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GISAID 进化树证明新冠病毒起源
作者:nile
发表时间:2020-03-25
更新时间:2020-04-06
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广义而言,地球上所有生命起源于共同的祖先。缩小尺度,所有国家新冠病毒都有一个共同的冠状病毒起源。但是是不是所有的新冠病毒都起源于同一个新冠病毒,就是一个等待回答的问题。问题关键在于这个新字,广义而言冠状病毒每天都是新的。因为世界上不存在不变的事物。但是,新冠病毒的新,是特别指在某个地区引发大流行的一个特定的“新冠病毒”,问题于是就变成这样:在不同国家地区导致大流行的新冠病毒是由一个国家地区发生的新冠病毒传播扩散,还是由冠状病毒在不同的地区独立发生。

作为理论假设,当然两者都有存在的可能,正是因为存在两种可能性,所以不能把其中任何一种作为不证自明的公理。尼罗河从中医理论出发,认为多起源的可能性更大。理由在《武汉病毒还能走多远》和《美国新冠病毒还能走多远》两篇文章中有具体阐述。同时指出,新冠病毒的起源最后要依靠大量的病毒序列比较才能作出结论。现在,证据正在越来越清晰地在世人面前展现。

GISAID 汇集全球各实验室1442份新冠病毒基因组测序结果,生成了新冠病毒进化树。图中实测样本以各色圆点表示。从左向右水平方向的连线是病毒进化线。表示病毒基因组发生碱基突变。线条长度与碱基取代数量相关,并且与时间相关。垂直连线不代表碱基取代,只是为了在同一平面上显示同时发展的进化线。

https://nextstrain.org/ncov?c=country&l=unrooted

从2019年12月3日到2020年2月26日,主要样本来自以中国为主的亚洲地区(蓝紫色圆点),从2020年2月26日到三月11日。测序样本主要来自欧洲(黄绿色)和北美(红色)。蓝紫色点形成上中下分布的三个集群。中间数量最多。黄绿色点形成右侧上下两群分布,以上部数量较多。红点集中分布于右侧上方,右侧中部和下部有少量散在分布。

水平线相连色点表明左侧病毒是右侧病毒的祖先。图中只有很少不同色点的水平直线连接。绝对多数的情况都是相同色点的水平连接。表明只有极少的红色样本来自蓝紫或者黄绿,同样也只有极少的蓝紫样本来自红色样本或者黄绿样本。

人们最关心的问题是有没有找到作为所有新冠病毒祖先的“根”。从图示可见所有连接颜色样本点的水平连线在不同位置与垂直连线相交,最后汇集到图像最左侧的一条垂线。也就是说理论上它必然来自同一个来源。而且这个来源理论上还可以通过水平线向左侧与更早的起源相连。但是,理论上假设的这个来源并没有显示任何实际样本测序证明它的物理存在。最左侧的垂直线上没有任何代表样本基因组的色点。这种情况被称为“任意根”(arbitrary root)。如果从任何一个红点出发(美国样本)向左侧寻找水平连接,最多情况下它的左侧还是红点。与最左侧的红点相连的就是所有色点的共同祖先arbitrary root。蓝紫点,黄绿点的情况同样如此。

目前生成的新冠病毒进化树表明亚洲,欧洲,美洲的新冠病毒是独立发生的。并没有发现一个可以作为美国新冠病毒祖先的中国新冠病毒,同样,也没有发现一个可以作为欧洲病毒祖先的中国新冠病毒。作为美国病毒祖先的欧洲病毒同样也不存在。美国第一例确诊新冠(来自武汉的病毒)GISAID EPI ISL 404895 到现在还没有在美国发现有后代病毒。在这个最先发现的红点之后,只有三个中国蓝紫点和一个欧洲蓝绿点。

一个明显的缺陷是人们无法得到1月15日之前的美国新冠病毒和欧洲新冠病毒。所以无法知道在这个时间点之前美国和欧洲的新冠病毒与中国新冠病毒是非存在联系。

以目前的科学证据,如果新冠病毒是自然发生的,更大可能是在多中心同时或者先后发生。任何将病毒起源政治化的做法都是没有科学依据的,对人类的和平进步没有任何正能量推动作用。


提示: 本博文来自于 Biology 版

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