蛋白是一个结构蛋白,参与构造病毒的表膜。E蛋白是完全可以接受氨基酸变异
的,这点在SARS和蝙蝠冠状病毒中都被验证了。然而,从疫情爆发之初分离到的武汉冠状病毒序
列来看,它的E蛋白的氨基酸序列与舟山蝙蝠病毒的E蛋白序列100%一致(图4)。而最近得到的武
汉冠状病毒的序列显示,在一些新病毒中,E蛋白已经出现变异了。如图4所示,在4月份上传的某
些序列里已经观察到在四个不同位点的突变。需要说明的一点是,E蛋白基本不需要和宿主蛋白作
用,因此不存在为了适应新宿主而必须变异的压力。所以E蛋白不但能够容忍突变,而且它的突变
频率在不同宿主间是基本恒定的。可以说,目前武汉冠状病毒在经过短短两个月的人传人之后,E
蛋白出现变异的现象是符合它本身的特点的。与此对照,两个遗传上明显距离更远的舟山蝙蝠病毒
和武汉冠状病毒,它们的E蛋白却100%一致,一个点的变异都没发生。可以非常肯定地说,这不可
能是自然进化的结果。

最合理的解释:武汉冠状病毒是用舟山蝙蝠病毒为模版而制造的生物武器。

Picture
图4. 舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒的E蛋白序列比对揭示武汉冠状病毒来自人造。早期的武汉冠状
病毒的E蛋白与舟山蝙蝠病毒的E蛋白100%一致,而近期分离的样本显示病毒的E蛋白在人体中已经
在四个位点出现变异。病毒的Genbank序列编号:Feb_11: MN997409, April_9: MT300186,
Apr_13: MT326139, Apr_15_A: MT263389, Apr_15_B: MT293206, Apr_17: MT350246。

补充(5月10日):
这个补充是由Viennah K. Erchus朋友建议的,目的是进一步的佐证E蛋白是容易并普遍地接纳氨基
酸变异的。如图5中所示,在E蛋白的序列的不同位点上都可以出现变化,有的是单个氨基酸的变
异,有的是插入/缺失。此种现象既在SARS中存在,也在蝙蝠冠状病毒中存在。这明确地显示了E
蛋白对氨基酸变异有相当的倾向性和包容性,以及这些特性在不同beta类冠状病毒中的普遍存在。
与此特性相悖的就是,尽管舟山蝙蝠病毒和武汉冠状病毒在遗传上明显相距更远,两者却在E蛋白
上100%一致。就像上面说到的那样,这不可能是天然进化的结果。这进一步支持我们通过其他证据
而得到的结论:武汉冠状病毒是以舟山蝙蝠病毒为模版而人工制造的。
Picture
图5. 武汉冠状病毒(Wuhan-Hu-1)、SARS冠状病毒(SARS_GD01, SARS_ExoN1,
SARS_TW_GD1, SARS_Sino1_11)以及蝙蝠冠状病毒(Bat_AP040581.1, RsSHC014, SC2018,
Bat_NP_828854.1, BtRs-BetaCoV/HuB2013, BM48-31/BGR/2008)的E蛋白序列比对。Viennah
K. Erchus提供并细致地准备了这些序列。


作者注释和致谢:
本文是对我之前的一个文章中有关的RaTG13部分的重塑
(https://nerdhaspower.weebly.com/article-in-chinese),其中增加了两处重要的分析。第一处新增
的是对RaTG13的spike的基因序列中同义突变和非同义突变的分析。这个现象最早由Elannor D.
Allens发现并分析的,Elannor把这个发现分享在了我之前文章的留言区。用两个舟山蝙蝠病毒间的
同义突变和非同义突变作为自然变异的例子是由“冠军的亲爹”建议的。第二处新增的是对新近武汉
冠状病毒中E蛋白出现变异的分析。这最早是由 John F. Signus发现并细致分析的,他同样把这个发
现发布在了我的文章的留言区。本文在这几位朋友的身上获益良多。“冠军的亲爹”尤其建议和鼓励
了我的写作。尽管我知道这些名字都只是大家的网名,但是我还是觉得可以用这些名字致谢,我相
信每个名字的背后都是一个好人和非常有能力的科研工作者。

* 才发现我用错了页面格式,导致这个页面不能留言。如果您想要用中文留言,请去旁边的
ARTICLE IN CHINESE 版面。谢谢!

引文出处:
1. Zhou P, Yang XL, Wang XG, Hu B, Zhang L, Zhang W, et al. A pneumonia outbreak
associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020.
2. Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, et al. Isolation and characterization
of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor. Nature. 2013;503(7477):535-8.
3. Zeng LP, Gao YT, Ge XY, Zhang Q, Peng C, Yang XL, et al. Bat Severe Acute Respiratory
Syndrome-Like Coronavirus WIV1 Encodes an Extra Accessory Protein, ORFX, Involved in
Modulation of the Host Immune Response. J Virol. 2016;90(14):6573-82.
4. Hu B, Zeng LP, Yang XL, Ge XY, Zhang W, Li B, et al. Discovery of a rich gene pool of bat
SARS-related coronaviruses provides new insights into the origin of SARS coronavirus. PLoS
Pathog. 2017;13(11):e1006698.
5. Shang J, Ye G, Shi K, Wan Y, Luo C, Aihara H, et al. Structural basis of receptor
recognition by SARS-CoV-2. Nature. 2020.
6. Hu D, Zhu C, Ai L, He T, Wang Y, Ye F, et al. Genomic characterization and infectivity of a
novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerg Microbes Infect. 2018;7(1):154.
7. Korber B. HIV Signature and Sequence Variation Analysis. Computational Analysis of HIV
Molecular Sequences. 2000;Chapter 4:55-72.

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