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发信人: Oncogene (基因头), 信区: Biology
标  题: [合集] Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
发信站: BBS 未名空间站 (Sun Jan  4 16:02:31 2009), 站内

☆─────────────────────────────────────☆
  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 01:52:33 2008) 提到:

过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。

成果累累:

1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑);
2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
5. 拥有500-1000家成型的生物公司,有强大的应用开发实力和团队,拥有当今世界绝大
多数的生物高科技产品,像Genetech公司的VEGF血管形成竭抗剂为主的抗癌药物,人源
化单抗为主的治疗炎症,癌症(血癌)和自身免疫病为主的单抗药物。还有正在全速开
发的小RNA为主或小RNA+人源化单抗为基础的治疗性药物,其中的绝大多数药物或潜在
的药物都已经被美国专利化;
6. 拥有世界顶尖的生命科学研究性大学(Harvard,Stanford,UCSF,Yale,The Johns-
Hopkins, UCSD,MIT, Columbia和 Rockefeller等等)和举世无双的研究所,HHMI,
Borad/Whitehead,Scripps, Cold Spring Harbor laboratory,Salk等等。
7. 强大的教授团队和百所一流医学院,他们把持了世界上大多数生物医学刊物的编位
,评委。这些一流医学院则是主要疾病的诊断治疗标准的制定者。其他大部分国家的都
得听从这些人的摆布!
8.现在又在领头和主导表观遗传学,肿瘤基因组学,系统生物学等后基因组学的带头学
科。

手段也狠:

1. 抽干了中国和一些发展中国家的青年人才,中国最聪明的10万生物留美学生学者绝
大多数成为了美国的科技民工;仅少数成为了PI,严重的削弱了中国的生命科学发展和
生物制药工业的发展;
2. 抽干了许多国家的骨干生物科技人才,像把干细胞研究中的澳洲的Alan Trounson(
加州干细胞研究所所长),Martin Perl(澳洲,南加州大学干细胞研究所所长),
Leena Peltonen(芬兰,前UCLA医学院遗传系建系主任,现任剑桥Sanger研究所遗传系
主任)。搞臭了韩国干细胞小才子黄锡愚。
3. 并购了许多欧洲有潜力的生物公司(像GE买下了瑞典的Pharmacia,尽可能的除掉潜
在对手)。
4. 挤压日本的几个光学公司参与生物高科技公司,像日立,松下,奥林帕斯生命科技
研发战略成为泡影。

粗看一下美国的发展策略和步伐,除了NIH强大的研发财力(270亿美元左右的经费),
有效的体制和强大充沛的人才库,人才梯队外,还有一个非常有效的手段就是媒体的炒
作和推波助澜,型像一点就想我国建国后搞的多次运动,大跃进啦,三反五反和文化大
革命。

1. 第一个搞起来的是肿瘤生物学,起自1980年初期,要在20年内搞定癌症,结果很多
项目都打了水票,这是最维一失败的;
2. 起自1989-2001年的人类基因组学,完成了人类基因组的测序,现在正在完成生命之
树的全方位测序,
这个比较成功,在这个基础上还形成了生物信息学,系统生物学等分支;
3. 1997开始,系统生物学起来,到基因芯片的研发成功,基因芯片技术和系统生物学
相扶相成;
4. 2002开始,后基因组学,蛋白组学开始,到肿瘤基因组学,表观遗传学变的很热门;
5. 2003开始,干细胞和再生医学成为亮点,直到IPS干细胞的成功,肿瘤干细胞理论形
成;
6. 2006年开始,小RNA变成另一个热点,成本低,见效快,有极大的治疗潜力。

2008年秋天,美国和全球金融危机,这也给美国的生命科学一个重击,生命科学的研发
陷于停顿,少部分人才也开始流失,美国大约300家生物小公司的市股值在垃圾股边缘
徘徊。中国得到喘息的机会,
少数高端人才像饶毅,施一公,吴仲义等回到了国内,国内高校,中科院所的硬件已跟
美国2-3流学校相当,很多博后,非Tenure-tract教授也开始回国,国内生命科学研发
开始加力!

那么什么会是下一个生命科学的炒作主题?当美国从金融海啸中缓过来后,会不会又发
力猛进,推出几个热点,专家引路,媒体炒作,政府推手,私人机构参与,美国如果行
动起来,鉴于美国优良的软硬件,效益一定不会差。让我们来猜想一下:

1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。

2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;

3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF- 8&sa=X&oi=video_result_group&resnum=4&ct=title#)

4. 生命信号奥密工程,运用现代生命科学技术从细胞,分子,基因,调控因子和生命
信号调控网络来揭示生命的起源,发育,成熟,病理,衰老机制,从根本上认识生命的
奥密,进而改造生命。






☆─────────────────────────────────────☆
  Lumanman (biology) 于 (Wed Dec 24 06:27:22 2008) 提到:

总结得真好!


【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





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  biows119 (biows119) 于 (Wed Dec 24 06:45:01 2008) 提到:

iPS


☆─────────────────────────────────────☆
  DevilCat (Devil) 于 (Wed Dec 24 11:05:46 2008) 提到:

Looks like a resume.
【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................






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  realbronze (十足真铜) 于 (Wed Dec 24 11:57:29 2008) 提到:

很宏观,厉害!


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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 24 12:04:28 2008) 提到:

牛人!

我觉得化学生物学的应用也很重要,毕竟小分子药物是最好d选择。

各种高通量筛选模型或者反向筛选(小分子找靶点)的建立完善,将加速生物科研成果转化为药物的速度。




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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 24 12:08:25 2008) 提到:

觉得现在不是生物上哪个难题是推动发展的瓶颈,而是生物研究转化为实际产品是发展
的瓶颈。

多数研究发表出来就被束之高阁了。
现在很多院校都在组建translational center, 这是一个好现象。未来10年左右的生物
研究格局可能跟我们现在看到的大不一样。


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  toptip (土翁) 于 (Wed Dec 24 12:15:28 2008) 提到:

good one!



【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





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  SmoothP (拉格朗朗日) 于 (Wed Dec 24 12:29:35 2008) 提到:

美国现在经济危机,虽然国内经济也不容乐观,但趁着奥运,抗震,太空行走之余势,
正应该大大炒作一下科技,不但振奋民心,而且为发展高端经济打下基础。只要肯出血
拿出几千亿的外汇储备,吸引大批科学家特别是千年博后回国,几年内就可以大大缩短
跟美国的差距。


☆─────────────────────────────────────☆
  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 24 12:45:22 2008) 提到:

听说江绵恒下台,中科院死气沉沉的局面也该变一变了。


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  xiaoranzi (地水师) 于 (Wed Dec 24 12:50:15 2008) 提到:

政治部稳定

【 在 SmoothP (拉格朗朗日) 的大作中提到: 】
: 美国现在经济危机,虽然国内经济也不容乐观,但趁着奥运,抗震,太空行走之余势,
: 正应该大大炒作一下科技,不但振奋民心,而且为发展高端经济打下基础。只要肯出血
: 拿出几千亿的外汇储备,吸引大批科学家特别是千年博后回国,几年内就可以大大缩短
: 跟美国的差距。




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  hzhu3 (生物垃圾) 于 (Wed Dec 24 13:06:41 2008) 提到:

前景光明,道路曲折,千年破死刀们冲吧~~~


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  guanyf81 (standard) 于 (Wed Dec 24 14:02:25 2008) 提到:

lz干脆去当生物科学专栏作家吧,总结的很全面啊。
不过有些观点值得商榷


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  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 14:06:20 2008) 提到:

iPS的应用潜力无限,就是担心会不会都专利了。。。


【 在 biows119 (biows119) 的大作中提到: 】
: iPS





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  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 14:35:56 2008) 提到:

老葛说的是实话,translational medicine program的落实是国富民强的一个标准!

【 在 iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 的大作中提到: 】
: 觉得现在不是生物上哪个难题是推动发展的瓶颈,而是生物研究转化为实际产品是发展
: 的瓶颈。
: 多数研究发表出来就被束之高阁了。
: 现在很多院校都在组建translational center, 这是一个好现象。未来10年左右的生物
: 研究格局可能跟我们现在看到的大不一样。





☆─────────────────────────────────────☆
  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 14:39:50 2008) 提到:

真是希望这样做啊,只是不知到科技部长万钢,卫生部长陈竺和教育部长周济能不能联
手推动这一项目!

这不光能把中国的科技搞上去,也可以解救在美的千年博后们的悲惨命运啊。。。


【 在 SmoothP (拉格朗朗日) 的大作中提到: 】
: 美国现在经济危机,虽然国内经济也不容乐观,但趁着奥运,抗震,太空行走之余势,
: 正应该大大炒作一下科技,不但振奋民心,而且为发展高端经济打下基础。只要肯出血
: 拿出几千亿的外汇储备,吸引大批科学家特别是千年博后回国,几年内就可以大大缩短
: 跟美国的差距。





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  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 14:43:16 2008) 提到:

很想把专栏作家当作第二职业。

美国的博后训练,就是把大家变成工匠工,而看不到大方向,也就是只会当兵,不能领
军。

【 在 guanyf81 (standard) 的大作中提到: 】
: lz干脆去当生物科学专栏作家吧,总结的很全面啊。
: 不过有些观点值得商榷





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  kevinvon (kevinvon) 于 (Wed Dec 24 15:00:41 2008) 提到:

Nature是美国的不
【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





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  cia555 (dreamer) 于 (Wed Dec 24 15:37:51 2008) 提到:

Nature是英国的,但是Nature的很多子系列在美国,像Nature-Genetics编辑部在New
York,我文章里是指Nature的子系列。


【 在 kevinvon (kevinvon) 的大作中提到: 】
: Nature是美国的不
: );





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  SmoothP (拉格朗朗日) 于 (Wed Dec 24 17:20:50 2008) 提到:

上八阕了

http://www.popyard.com/cgi-mod/newspage.cgi?num=262209&r=0&v=0

【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





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  xiaoranzi (地水师) 于 (Wed Dec 24 17:22:25 2008) 提到:

小钻风效率很高么。。

【 在 SmoothP (拉格朗朗日) 的大作中提到: 】
: 上八阕了
: http://www.popyard.com/cgi-mod/newspage.cgi?num=262209&r=0&v=0
: );




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  mitorg (mitorg) 于 (Wed Dec 24 18:30:28 2008) 提到:


对纳米认识不够,受媒介影响大,没看到对生物医学对的推动。


☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 24 20:46:12 2008) 提到:

let me give you my comments.
"
1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。

2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;

3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
8&sa=X&oi=video_result_group&resnum=4&ct=title#)

4. 生命信号奥密工程,运用现代生命科学技术从细胞,分子,基因,调控因子和生命
信号调控网络来揭示生命的起源,发育,成熟,病理,衰老机制,从根本上认识生命的
奥密,进而改造生命。
"

1. 天方夜谈,也就测个序,找个SNP,到能搞出治疗方案的地步,猴年都不够,根本抄
不起来,因为风险资金投給
你,5-10年毛钱赚不到,这个泡泡就破了。

2. 更扯,纳米生物医学根本别想带来什么革命,过去20年,据说能带来革命的,两打
都不止了,然后到现在,生物
信息学还是纸上谈兵,不做实验还是确认不聊蛋白质与DNA的相互作用,哈哈,搞笑吧。

3. 测序跟重组生物是两码事,测序就是测序,重组生物就是大忽悠,不认为重组生物
是大忽悠的请去重新读研究
生。

4. i am sorry, i don't think i can follow, 20多年了,人们不一直在“运用现代
生命科学技术从细胞,分子,基
因,调控因子和生命信号调控网络来揭示生命的起源,发育,成熟,病理,衰老机制,
从根本上认识生命的奥
密”???说这样干就能改造生命,当然没问题,至少50年以后吧。

上面有位说的不错,iPS很有潜质,非常容易炒作,不管后来究竟work 不work, 反正可
以大大的炒作一把。各位想
发横财的赶紧。

let me come back to the basic point, 詹裕农说,他老板給他的建议受益终生,don
't do fashionable science.
如果真想做science, 千万不要做fashionable science, 要从根本处思考,你对什么
感兴趣,想解决什么生命科学
的重大问题。


【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................






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  dogwhisper (dogwhisper) 于 (Wed Dec 24 22:36:15 2008) 提到:

what is iPS?



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: let me give you my comments.
: "
: 1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
: 算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
: 生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
: 和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。
: 2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;
: 3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
: Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
: hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
: ...................





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  THINKway (t60) 于 (Wed Dec 24 22:53:20 2008) 提到:

诱导多能干细胞。 把体细胞病毒处理成干细胞。


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  xlow (low) 于 (Wed Dec 24 23:22:49 2008) 提到:

终于看到一个脑子稍微清醒点的。。

发信人: lanceandfei (La Jolla的云彩), 信区: Biology
标 题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 24 20:46:12 2008)

let me give you my comments.



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  AMCC2008 (色诫) 于 (Thu Dec 25 02:24:56 2008) 提到:

感觉美国这些年来炒作这些,只会大大削减美国的实力,给中国、印度等国家追上来机
会。就算癌症能攻克又怎么样?这些东西总归不像汽车、电脑那样改变人的生活方式、
提高国家的综合国力。

中国可以跟着搞,但绝对不能炒作这些。


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  cia555 (dreamer) 于 (Thu Dec 25 02:46:16 2008) 提到:

这位仁兄看起来对测序不太懂!2代DNA测序的能力是1-2Gbp/day,我跟ABI的Scientist
聊过,大家的看法是2代DNA测序基本上要取代SNP和HapMap project的,SNPs基本上是
依据第一代的draft sequences数据上的产品,也就是说只sequencing了单倍体染色体
,从单倍体染色体上搞下来的SNPs有很多错误,所以才有了最近的精sequencing(
Nature,Nov7,2008),James Watson,Craig Venter和杨焕明的基因组精确测序,双
倍体染色体,由于2代DNA测序的能力十分强大,SNP/HapMap project也就是半死不活的
下场,SNP/HapMap项目的4大金刚也是风光不再!

纳米医疗材料的应用前景十分诱人,Stanford的一华人教授每年拿4个million的研究经
费,别小看了纳米技术。

致于IPS是属于现在的干细胞热的成果,不出意外的话,5年内定拿诺贝尔奖!

生命科学到了一个更新换代的时刻,全美大概有30-50%的教授(PI)都是在一个实验室
里从postdoc到PI的成长经历,大部分也就是一辈子做一个蛋白、一个信号通路的主儿
,说白了就是一根筋的PI,他们没有纵向发展的能力,是10年内要淘汰的命运。



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: let me give you my comments.
: "
: 1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
: 算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
: 生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
: 和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。
: 2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;
: 3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
: Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
: hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
: ...................





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Thu Dec 25 03:56:57 2008) 提到:


【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 这位仁兄看起来对测序不太懂!2代DNA测序的能力是1-2Gbp/day,我跟ABI的
Scientist

现在比较像是 3-4GB/day. Next-gen sequencing 这东西每个月都在变 -- 不是变强就
是变准。我个人也认为量变会带来质变:你有 1000 个人的 1000x genome 一定会带来
新的想法及科学。量子力学也是当初没法解释的原子分子光谱资料堆多了堆出来的。

: 纳米医疗材料的应用前景十分诱人,Stanford的一华人教授每年拿4个million的研究经
: 费,别小看了纳米技术。

大名鼎鼎的崔同学?

: 致于IPS是属于现在的干细胞热的成果,不出意外的话,5年内定拿诺贝尔奖!
: ...................





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  biorad (白累得) 于 (Thu Dec 25 04:05:24 2008) 提到:

操 要洗牌了 准备准备
【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 这位仁兄看起来对测序不太懂!2代DNA测序的能力是1-2Gbp/day,我跟ABI的
Scientist
: 聊过,大家的看法是2代DNA测序基本上要取代SNP和HapMap project的,SNPs基本上是
: 依据第一代的draft sequences数据上的产品,也就是说只sequencing了单倍体染色体
: ,从单倍体染色体上搞下来的SNPs有很多错误,所以才有了最近的精sequencing(
: Nature,Nov7,2008),James Watson,Craig Venter和杨焕明的基因组精确测序,双
: 倍体染色体,由于2代DNA测序的能力十分强大,SNP/HapMap project也就是半死不活的
: 下场,SNP/HapMap项目的4大金刚也是风光不再!
: 纳米医疗材料的应用前景十分诱人,Stanford的一华人教授每年拿4个million的研究经
: 费,别小看了纳米技术。
: 致于IPS是属于现在的干细胞热的成果,不出意外的话,5年内定拿诺贝尔奖!
: ...................




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  ZhangQ (Trudy) 于 (Thu Dec 25 07:50:35 2008) 提到:


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: let me give you my comments.
: "
: 1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
: 算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
: 生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
: 和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。
: 2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;

3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
8&sa=X&oi=video_result_group&resnum=4&ct=title#)
-----------------------------------------------------------------------------
3. 测序跟重组生物是两码事,测序就是测序,重组生物就是大忽悠,不认为重组生物
是大忽悠的请去重新读研究生。
-----------------------------------------------------------------------------
Sorry, I am not a biology major.   But I don't get it why you said "
Recombinant cell" is bogus?
Could you please elaborate more?  

I am working in a bioenergy company and I believe 99% of bioenergy companies
are working on metabolic engineering or genetic engineered strains
producing chemicals, such as ethanol, butanol.
And you are saying these are not going to work?

Thank you




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  ttd (oldcat) 于 (Thu Dec 25 07:59:06 2008) 提到:

兄弟,看看题目,“炒作主题”。不论这些玩易儿是否真的有用,能忽悠人就行。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: let me give you my comments.
: "
: 1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
: 算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
: 生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
: 和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。
: 2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;
: 3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
: Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
: hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
: ...................





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  hxw (我到这里干吗来了?回吧!) 于 (Thu Dec 25 10:13:52 2008) 提到:

别的不清楚,但是就光学技术,美国实际变弱.
zeiss 在microscopy,哦里怕是 集中于临床.你现在几乎找不到好的美国光学公司.就是
distributor.

N米扯淡
美国玖佰在生物研究上,大量的投资没有回报. bush suck.
下面还是要推东通讯,美国的高速网就是joke.这个是可以改变社会的


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  ciphergene (快转业的生物学家) 于 (Thu Dec 25 10:30:27 2008) 提到:


【 在 ttd (oldcat) 的大作中提到: 】
: 兄弟,看看题目,“炒作主题”。不论这些玩易儿是否真的有用,能忽悠人就行。


现实一点说,炒作的目的就是让你保住饭碗,能有毕业后还能千老。


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  ciphergene (快转业的生物学家) 于 (Thu Dec 25 10:31:44 2008) 提到:


【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................


金融海啸中缓过来后要几年?


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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Dec 25 14:12:36 2008) 提到:

不错,俺不是搞测序的。
我就是觉得,测序,不管一代二代,不能解决生物学的基本问题,你知道了所有序列,
so what?
拿这个忽悠风险投资,恐怕连5年的泡泡都吹不起来。
原因很简单,生物体不是计算机,不是知道了数据库就完了,
最关键的在于生物体内分子网络的相互作用,现在是一团浆糊,cancer做了半天,该找
的基因找全了,能治cancer了吗,不能,还是切下来省事。因为什么,因为cancer
cell里面的变化根本没搞清楚。这是生物学界无数牛人做了10几年的结果。以为搞清楚
基因,搞清楚序列,就解决问题,简直有点离谱。

纳米生物医学,别扯了,你给我说个有希望的,别拿崔叫兽说事。

ips拿炸药奖?哈哈,等真work了再说吧,ras癌基因刚克隆的时候,全世界都以为5年
内攻克癌症,5年后Weinberg拿炸药奖。现在已经20多年了。

【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 这位仁兄看起来对测序不太懂!2代DNA测序的能力是1-2Gbp/day,我跟ABI的
Scientist
: 聊过,大家的看法是2代DNA测序基本上要取代SNP和HapMap project的,SNPs基本上是
: 依据第一代的draft sequences数据上的产品,也就是说只sequencing了单倍体染色体
: ,从单倍体染色体上搞下来的SNPs有很多错误,所以才有了最近的精sequencing(
: Nature,Nov7,2008),James Watson,Craig Venter和杨焕明的基因组精确测序,双
: 倍体染色体,由于2代DNA测序的能力十分强大,SNP/HapMap project也就是半死不活的
: 下场,SNP/HapMap项目的4大金刚也是风光不再!
: 纳米医疗材料的应用前景十分诱人,Stanford的一华人教授每年拿4个million的研究经
: 费,别小看了纳米技术。
: 致于IPS是属于现在的干细胞热的成果,不出意外的话,5年内定拿诺贝尔奖!
: ...................





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  xiaoranzi (地水师) 于 (Thu Dec 25 14:23:52 2008) 提到:

科学教要覆灭了!lol

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 不错,俺不是搞测序的。
: 我就是觉得,测序,不管一代二代,不能解决生物学的基本问题,你知道了所有序列,
: so what?
: 拿这个忽悠风险投资,恐怕连5年的泡泡都吹不起来。
: 原因很简单,生物体不是计算机,不是知道了数据库就完了,
: 最关键的在于生物体内分子网络的相互作用,现在是一团浆糊,cancer做了半天,该找
: 的基因找全了,能治cancer了吗,不能,还是切下来省事。因为什么,因为cancer
: cell里面的变化根本没搞清楚。这是生物学界无数牛人做了10几年的结果。以为搞清楚
: 基因,搞清楚序列,就解决问题,简直有点离谱。
: 纳米生物医学,别扯了,你给我说个有希望的,别拿崔叫兽说事。
: ...................



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  chugol (看热闹) 于 (Thu Dec 25 15:18:14 2008) 提到:

赞一个对iPS和对cancer研究的评论。也是我想说的。iPS 5年里拿Nobel Prize那就是
大大的joke。Weinberg已经错过了两次Nobel Prize了,呵呵,当时太火了伤人品啊。

但本人看好nest generation sequencing,其本身虽然并不直接阐释你所说的细胞内的
蛋白质作用网络, 但其必然将极大的加速生物发现的过程,进而推动生物医学的全面
发展。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 不错,俺不是搞测序的。
: 我就是觉得,测序,不管一代二代,不能解决生物学的基本问题,你知道了所有序列,
: so what?
: 拿这个忽悠风险投资,恐怕连5年的泡泡都吹不起来。
: 原因很简单,生物体不是计算机,不是知道了数据库就完了,
: 最关键的在于生物体内分子网络的相互作用,现在是一团浆糊,cancer做了半天,该找
: 的基因找全了,能治cancer了吗,不能,还是切下来省事。因为什么,因为cancer
: cell里面的变化根本没搞清楚。这是生物学界无数牛人做了10几年的结果。以为搞清楚
: 基因,搞清楚序列,就解决问题,简直有点离谱。
: 纳米生物医学,别扯了,你给我说个有希望的,别拿崔叫兽说事。
: ...................





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  yoyo22 (yo~) 于 (Thu Dec 25 15:28:14 2008) 提到:

说句实话, 绝大部分生物研究属于自娱自乐.


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  yoyo22 (yo~) 于 (Thu Dec 25 15:28:48 2008) 提到:

说句实话, 绝大部分生物研究属于自娱自乐.


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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Thu Dec 25 15:58:58 2008) 提到:

听起来像是找不到 faculty position 的 loser 的 whining。你还没找到工作吧?还
是千老吧?找的很辛苦吧?因为你的生物观还停在 1990 年。同理可说:你知道了所有
生物体内分子网络的相互作用,so what? 到生物体的宏观层面还是一团浆糊。超高通
量 Sequencing 就是一个新的开端。 NGS 现在的一大客户就是 cancer genome center。

崔叫兽现在人家可混的很好,估计恬妞在望。很痛苦吧?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 不错,俺不是搞测序的。
: 我就是觉得,测序,不管一代二代,不能解决生物学的基本问题,你知道了所有序列,
: so what?
: 拿这个忽悠风险投资,恐怕连5年的泡泡都吹不起来。
: 原因很简单,生物体不是计算机,不是知道了数据库就完了,
: 最关键的在于生物体内分子网络的相互作用,现在是一团浆糊,cancer做了半天,该找
: 的基因找全了,能治cancer了吗,不能,还是切下来省事。因为什么,因为cancer
: cell里面的变化根本没搞清楚。这是生物学界无数牛人做了10几年的结果。以为搞清楚
: 基因,搞清楚序列,就解决问题,简直有点离谱。
: 纳米生物医学,别扯了,你给我说个有希望的,别拿崔叫兽说事。
: ...................





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  map (map) 于 (Thu Dec 25 16:27:39 2008) 提到:

No virus required, transfection is enough now.
【 在 THINKway (t60) 的大作中提到: 】
: 诱导多能干细胞。 把体细胞病毒处理成干细胞。






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  map (map) 于 (Thu Dec 25 16:33:38 2008) 提到:

Yes, the correlation between genomic sequence and diseases are still far
away for clinical application.
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 不错,俺不是搞测序的。
: 我就是觉得,测序,不管一代二代,不能解决生物学的基本问题,你知道了所有序列,
: so what?
: 拿这个忽悠风险投资,恐怕连5年的泡泡都吹不起来。
: 原因很简单,生物体不是计算机,不是知道了数据库就完了,
: 最关键的在于生物体内分子网络的相互作用,现在是一团浆糊,cancer做了半天,该找
: 的基因找全了,能治cancer了吗,不能,还是切下来省事。因为什么,因为cancer
: cell里面的变化根本没搞清楚。这是生物学界无数牛人做了10几年的结果。以为搞清楚
: 基因,搞清楚序列,就解决问题,简直有点离谱。
: 纳米生物医学,别扯了,你给我说个有希望的,别拿崔叫兽说事。
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  NCat (ruki) 于 (Thu Dec 25 17:02:46 2008) 提到:


赞,我这种外行看了感觉也学到一点东西。

【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





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  ttd (oldcat) 于 (Thu Dec 25 17:39:36 2008) 提到:

崔叫兽现混的好, 你老人家怎么这么high啊?

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 听起来像是找不到 faculty position 的 loser 的 whining。你还没找到工作吧?还
: 是千老吧?找的很辛苦吧?因为你的生物观还停在 1990 年。同理可说:你知道了所有
: 生物体内分子网络的相互作用,so what? 到生物体的宏观层面还是一团浆糊。超高通
: 量 Sequencing 就是一个新的开端。 NGS 现在的一大客户就是 cancer genome
center。
: 崔叫兽现在人家可混的很好,估计恬妞在望。很痛苦吧?





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Dec 25 17:39:56 2008) 提到:

ai, 感谢您对我job hunting的关心,i don't know where i will end up yet, but i
do know that i will start my
own lab next summer for sure. so,  您眼神貌似差了点。

10年前,没知道序列之前,人都觉得测序挺神秘的,知道了序列就知道了一切,现在知
道了,发现差的远呢。

你如果真想讨论讨论,请給出一个测序解决的重大生物学问题。

我的生物观停留在90年代不错,因为生物学的重大根本问题,从90年代到现在,被大大
推进的并不多,整体的生物
观根本没有根本性的改变。

还有,崔叫兽跟生物有个毛关系,他天牛不天牛跟我有毛关系。

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 听起来像是找不到 faculty position 的 loser 的 whining。你还没找到工作吧?还
: 是千老吧?找的很辛苦吧?因为你的生物观还停在 1990 年。同理可说:你知道了所有
: 生物体内分子网络的相互作用,so what? 到生物体的宏观层面还是一团浆糊。超高通
: 量 Sequencing 就是一个新的开端。 NGS 现在的一大客户就是 cancer genome
center。
: 崔叫兽现在人家可混的很好,估计恬妞在望。很痛苦吧?






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  leeking (洗洗睡吧) 于 (Thu Dec 25 17:50:25 2008) 提到:

他是崔教授爱人,哈哈

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 25 17:39:56 2008)
:
: ai, 感谢您对我job hunting的关心,i don't know where i will end up yet, but
i
:  do know that i will start my
: own lab next summer for sure. so,  您眼神貌似差了点。
:
: 10年前,没知道序列之前,人都觉得测序挺神秘的,知道了序列就知道了一切,现在知
: 道了,发现差的远呢。
:
: 你如果真想讨论讨论,请給出一个测序解决的重大生物学问题。
:
: 我的生物观停留在90年代不错,因为生物学的重大根本问题,从90年代到现在,被大大
: 推进的并不多,整体的生物
: 观根本没有根本性的改变。
:
: 还有,崔叫兽跟生物有个毛关系,他天牛不天牛跟我有毛关系。
:
: 【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: : 听起来像是找不到 faculty position 的 loser 的 whining。你还没找到工作吧
?还
: : 是千老吧?找的很辛苦吧?因为你的生物观还停在 1990 年。同理可说:你知道了
所有
: : 生物体内分子网络的相互作用,so what? 到生物体的宏观层面还是一团浆糊。超
高通
: : 量 Sequencing 就是一个新的开端。 NGS 现在的一大客户就是 cancer genome
: center。
: : 崔叫兽现在人家可混的很好,估计恬妞在望。很痛苦吧?
:
:
:
:
: --
: Watch your thoughts, they become words.
: Watch your words, they become actions.
: Watch your actions, they become habits.
: Watch your Habits, they become character.
: Watch your Character, for it becomes your Destiny.
:
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 75.36.]





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Thu Dec 25 17:54:38 2008) 提到:

恭喜。还真没想到你这样眼界狭窄内心黑暗的人还有学校可以去。虽然不知道是什么破
地方的烂校,还是恭喜。

你的 negative argument 还是可以用在生物的一切技术上:

50年前,没知道结构之前,人都觉得结构挺神秘的,知道了结构就知道了一切,现在知
道了,发现差的远呢。
你如果真想讨论讨论,请給出一个结构解决的重大生物学问题。

这样的 argument 完全没有意义。1990 年以来的生物观当然有不同。我们真的知道了
序列了吗?how about genetic variations?

崔叫兽的争论可是你跳的。Stanford 拿到一大笔钱的华人教授就他一个,我就是论事。



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  xlow (low) 于 (Thu Dec 25 18:16:56 2008) 提到:

有点人参公鸡了喔。。。

大过节的大家来斗斗嘴也就是找个乐子。。。何必呢。。。


不过lz的话还真是越说越雷人了。。。呵呵。。。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Dec 25 18:32:41 2008) 提到:

知道了,您是测序玩的,俺无意中piss off了您的事业,sorry!

俺到什么烂校去,现在还不知道,您就不用咬牙切齿的恭喜了。拿这个说事,您品位很
独特,俺甘拜下风。

结构解决了好多重大问题啊,做分子生物学的做死也不知道俩分子究竟什么地方,哪个
基团,怎么相互作用,结构生物学解决了这个问题。解决了具体相互作用的基团就可能
根据相互作用的具体结构来研究药物。

另外斯坦福哪几百万funding的崔不是唯一的一个,沈康,今年刚刚HHMI,骆立群几年
前就HHMI了,5年5百万刀。比崔的还多啊。

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 恭喜。还真没想到你这样眼界狭窄内心黑暗的人还有学校可以去。虽然不知道是什么破
: 地方的烂校,还是恭喜。
: 你的 negative argument 还是可以用在生物的一切技术上:
: 50年前,没知道结构之前,人都觉得结构挺神秘的,知道了结构就知道了一切,现在知
: 道了,发现差的远呢。
: 你如果真想讨论讨论,请給出一个结构解决的重大生物学问题。
: 这样的 argument 完全没有意义。1990 年以来的生物观当然有不同。我们真的知道了
: 序列了吗?how about genetic variations?
: 崔叫兽的争论可是你跳的。Stanford 拿到一大笔钱的华人教授就他一个,我就是论
事。





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  MB80528 (股市济公) 于 (Thu Dec 25 18:53:21 2008) 提到:


【 在 ttd (oldcat) 的大作中提到: 】
: 兄弟,看看题目,“炒作主题”。不论这些玩易儿是否真的有用,能忽悠人就行。

是如此。

当然忽悠也是大学问,有一定的技术和技巧的。
说到这,也是米国领先。尤其是金融界忽悠全世界。
那才是搞大钱,能搞垮整个产业,整个国家的规模。

不流血的战争,可以比流血的更犀利,更有破坏性。





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  MB80528 (股市济公) 于 (Thu Dec 25 19:05:35 2008) 提到:


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 10年前,没知道序列之前,人都觉得测序挺神秘的,知道了序列就知道了一切,现在知
: 道了,发现差的远呢。
: ...................

我当时就不相信问题会是那么简单。其实这是好事。

不过在那时努力炒作吹嘘,争取经费和投资资金的,
其实都是很精明,很有生意头脑,很会抓时机的玩家。





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  MB80528 (股市济公) 于 (Thu Dec 25 19:18:08 2008) 提到:


【 在 yoyo22 (yo~) 的大作中提到: 】
: 说句实话, 绝大部分生物研究属于自娱自乐.

搞所谓"投资","理财"的又何尝不是?
每天的股市都是娱乐游戏,且收益丰后。
只要有人信所谓的专家权威,肯盲从就成了。







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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Thu Dec 25 19:18:50 2008) 提到:

Sorry, 我的训练正是结构。结构的人最喜欢的 line 就是你这个 rational/
structural-based drug
design, drug target discovery. 事实就是结构生物对小分子 binding 几乎一点帮助
也没有,最后
还是要做实验来确定活性。请说出一个真的用 structural-based drug design 从 new
druggable
target 到 docking 做出来的药。

我强烈认为测序是未来。希望你当 PI 以后可以改变想法。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 知道了,您是测序玩的,俺无意中piss off了您的事业,sorry!
: 俺到什么烂校去,现在还不知道,您就不用咬牙切齿的恭喜了。拿这个说事,您品位很
: 独特,俺甘拜下风。
: 结构解决了好多重大问题啊,做分子生物学的做死也不知道俩分子究竟什么地方,哪个
: 基团,怎么相互作用,结构生物学解决了这个问题。解决了具体相互作用的基团就可能
: 根据相互作用的具体结构来研究药物。
: 另外斯坦福哪几百万funding的崔不是唯一的一个,沈康,今年刚刚HHMI,骆立群几年
: 前就HHMI了,5年5百万刀。比崔的还多啊。
: 事。






☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Dec 25 21:01:16 2008) 提到:

see, this is it.
我不做结构的,凭想象,觉得结构应该很牛,maybe,不如今年hhmi就不会招这么多做
结构的,只不过没那么快
产出。
你不做测序的,凭想象,觉得测序应该很牛,其实也就是那么回事,有那么快产出吗,
真正前途在哪里?真做测序
的才知道。

测序有用,当然,没有数据库,怎么深入做功能?可惜把做数据库说成是牛叉无比就可
笑了,数据库就是数据库,
没有后来的功能研究,数据库就是junk.



【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: Sorry, 我的训练正是结构。结构的人最喜欢的 line 就是你这个 rational/
: structural-based drug
: design, drug target discovery. 事实就是结构生物对小分子 binding 几乎一点帮助
: 也没有,最后
: 还是要做实验来确定活性。请说出一个真的用 structural-based drug design 从
new
:  druggable
: target 到 docking 做出来的药。
: 我强烈认为测序是未来。希望你当 PI 以后可以改变想法。






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  ZhangQ (Trudy) 于 (Thu Dec 25 21:18:50 2008) 提到:


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: see, this is it.
: 我不做结构的,凭想象,觉得结构应该很牛,maybe,不如今年hhmi就不会招这么多做
: 结构的,只不过没那么快
: 产出。
: 你不做测序的,凭想象,觉得测序应该很牛,其实也就是那么回事,有那么快产出吗,
: 真正前途在哪里?真做测序
: 的才知道。
: 测序有用,当然,没有数据库,怎么深入做功能?可惜把做数据库说成是牛叉无比就可
: 笑了,数据库就是数据库,
: 没有后来的功能研究,数据库就是junk.
: ...................
------------------------------------
"不认为重组生物是大忽悠的请去重新读研究生。"
Still, could you please explain to us why you think recombinant cell is
bogus?

Please and thank you.




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Dec 25 21:31:09 2008) 提到:

是这样阿,生物细胞是非常复杂的,做了这么多年,所有的细胞内信号通路都搞差不多
了,对微生物来说,所有的基因
都知道的一清二楚,所有的基因组序列都知道的一清二楚。
但要你給我从头从设计基因组开始重组一个细胞,没戏。
你说的是突变筛选一些功能特异的菌株,那是可能的,比如说产乙醇产量高一点的啦,
那是一点量变,没有质变。
比如说闭着眼睛,破坏or改变细菌的基因组,然后发现某些基因被改变以后,这个细菌
生成乙醇的量增加了,good!
但这不是重组细胞,因为不是任何意义上的design, 是闭眼打鸟枪。



【 在 ZhangQ (Trudy) 的大作中提到: 】
: ------------------------------------
: "不认为重组生物是大忽悠的请去重新读研究生。"
: Still, could you please explain to us why you think recombinant cell is
: bogus?
: Please and thank you.






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  zhubaby (野蛮人) 于 (Sat Dec 27 14:01:03 2008) 提到:


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: see, this is it.
: 我不做结构的,凭想象,觉得结构应该很牛,maybe,不如今年hhmi就不会招这么多做
: 结构的,只不过没那么快
: 产出。
: 你不做测序的,凭想象,觉得测序应该很牛,其实也就是那么回事,有那么快产出吗,
: 真正前途在哪里?真做测序
: 的才知道。
: 测序有用,当然,没有数据库,怎么深入做功能?可惜把做数据库说成是牛叉无比就可
: 笑了,数据库就是数据库,
: 没有后来的功能研究,数据库就是junk.
: ...................
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

是这样. 只是做功能见效慢, 花钱多, 搞得起的, 愿意搞的不多.

现在搞数据多好啊, 发文章快, 影响因子又搞. 这世界毕竟急功近利的是多数.

现在分析数据的才不管是不是假阳性, 先发了再说, 这样可以吹自己多NB啊. 反正好处
都已经拿到了, 后面
的就丢给做功能的去折腾吧...

有些数据本身就有问题....

现在这个拿着ARRAY数据就能忽悠的状况不改, 会有更大量的JUNK出现....









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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sat Dec 27 14:36:18 2008) 提到:

i would suggest we stop right here, since i know who you are as well.

【 在 vimalakirti (王维·摩诘) 的大作中提到: 】
: 是吗 只有一篇neuron现在美国也能找到教职?或者是你文章虽然不牛,但是研究的问
: 题和idea比较强?
: 我可以申请去做postdoc吗.....
:  i






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  cnyy (tea) 于 (Sat Dec 27 16:47:44 2008) 提到:

这年头不做fashionalbe science又能活下来的不容易阿,成本太高了。
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: let me give you my comments.
: "
: 1. 数字医学,包括收集,分析海量个体医学信息,针对性的分析病程,筛选药物,计
: 算机软件优化组合制疗方案等等。美国在这方面优势明显,拥有第二代DNA测序技术,
: 生物公司在推进1000美元成本的个人基因组测序和分析,另外美国强大的软件开发实力
: 和普及的电脑和网络技术都使数字医学成为可能。
: 2. 纳米生物医学,运用纳米在生命研究和医学应用方面进行革命性变革;
: 3. 绿色生物和医学应用,大量的生物科技应用到环保上并引导生态绿色,像Craig
: Venter领导到绿色生物重组项目。(http://video.google.com /videosearch?
: hl=en&resnum=1&q=Craig+Venter&um=1&ie=UTF-
: ...................





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sat Dec 27 18:51:52 2008) 提到:

sigh, science itself is a high-cost business.
and if just for survival, why bother do science?

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 这年头不做fashionalbe science又能活下来的不容易阿,成本太高了。






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  cnyy (tea) 于 (Sat Dec 27 20:37:05 2008) 提到:

你列几个你熟悉的领域不做fashinoble science的最近几年出来的star先把。
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: sigh, science itself is a high-cost business.
: and if just for survival, why bother do science?





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sun Dec 28 00:54:09 2008) 提到:

ok,
Michael Greenberg, always leads the tide. his work could not be called
fashionable science, instead, his
work ahead fashionable science at least 5 years. he studied gene expression
in neuron at 80-early 90s,
before most people, when transcription became fashionable. he moved on to
study the role of
transcription in regulating synaptic functions.

there are a lot of examples. a lot of top down style scientists don't do
fashionable science.
Eric Nestler, Joe LeDoux.
even Morgan Sheng doesn't do fashionable science, because when he started to
work on molecular biology
of synapse, nobody else was doing it. now it is crowded field, he felt no
more challenges, so going to
Genetech. when Corey Goodman and MTL started to work on axon guidance, there
are NO any good
preparation to study the turn of axon in vitro even. they built up the
system from a scratch.


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 你列几个你熟悉的领域不做fashinoble science的最近几年出来的star先把。






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  webhopper (大力水手) 于 (Sun Dec 28 00:54:18 2008) 提到:


【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 这位仁兄看起来对测序不太懂!2代DNA测序的能力是1-2Gbp/day,我跟ABI的
Scientist
: 聊过,大家的看法是2代DNA测序基本上要取代SNP和HapMap project的,SNPs基本上是
: 依据第一代的draft sequences数据上的产品,也就是说只sequencing了单倍体染色体
: ,从单倍体染色体上搞下来的SNPs有很多错误,所以才有了最近的精sequencing(
: Nature,Nov7,2008),James Watson,Craig Venter和杨焕明的基因组精确测序,双
: 倍体染色体,由于2代DNA测序的能力十分强大,SNP/HapMap project也就是半死不活的
: 下场,SNP/HapMap项目的4大金刚也是风光不再!
: 纳米医疗材料的应用前景十分诱人,Stanford的一华人教授每年拿4个million的研究经
: 费,别小看了纳米技术。
: 致于IPS是属于现在的干细胞热的成果,不出意外的话,5年内定拿诺贝尔奖!
: ...................

关于测序,Sanger method沿用了30多年,而这几年好像一下就出现了许多新的测序方法
。2代测序,甚至3代测序,已经或是将要商用。什么原因促使这么多新方法在这么短的
时间内涌现出来呢?





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Sun Dec 28 01:05:10 2008) 提到:

that means you need to have the access to the most frontier technique.


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: ok,
: Michael Greenberg, always leads the tide. his work could not be called
: fashionable science, instead, his
: work ahead fashionable science at least 5 years. he studied gene
expression
: in neuron at 80-early 90s,
: before most people, when transcription became fashionable. he moved on to
: study the role of
: transcription in regulating synaptic functions.
: there are a lot of examples. a lot of top down style scientists don't do
: fashionable science.
: ...................



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  pastior (Dingding) 于 (Sun Dec 28 01:46:25 2008) 提到:

完全同意。说的不好听一些,就是老板骗经费, 学生混毕业,博后争出头。
【 在 yoyo22 (yo~) 的大作中提到: 】
: 说句实话, 绝大部分生物研究属于自娱自乐.





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Sun Dec 28 03:34:02 2008) 提到:

大牛可以这么说,小牛就难了。

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 这年头不做fashionalbe science又能活下来的不容易阿,成本太高了。






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  wallaceliang (wallace) 于 (Sun Dec 28 04:58:47 2008) 提到:

好文章!


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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 09:09:41 2008) 提到:

如果把sequencing和imaging做个对比,illumina vs polymerase-based single
molecule sequencing, 对比temporal focused fPALM vs 4pi-STED, 是很有意思的。
这些革命性的技术,根源并不在基础理论的进展。如果说STED的理论,4pi的理论,都
是大学本科水平。fPALM/STORM简直不用学过物理都能理解。

关键是CS领域持之以恒的对并行处理的关注,普及了这种哲学。虽然对于CS来说,架构
级的并行处理目前还是开玩笑,对于imaging/sequencing,却已经是可行的。

parallel sequencing的最大问题在于bioinfo的问题,要把illumina reads address回
去genome,需要有一个genome framework,还需要有比较好的数学工具。所以一开始根
本没法做。一开始,454也不敢做得那么短。后来bioinfo够强了,illumina 21nt的
reading就已经足够。


【 在 webhopper (大力水手) 的大作中提到: 】
: Scientist
: 关于测序,Sanger method沿用了30多年,而这几年好像一下就出现了许多新的测序方法
: 。2代测序,甚至3代测序,已经或是将要商用。什么原因促使这么多新方法在这么短的
: 时间内涌现出来呢?





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  wsbioguy (postdog) 于 (Sun Dec 28 10:43:55 2008) 提到:

二代测序不能很好的de novo sequencing a complex genome
而且短期内这方面不会有大的突破
除此之外, 随着成本降低, 一代测序基本没有任何优势了


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 如果把sequencing和imaging做个对比,illumina vs polymerase-based single
: molecule sequencing, 对比temporal focused fPALM vs 4pi-STED, 是很有意思的。
: 这些革命性的技术,根源并不在基础理论的进展。如果说STED的理论,4pi的理论,都
: 是大学本科水平。fPALM/STORM简直不用学过物理都能理解。
: 关键是CS领域持之以恒的对并行处理的关注,普及了这种哲学。虽然对于CS来说,架构
: 级的并行处理目前还是开玩笑,对于imaging/sequencing,却已经是可行的。
: parallel sequencing的最大问题在于bioinfo的问题,要把illumina reads address回
: 去genome,需要有一个genome framework,还需要有比较好的数学工具。所以一开始根
: 本没法做。一开始,454也不敢做得那么短。后来bioinfo够强了,illumina 21nt的
: reading就已经足够。
: ...................



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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sun Dec 28 12:11:31 2008) 提到:

nonononononono.

none of them use most frontier technique.
technique using in greenberg lab is not frontier than any other fashionable
science lab.
so do people i mentioned.

technique is not THE key to make discovery.


【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: that means you need to have the access to the most frontier technique.
: expression






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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 12:56:26 2008) 提到:

估计single molecule sequencing可以突破de novo的

【 在 wsbioguy (postdog) 的大作中提到: 】
: 二代测序不能很好的de novo sequencing a complex genome
: 而且短期内这方面不会有大的突破
: 除此之外, 随着成本降低, 一代测序基本没有任何优势了





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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 13:00:10 2008) 提到:

我觉得嘛,这个事情是这样的,你focus在technique上面,自然会丢掉很多science,
很多时候问题就是你做完technique出来,不知道拿它干嘛。比如那些测序的,测来测
去测个鸟,啥问题都没有。但是你要是有问题,需要有个technique去解决,做了,解
决了,这就是突破。两个不能混起来谈。

MARCM当时难道不是新技术,差不多把整个developmental biology都改变了。

你说greenberg的science好,别人还觉得不original呢,lol *_^


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: nonononononono.
: none of them use most frontier technique.
: technique using in greenberg lab is not frontier than any other
fashionable
: science lab.
: so do people i mentioned.
: technique is not THE key to make discovery.





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Sun Dec 28 13:15:03 2008) 提到:

我觉得多半时候新的技术和方法,还有一些在生物学上面的应用都是在一些
前沿技术比较活跃的学校或者研究所结合起来的,还是要有一个交流的环境

不过前提是要有过硬的技术,以及不断修改技术的supporter,还有懂science
的前沿在哪里的人,还要有结合的动机,这个其实往往通过底下的学生和
博士后的私人关系合作起来的。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 我觉得嘛,这个事情是这样的,你focus在technique上面,自然会丢掉很多science,
: 很多时候问题就是你做完technique出来,不知道拿它干嘛。比如那些测序的,测来测
: 去测个鸟,啥问题都没有。但是你要是有问题,需要有个technique去解决,做了,解
: 决了,这就是突破。两个不能混起来谈。
: MARCM当时难道不是新技术,差不多把整个developmental biology都改变了。
: 你说greenberg的science好,别人还觉得不original呢,lol *_^
: fashionable




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sun Dec 28 13:17:14 2008) 提到:

那别人觉得original的是啥样的?

技术与science的关系还是roger tsien处理的最好,他参加很多各种topic的seminar,
他做的技术从来就是有需要解
决的问题,然后明确方向,所以每次給talk都灰常牛叉,感觉设计的技术都正中靶心,
很快就能用上,解决重大问题。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 我觉得嘛,这个事情是这样的,你focus在technique上面,自然会丢掉很多science,
: 很多时候问题就是你做完technique出来,不知道拿它干嘛。比如那些测序的,测来测
: 去测个鸟,啥问题都没有。但是你要是有问题,需要有个technique去解决,做了,解
: 决了,这就是突破。两个不能混起来谈。
: MARCM当时难道不是新技术,差不多把整个developmental biology都改变了。
: 你说greenberg的science好,别人还觉得不original呢,lol *_^
: fashionable






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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Sun Dec 28 13:29:16 2008) 提到:

他是很天才的人。。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 那别人觉得original的是啥样的?
: 技术与science的关系还是roger tsien处理的最好,他参加很多各种topic的seminar,
: 他做的技术从来就是有需要解
: 决的问题,然后明确方向,所以每次給talk都灰常牛叉,感觉设计的技术都正中靶心,
: 很快就能用上,解决重大问题。




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  nyoung (Dragon) 于 (Sun Dec 28 13:51:28 2008) 提到:

live forever
【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................






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  ongoing (Up and Down) 于 (Sun Dec 28 14:17:10 2008) 提到:

你说的这些建立新体系的传奇事迹恐怕是越来越难了吧
曾几何时,只要从显微镜看下去,一切都是新的
把电极往随便什么地方一插,就有可能看到有趣的信号,甚至开辟一个领域
现在大多数人只是在刨来钻去弄一些细节

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: ok,
: Michael Greenberg, always leads the tide. his work could not be called
: fashionable science, instead, his
: work ahead fashionable science at least 5 years. he studied gene
expression
: in neuron at 80-early 90s,
: before most people, when transcription became fashionable. he moved on to
: study the role of
: transcription in regulating synaptic functions.
: there are a lot of examples. a lot of top down style scientists don't do
: fashionable science.
: ...................





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Sun Dec 28 14:31:58 2008) 提到:


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 关键是CS领域持之以恒的对并行处理的关注,普及了这种哲学。虽然对于CS来说,架构
: 级的并行处理目前还是开玩笑,对于imaging/sequencing,却已经是可行的。

就 CS 的语言来讲,sequencer 的 parallelization 叫做 embarrassingly parallel
。这在 CS
里已经很普遍了,例如最近很火的 google map/reduce 就是做这个的。不是开玩笑。
但是 Next-gen
sequencing 把这种 parallelization 用到极致,如 ABI 的机器可以同时定 1-2 亿个
reads. 虽
然 read rate 很慢,但光靠 scale 就打死你。
但这种趋势会持续下去吗?supercomputing 也有一阵子热 massively parallel 的机
子,Thinking
Machine 的 Connection machine. 个别 CPU 很慢,但是巨量 parallel。这机器后来
没活下来。我
个人认为将来的机器会在 parallelization/read rate 上得到比较好的平衡。

: parallel sequencing的最大问题在于bioinfo的问题,要把illumina reads address回
: 去genome,需要有一个genome framework,还需要有比较好的数学工具。所以一开始根
: 本没法做。一开始,454也不敢做得那么短。后来bioinfo够强了,illumina 21nt的
: reading就已经足够。

Bioinformatics 在理论上其实也没什么问题 -- 一个 read 进来就对 genome 扫到最
好的 match 就
是了,这问题在 CS 里 30 年前就解决了,只是广大生物 wsn 一直不知道。理论上 14
-15bp 就包含足够
的资讯可以 map 回 human genome 了。454 的 read length 很长,所以他们应该不存
在 “不敢做得
那么短” 的问题。Illumina/Helicos/ABI/PacBio 才需要烦恼这件事。




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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Sun Dec 28 14:36:47 2008) 提到:

De novo 的关键是 read length + accuracy (不然没法做 assembly)。 SMS 目前两
个都不及
格。Helicos 撑死了测到 30-35 bps/read, PacBio 的 1x raw accuracy 只有 75% (
四个 base
错一个!)。S/N ratio 太差是关键。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 估计single molecule sequencing可以突破de novo的






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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Sun Dec 28 14:46:07 2008) 提到:

不做 fashionalbe science 的人绝大多数会在 postdoc --> PI 这一关被挡下来,过
了的人会在申请
funding 这一关被挡下来。我个人对于不赶流行还能活着的人感到无比的敬仰。前几天
在一个有数位 PI 的
party ,听他们在商量 energy 的钱要来了,如何把自己和 energy 风马牛不相及的东
西靠上去等等。顿
感 science 已经不是我等 naive 的人可以搞得了。

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 这年头不做fashionalbe science又能活下来的不容易阿,成本太高了。






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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 15:03:15 2008) 提到:


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: Bioinformatics 在理论上其实也没什么问题 -- 一个 read 进来就对 genome 扫到最
: 好的 match 就
: 是了,这问题在 CS 里 30 年前就解决了,只是广大生物 wsn 一直不知道。

这个还是有点问题的,两个duplicated gene怎么办?重复序列转座子怎么处理?理论
上的确很短就可以work,但是事实上还是有点麻烦的。

理论上 14
: -15bp 就包含足够
: 的资讯可以 map 回 human genome 了。454 的 read length 很长,所以他们应该不存
: 在 “不敢做得
: 那么短” 的问题。Illumina/Helicos/ABI/PacBio 才需要烦恼这件事。

对的,我曾经想过454为什么没有用短readlength去做,也许是出于拼接的考虑。
PacBio的readlength极长,可以比454还要长。我觉得它的主要问题是要弄一个好的
polymerase。





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 15:10:16 2008) 提到:

我觉得define original很难,因为by nature这些original research肯定就不会和别
的一样,所以无所谓共性。define inoriginal非常容易,就是它和别的东西一样了。

cfos这个肯定是original。但是你跟下去看,他还有没有original的东西?我觉得很难
说。举个例子,你在LTP范式里面不断往里塞molecule,这个也有作用,那个也有作用
,这肯定不original。

再举个例子,你就说learning memory,大家显然regard tim tully,有谁regard joe
tsien啊。



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 那别人觉得original的是啥样的?
: 技术与science的关系还是roger tsien处理的最好,他参加很多各种topic的seminar,
: 他做的技术从来就是有需要解
: 决的问题,然后明确方向,所以每次給talk都灰常牛叉,感觉设计的技术都正中靶心,
: 很快就能用上,解决重大问题。





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  zzzzh (靠山吃山,靠水吃水) 于 (Sun Dec 28 15:10:24 2008) 提到:

454 throughput太小
【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 这个还是有点问题的,两个duplicated gene怎么办?重复序列转座子怎么处理?理论
: 上的确很短就可以work,但是事实上还是有点麻烦的。
: 理论上 14
: 对的,我曾经想过454为什么没有用短readlength去做,也许是出于拼接的考虑。
: PacBio的readlength极长,可以比454还要长。我觉得它的主要问题是要弄一个好的
: polymerase。





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Sun Dec 28 15:17:29 2008) 提到:

我以前老板做的东西绝对unique,但是有什么用呢?他就是不停的做circuits,
加上fancy的on-chip wiring,这些东西如果没有首先在理论上面突破,再怎么做
我觉得还是只能看上去很美好而以。

生物领域其实很容易做到与众不同,换个蛋白换个信号通路换个模式动物等等,
问题是这个对于整个领域的发展有没有本质的推动?现在做生物的人这么多,
只要有一种新的组合的可能性,基本上就会有实验室在做。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 我觉得define original很难,因为by nature这些original research肯定就不会和别
: 的一样,所以无所谓共性。define inoriginal非常容易,就是它和别的东西一样了。
: cfos这个肯定是original。但是你跟下去看,他还有没有original的东西?我觉得很难
: 说。举个例子,你在LTP范式里面不断往里塞molecule,这个也有作用,那个也有作用
: ,这肯定不original。
: 再举个例子,你就说learning memory,大家显然regard tim tully,有谁regard
joe
: tsien啊。




☆─────────────────────────────────────☆
  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Sun Dec 28 15:21:06 2008) 提到:

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 这个还是有点问题的,两个duplicated gene怎么办?重复序列转座子怎么处理?理论
: 上的确很短就可以work,但是事实上还是有点麻烦的。

mapping 不一定只能 map 到一个地方啊。 一般的 short reading mapping 软件都会
回报所有的 k-
mismatch hits, 然后看你要选哪个 hit。 不过的确现在很少人做短于 25bp 的 read
length。

: 理论上 14
: 对的,我曾经想过454为什么没有用短readlength去做,也许是出于拼接的考虑。
: PacBio的readlength极长,可以比454还要长。我觉得它的主要问题是要弄一个好的
: polymerase。

他们的 polymerase 限制很多。不能太快(不然没信号),不能太慢(不然 thruput 不
行),要能乖乖黏
在表面,还要能在洞里快乐地工作。我一直没搞明白 Pacbio 的 read length 有多长
。科普一下?






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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 15:31:03 2008) 提到:

PacBio的paper ms science已经publish了。show了一个2.5kb的single reaction,不
知道工作长度应该是多长。他主要问题我觉得是没法用带proofreading功能的酶,不然
他们设计的那个读法就过不了,这种情况下error高相当正常,1x coverage的error
rate的确不清楚。另外他号称可以用同样的技术来研究native chromosome上面的
transcription kinetics,我倒是很想知道怎么弄。。。


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: mapping 不一定只能 map 到一个地方啊。 一般的 short reading mapping 软件都会
: 回报所有的 k-
: mismatch hits, 然后看你要选哪个 hit。 不过的确现在很少人做短于 25bp 的
read
: length。
: 他们的 polymerase 限制很多。不能太快(不然没信号),不能太慢(不然 thruput 不
: 行),要能乖乖黏
: 在表面,还要能在洞里快乐地工作。我一直没搞明白 Pacbio 的 read length 有多长
: 。科普一下?





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  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 15:34:01 2008) 提到:

换来换去显然不original。。。

Joe Tsien有的工作,就是把别人做过的几个东西换个地方拿来做一下。

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 我以前老板做的东西绝对unique,但是有什么用呢?他就是不停的做circuits,
: 加上fancy的on-chip wiring,这些东西如果没有首先在理论上面突破,再怎么做
: 我觉得还是只能看上去很美好而以。
: 生物领域其实很容易做到与众不同,换个蛋白换个信号通路换个模式动物等等,
: 问题是这个对于整个领域的发展有没有本质的推动?现在做生物的人这么多,
: 只要有一种新的组合的可能性,基本上就会有实验室在做。
: joe





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  wsbioguy (postdog) 于 (Sun Dec 28 16:12:24 2008) 提到:



【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 这个还是有点问题的,两个duplicated gene怎么办?重复序列转座子怎么处理?理论
: 上的确很短就可以work,但是事实上还是有点麻烦的。

这个没有任何别的办法, 只有通过长度覆盖重复序列的read来实现
算法上,deB图法已经是目前能想到最好的算法了



: 理论上 14
: 对的,我曾经想过454为什么没有用短readlength去做,也许是出于拼接的考虑。
: PacBio的readlength极长,可以比454还要长。我觉得它的主要问题是要弄一个好的
: polymerase。




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sun Dec 28 18:37:03 2008) 提到:

1. define original 容易,一个领域的第一片文章就行了,在没有范式的时候开创范
式,就是original.
2. c-fos到后来没意思了,因为c-fos的使命就是CREB在neuron里功能的confirm,因为
CREB是别人发现的,而
且c-fos本身的功能没搞清。
3. greenberg其他的原创工作比如,physiological stimulus可以激活CREB磷酸化,一
系列activity-dependent
TF对neuronal survival有作用,和最近的activity-dependent TF对synapse
development and function的贡
献。

往现有的LTP范式里塞东西当然无聊。发现全新的LTP signaling pathway就不无聊了。

tim tully对L&M的贡献远胜于joe tsien, tim tully orignal的地方在于用果蝇作为模
型对L&M进行genetic
dissection. 他是第一个能将果蝇的各种记忆模式genetically define的。
joe tsien的贡献被tonegawa的光芒掩没了,因为无非是在NMDAR和L&M里折腾,没有新
的范式。而且小鼠的遗
传解剖远没有果蝇来的容易。不管你之前玩的多么fancy, 什么temporal control,最
后的phenotype就15%差别,
太subtle了。


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 我觉得define original很难,因为by nature这些original research肯定就不会和别
: 的一样,所以无所谓共性。define inoriginal非常容易,就是它和别的东西一样了。
: cfos这个肯定是original。但是你跟下去看,他还有没有original的东西?我觉得很难
: 说。举个例子,你在LTP范式里面不断往里塞molecule,这个也有作用,那个也有作用
: ,这肯定不original。
: 再举个例子,你就说learning memory,大家显然regard tim tully,有谁regard
joe
: tsien啊。






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  annieyzyz (annie) 于 (Sun Dec 28 18:52:51 2008) 提到:


For your reference:

as i say from what i can say that the near future of biomed development lies
on the artificial bioproducts such as artificial organs, artifacial blood,
artificial nerve pathways.......

good luck people





【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Sun Dec 28 21:16:35 2008) 提到:

LTP signalling pathway多一个是一个,不就是等于往里塞东西么,你说BDNF,我再加一个wnt,他再来加个notch,有什么意思。。。另外的东西,我觉得也是这样的。第一个发现TF磷酸化可以调控TF功能的人牛x,后面的人来说,TF b也有磷酸化调控,TF c也有磷酸化调控。。。这
说他一定很好了。当然你说,这个TF的磷酸化导致精神病,好,大paper等着你发,要是你这解决了精神病的分子病理问题,开发出个药,那还有机会拿Nobel prize。不过要是后面这一点不成立,就只到前面一步,也就是我们说的CNS灌水文啦!*_^


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 1. define original 容易,一个领域的第一片文章就行了,在没有范式的时候开创范
: 式,就是original.
: 2. c-fos到后来没意思了,因为c-fos的使命就是CREB在neuron里功能的confirm,因为
: CREB是别人发现的,而
: 且c-fos本身的功能没搞清。
: 3. greenberg其他的原创工作比如,physiological stimulus可以激活CREB磷酸化,一
: 系列activity-dependent
: TF对neuronal survival有作用,和最近的activity-dependent TF对synapse
: development and function的贡
: 献。
: ...................






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  webhopper (大力水手) 于 (Sun Dec 28 21:23:30 2008) 提到:


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: Bioinformatics 在理论上其实也没什么问题 -- 一个 read 进来就对 genome 扫到最
: 好的 match 就
: 是了,这问题在 CS 里 30 年前就解决了,只是广大生物 wsn 一直不知道。理论上
14
: -15bp 就包含足够
: 的资讯可以 map 回 human genome 了。454 的 read length 很长,所以他们应该不存
: 在 “不敢做得
: 那么短” 的问题。Illumina/Helicos/ABI/PacBio 才需要烦恼这件事。

这样做如果读出的信息有错误,如何纠错呢?而且读的genome target和reference
genome不完全相同的情况下,如何match它们不同的部分?



☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Sun Dec 28 22:32:48 2008) 提到:

如果是一个完全不同于以前任何一个类似的信号通路呢?
以前所有的通路都是说钙进来一大陀东西磷酸化去磷酸化,然后GluR上上下下的折腾,
我说你仔细看看,钙进来以
后干了你想象不到的事情,从一个崭新的水平上控制了LTP, 然后不算完阿,加上in
vivo mouse genetics, 俺们就
能从根本上解决LTP的分子机制。你不要以为LTP的分子机制搞清楚了,完全不清楚,一
大陀浆糊,浆糊,浆
糊。CF Stevens 说15年前,他满怀信心的认为LTP能很快能搞清楚,15年了,还是一砣
浆糊。holy crap.

原因呢,就是大家都赶时髦,听说什么什么有用,赶紧来做一把,不清不楚的把文章发
了,然后就留了一个大疙
瘩。

另外,彻底而清楚的分子机制是必需知道的,否则就是浆糊。那种敲掉一个分子,发现
一个表形,什么机制都不知
道的,就是浆糊。一个分子ko导致疾病类似的表形更扯淡,分子机制不是这样做的。所
以现在所谓精神病的分子病
理彻头彻尾是狗屁,狗屁,狗屁!


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: LTP signalling pathway多一个是一个,不就是等于往里塞东西么,你说BDNF,我再
加一个wnt,他再来加个
notch,有什么意思。。。另外的东西,我觉得也是这样的。第一个发现TF磷酸化可以
调控TF功能的人牛x,后面
的人来说,TF b也有磷酸化调控,TF c也有磷酸化调控。。。这个很难说他一定很好了
。当然你说,这个TF的磷酸
化导致精神病,好,大paper等着你发,要是你这解决了精神病的分子病理问题,开发
出个药,那还有机会拿
Nobel prize。不过要是后面这一点不成立,就只到前面一步,也就是我们说的CNS灌水
文啦!*_^






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  Bierhoff (伙夫) 于 (Sun Dec 28 22:48:53 2008) 提到:

俺就是在做你说的浆糊

不过问题是,十几二十年前就是敲掉个分子看表型发paper,现在机理也没完全搞清,
总不能一直憋着不发浆糊,等十几二十年搞清机理再发paper吧?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 如果是一个完全不同于以前任何一个类似的信号通路呢?
: 以前所有的通路都是说钙进来一大陀东西磷酸化去磷酸化,然后GluR上上下下的折腾,
: 我说你仔细看看,钙进来以
: 后干了你想象不到的事情,从一个崭新的水平上控制了LTP, 然后不算完阿,加上in
: vivo mouse genetics, 俺们就
: 能从根本上解决LTP的分子机制。你不要以为LTP的分子机制搞清楚了,完全不清楚,一
: 大陀浆糊,浆糊,浆
: 糊。CF Stevens 说15年前,他满怀信心的认为LTP能很快能搞清楚,15年了,还是一砣
: 浆糊。holy crap.
: 原因呢,就是大家都赶时髦,听说什么什么有用,赶紧来做一把,不清不楚的把文章发
: ...................




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 00:22:00 2008) 提到:

不过好像他现在在武汉过得很爽阿。。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 换来换去显然不original。。。
: Joe Tsien有的工作,就是把别人做过的几个东西换个地方拿来做一下。




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 00:24:06 2008) 提到:

恩,我也觉得这个其实没什么大不了的,还是在往里面塞东西。
无非就是换个pathway,换个蛋白而已,反正生物里面什么东西都互相有关系,
想做总可以做出来。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: LTP signalling pathway多一个是一个,不就是等于往里塞东西么,你说BDNF,我再
加一个wnt,他再来加个notch,有什么意思。。。另外的东西,我觉得也是这样的。第
一个发现TF磷酸化可以调控TF功能的人牛x,后面的人来说,TF b也有磷酸化调控,TF
c也有磷酸化调控。。。这




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  peoplem (kissss) 于 (Mon Dec 29 00:25:29 2008) 提到:

他没彻底回国吧 就在上海有个所吧

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 不过好像他现在在武汉过得很爽阿。。





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 00:28:32 2008) 提到:

这个没有什么吧。。反正来了一个新的功能问题,就找一个最全的信号通路的图,
看看哪些通路是已经被做过的,然后把剩下的找一个看得顺眼的拉出来也做做。。
然后申请funding的时候看看怎么顺着这个通路编编故事。。

反正信号通路那么多,做几十年几百年都做不完。。千老万老万万老都做不完阿。。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 如果是一个完全不同于以前任何一个类似的信号通路呢?
: 以前所有的通路都是说钙进来一大陀东西磷酸化去磷酸化,然后GluR上上下下的折腾,
: 我说你仔细看看,钙进来以
: 后干了你想象不到的事情,从一个崭新的水平上控制了LTP, 然后不算完阿,加上in
: vivo mouse genetics, 俺们就
: 能从根本上解决LTP的分子机制。你不要以为LTP的分子机制搞清楚了,完全不清楚,一
: 大陀浆糊,浆糊,浆
: 糊。CF Stevens 说15年前,他满怀信心的认为LTP能很快能搞清楚,15年了,还是一砣
: 浆糊。holy crap.
: 原因呢,就是大家都赶时髦,听说什么什么有用,赶紧来做一把,不清不楚的把文章发
: ...................



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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 00:35:12 2008) 提到:

糙,你们都狠牛,俺的雄心壮志你们都看不上眼, fine, 至少CFS对俺的计划比较认同。


【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 这个没有什么吧。。反正来了一个新的功能问题,就找一个最全的信号通路的图,
: 看看哪些通路是已经被做过的,然后把剩下的找一个看得顺眼的拉出来也做做。。
: 然后申请funding的时候看看怎么顺着这个通路编编故事。。
: 反正信号通路那么多,做几十年几百年都做不完。。千老万老万万老都做不完阿。。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 00:38:22 2008) 提到:

没有没有,大家都是混口饭吃嘛,我做的也未必不是浆糊。
文章当然要发,没机理也可以发,俺只不过发点做生化的怨妇的牢骚,现在新人换旧人
了,机理做的再好也难发好文
章,做个老鼠,什么机理都不用做,狂做一把切片就能发好文章。

不就是老鼠嘛,谁不会做阿,俺也做了个conditional KO,然后杂阿杂阿,就等这看表
形了。


【 在 Bierhoff (伙夫) 的大作中提到: 】
: 俺就是在做你说的浆糊
: 不过问题是,十几二十年前就是敲掉个分子看表型发paper,现在机理也没完全搞清,
: 总不能一直憋着不发浆糊,等十几二十年搞清机理再发paper吧?






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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 00:40:18 2008) 提到:

其实绝大部分人做科学都是这样子的拉,我们都是凡人,
做做科学也就是养家糊口了,适度yy一下也不错。。

真要到Roger Tsien那种层次,甚至更高的那些牛人们,
也不是这里一句两句说的清楚地。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 糙,你们都狠牛,俺的雄心壮志你们都看不上眼, fine, 至少CFS对俺的计划比较认
同。




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 00:42:09 2008) 提到:

我觉得你的雄心壮志挺好的。:)


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 没有没有,大家都是混口饭吃嘛,我做的也未必不是浆糊。
: 文章当然要发,没机理也可以发,俺只不过发点做生化的怨妇的牢骚,现在新人换旧人
: 了,机理做的再好也难发好文
: 章,做个老鼠,什么机理都不用做,狂做一把切片就能发好文章。
: 不就是老鼠嘛,谁不会做阿,俺也做了个conditional KO,然后杂阿杂阿,就等这看表
: 形了。




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  ongoing (Up and Down) 于 (Mon Dec 29 00:42:58 2008) 提到:

more interesting projects would be how different types of neurons find their
targets (either local or distant) to innervate, how local strong neuronal
motifs are formed in the cortex, how cortical maps are formed, how neurons
cluster according to their function, to name a few

stuck with LTP molecular mechanism is really like a dead-end.

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 糙,你们都狠牛,俺的雄心壮志你们都看不上眼, fine, 至少CFS对俺的计划比较认
同。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 00:48:58 2008) 提到:

你说的都是发育中的问题,坦诚的说,我老板是专家,而且这方面非常难做,非常难做
,你知道我们实验室那个做你说
的类似的这个,target selectivity, 体外做人不信,体内那神经组织如此密集根本没
法看。
我本身其实并不太想搞LTP,现在主要在拿homeostasis做readout。
偶只是觉得,眼看着homeostasis就要解决了,然和呢?
LTP貌似做烂了,其实是走进了死胡同,并不是已经搞清楚了,
俺要rejuvenate it!


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: more interesting projects would be how different types of neurons find
their
:  targets (either local or distant) to innervate, how local strong neuronal
: motifs are formed in the cortex, how cortical maps are formed, how neurons
: cluster according to their function, to name a few
: stuck with LTP molecular mechanism is really like a dead-end.
: 同。






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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 00:51:28 2008) 提到:

当评论家比实际做要容易的多,尤其对于生物这种劳力密集,资金密集的研究.在现在的
制度下,不做小点的东西没饭吃。要他们那几个站着说话不腰疼得,都真的阳春白雪,
扛上10年磨一剑的东西,不可能在科学圈混了。
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 糙,你们都狠牛,俺的雄心壮志你们都看不上眼, fine, 至少CFS对俺的计划比较认
同。





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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 00:56:10 2008) 提到:

en,主要这样的玩法让人看不到尽头,没有质变的盼头.
【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 这个没有什么吧。。反正来了一个新的功能问题,就找一个最全的信号通路的图,
: 看看哪些通路是已经被做过的,然后把剩下的找一个看得顺眼的拉出来也做做。。
: 然后申请funding的时候看看怎么顺着这个通路编编故事。。
: 反正信号通路那么多,做几十年几百年都做不完。。千老万老万万老都做不完阿。。





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  ongoing (Up and Down) 于 (Mon Dec 29 01:04:47 2008) 提到:

我不看好这个领域主要有两个原因

一是LTP本身已经成了陈词滥调,有时候都成了开玩笑的对象,况且因为你说的原因,
就算取得进展也难以得到认同,等你辛辛苦苦做点东西出来,同行反响不过是"sure,
why not" or "not another hypothesis...", etc. 我自己就在一个做烂的领域,尽管
很多基本问题搞不清楚,可就凭现有工具也做不出太多有趣的东西,而且多年下来,各
类门派都出来了,有时候会变得很political,我相信ltp机制也差不多,互相指摘的事
情在talk和paper中都见过,很没劲的感觉。

二是steven chu说过,如果你和其他人都有同样的工具,除非你比你的同行都要聪明,
否则难以成功。这方面例子也太多。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 你说的都是发育中的问题,坦诚的说,我老板是专家,而且这方面非常难做,非常难做
: ,你知道我们实验室那个做你说
: 的类似的这个,target selectivity, 体外做人不信,体内那神经组织如此密集根本没
: 法看。
: 我本身其实并不太想搞LTP,现在主要在拿homeostasis做readout。
: 偶只是觉得,眼看着homeostasis就要解决了,然和呢?
: LTP貌似做烂了,其实是走进了死胡同,并不是已经搞清楚了,
: 俺要rejuvenate it!
: their





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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 01:05:15 2008) 提到:

你觉得他们当时为啥这么轻易就能挖了个坑呢?
从现在人的角度看,他们也不是做什么fancy的,别人根本想不到的idea阿.
还是因为那时候分子生物学工具刚刚开始比较好用,所以大家只要稍微交叉一下,就能凿
个坑?
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: ok,
: Michael Greenberg, always leads the tide. his work could not be called
: fashionable science, instead, his
: work ahead fashionable science at least 5 years. he studied gene
expression
: in neuron at 80-early 90s,
: before most people, when transcription became fashionable. he moved on to
: study the role of
: transcription in regulating synaptic functions.
: there are a lot of examples. a lot of top down style scientists don't do
: fashionable science.
: ...................





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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 01:08:39 2008) 提到:

俺也没明白为啥,今年HHMI搞了那么多结构的?
做结构的数据是所有做生物的人当中最具可重复性倒是真的.LOL
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: see, this is it.
: 我不做结构的,凭想象,觉得结构应该很牛,maybe,不如今年hhmi就不会招这么多做
: 结构的,只不过没那么快
: 产出。
: 你不做测序的,凭想象,觉得测序应该很牛,其实也就是那么回事,有那么快产出吗,
: 真正前途在哪里?真做测序
: 的才知道。
: 测序有用,当然,没有数据库,怎么深入做功能?可惜把做数据库说成是牛叉无比就可
: 笑了,数据库就是数据库,
: 没有后来的功能研究,数据库就是junk.
: ...................





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Mon Dec 29 03:13:44 2008) 提到:

HHMI 一向对计算/实验的结构生物情有独钟。结构的数据最具可重复性?还好吧。请回
头翻 ABC
transporter 结构的大笑话。

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 俺也没明白为啥,今年HHMI搞了那么多结构的?
: 做结构的数据是所有做生物的人当中最具可重复性倒是真的.LOL






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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Mon Dec 29 03:18:32 2008) 提到:


纠错:

1. 用纠错码,像 ABI 的 2-base encoding
2. 用大量的 coverage, 取 consensus read. 1000 genome project 规定要 30x.

如果要定的 target 和 reference 不完全一样的话,I guess there not much you
can do

【 在 webhopper (大力水手) 的大作中提到: 】
: 14
: 这样做如果读出的信息有错误,如何纠错呢?而且读的genome target和reference
: genome不完全相同的情况下,如何match它们不同的部分?






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 03:20:24 2008) 提到:

应该说greenberg是比较少的几个成功的用分子生物学方法研究神经系统的,他们刚开
始做的时候,没有任何现成的范
式可以follow,所以这是为什么其实做起来不难,第一个开始做的人还是很不容易的原
因。

我不同意在任何时候做出original的研究是轻易的,用现在的技术手段看当然是轻易的
,可80年代末,小抽个质粒都要
折腾半天,做那些东西还是很不容易的。等到容易到大家都会做,那就不希罕了,就
fashionable了。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 你觉得他们当时为啥这么轻易就能挖了个坑呢?
: 从现在人的角度看,他们也不是做什么fancy的,别人根本想不到的idea阿.
: 还是因为那时候分子生物学工具刚刚开始比较好用,所以大家只要稍微交叉一下,就能凿
: 个坑?
: expression






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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Mon Dec 29 03:20:42 2008) 提到:


他这是不是在变着法子 BSO 自己很聪明啊?他 lab 的工具并不比别人特出多少。

【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 二是steven chu说过,如果你和其他人都有同样的工具,除非你比你的同行都要聪明,
: 否则难以成功。这方面例子也太多。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 03:21:14 2008) 提到:

thanks for your comments!
i will keep them in my mind.


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 我不看好这个领域主要有两个原因
: 一是LTP本身已经成了陈词滥调,有时候都成了开玩笑的对象,况且因为你说的原因,
: 就算取得进展也难以得到认同,等你辛辛苦苦做点东西出来,同行反响不过是"sure,
: why not" or "not another hypothesis...", etc. 我自己就在一个做烂的领域,尽管
: 很多基本问题搞不清楚,可就凭现有工具也做不出太多有趣的东西,而且多年下来,各
: 类门派都出来了,有时候会变得很political,我相信ltp机制也差不多,互相指摘的事
: 情在talk和paper中都见过,很没劲的感觉。
: 二是steven chu说过,如果你和其他人都有同样的工具,除非你比你的同行都要聪明,
: 否则难以成功。这方面例子也太多。






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  heculase (似水年华) 于 (Mon Dec 29 04:35:41 2008) 提到:

我感觉30x还是有点少,如果他们用的是illumina/PacBio

PacBio 15x 才99.3%

测到CNV/SNP以后再细测是王道?。。。

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 纠错:
: 1. 用纠错码,像 ABI 的 2-base encoding
: 2. 用大量的 coverage, 取 consensus read. 1000 genome project 规定要 30x.
: 如果要定的 target 和 reference 不完全一样的话,I guess there not much you
: can do





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  heculase (似水年华) 于 (Mon Dec 29 04:47:57 2008) 提到:

唉,你说,一开始说LTP是cAMP,然后说cAMP打开PKA,PKA调控channel,酶重要;然后说channel还得在那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也重要;然后说转录出来还得翻译,翻译重要;然后说翻译了还得运输,所以运输重要;然后说运输得要vesicle,
lgi重要;然后说spine得要neck,所以septin重要;。。。这个说NGF有作用,那个说BDNF有作用,第三个说wnt也有作用;筛到了receptor也来说一下,筛到了ligand也来说一下,blahblahblah。。。

这不扯么。搞半天,只要影响neuron生活的快乐指数的gene,肯定就和它或多或少有点关联嘛。你说那个表型不强的东西没意义,我很赞同。那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation都没法比。

问题在于,LTP和memory啥关系啊。这definition本身就很混乱嘛。比如说,只要是神经元生长有关的东西,啥mTOR S60K PKA Akt PI3K,是个激酶就有关。这样的情况下,有人说发现一条新通路,谁觉得是个很大的事情呢。所以我觉得,这就没几个original的。这个领域最original
好像在Kandel以前。

更进一步来说,这些东西有哪些是做LTP的人自己做出来的?cell biology提供了这个领域大部分的fuel。它没有提出任何对于cell biology来说original的概念,顶多给你换个molecule,Eph换成Sema,有趣么?original studies都是做cell的人做过的。

homeostasis我看不懂。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 糙,你们都狠牛,俺的雄心壮志你们都看不上眼, fine, 至少CFS对俺的计划比较认
同。







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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 10:39:42 2008) 提到:

唉,同意你说的。
问题是,有那么多生物实验室,都要申请funding,那么多新老板要靠CNS评tenure,
那么多千老万老都要养家糊口,不这么搞怎么办?

其实各行各业都差不多这样的。你看B-S方程养活了多少人?都已经快出来几十种
不同的推导方法了。

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 唉,你说,一开始说LTP是cAMP,然后说cAMP打开PKA,PKA调控channel,酶重要;然
后说channel还得在那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也
重要;然后说转录出来还得翻译,翻译重要;然后说翻译了还得运输,所以运输重要;
然后说运输得要vesicle,
: 这不扯么。搞半天,只要影响neuron生活的快乐指数的
gene,肯定就和它或多或少有点关联嘛。你说那个表型不强的东西没意义,我很赞同。
那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation都没法比。
: 问题在于,LTP和memory啥关系啊。这definition本身就很混乱嘛。比如说,只要是
神经元生长有关的东西,啥mTOR S60K PKA Akt PI3K,是个激酶就有关。这样的情况下
,有人说发现一条新通路,谁觉得是个很大的事情呢。所以我觉得,这就没几个
original的。这个领域最original
: 更进一步来说,这些东西有哪些是做LTP的人自
己做出来的?cell biology提供了这个领域大部分的fuel。它没有提出任何对于cell
biology来说original的概念,顶多给你换个molecule,Eph换成Sema,有趣么?
original studies都是做cell的人做过的。
: homeostasis我看不懂。
: 同。




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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 11:03:21 2008) 提到:

是这么个理,不过一直不理解,很多功成名就的大牛为什么还是跟新出道的摊这种浑水,
以混paper为目的。他们有资源有闲钱可以去做一些别人都不做的可能打水漂的
research.
【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 唉,同意你说的。
: 问题是,有那么多生物实验室,都要申请funding,那么多新老板要靠CNS评tenure,
: 那么多千老万老都要养家糊口,不这么搞怎么办?
: 其实各行各业都差不多这样的。你看B-S方程养活了多少人?都已经快出来几十种
: 不同的推导方法了。
: 后说channel还得在那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也
: 重要;然后说转录出来还得翻译,翻译重要;然后说翻译了还得运输,所以运输重要;
: 然后说运输得要vesicle,
: gene,肯定就和它或多或少有点关联嘛。你说那个表型不强的东西没意义,我很赞同。
: 那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation都没法比。
: ...................





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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 11:05:44 2008) 提到:

你这个ABC transporter是很少有的例子。生物大分子结构是非常solid data。
你去比较下生物里别的领域的,那差的还是很多的。
【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: HHMI 一向对计算/实验的结构生物情有独钟。结构的数据最具可重复性?还好吧。请回
: 头翻 ABC
: transporter 结构的大笑话。





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Mon Dec 29 11:15:42 2008) 提到:

人都是有惰性的。。而且一直保持那种创造力也不太可能。
家大业大,总是有几十口人要养。。。

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 是这么个理,不过一直不理解,很多功成名就的大牛为什么还是跟新出道的摊这种浑
水,
: 以混paper为目的。他们有资源有闲钱可以去做一些别人都不做的可能打水漂的
: research.




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  Bierhoff (伙夫) 于 (Mon Dec 29 11:21:50 2008) 提到:

可能还是得老鼠里面有表型,以前细胞里有些基因机理搞得头头是道,敲掉后老鼠
根本不在乎,让人们感觉也很受伤
祝你好运!

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 没有没有,大家都是混口饭吃嘛,我做的也未必不是浆糊。
: 文章当然要发,没机理也可以发,俺只不过发点做生化的怨妇的牢骚,现在新人换旧人
: 了,机理做的再好也难发好文
: 章,做个老鼠,什么机理都不用做,狂做一把切片就能发好文章。
: 不就是老鼠嘛,谁不会做阿,俺也做了个conditional KO,然后杂阿杂阿,就等这看表
: 形了。





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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 11:35:13 2008) 提到:


there are many reasons of a gene when KO does not give you a phenotype.
There are gene redundancy. Researchers don't check the phenotype at the
right time and right place.  Some phenotypes come out during stress response.


Thus, there is a beauty of forward genetics.  You start from a mutant
phenotype first.  Then you identify the reason cause that.



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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 12:24:31 2008) 提到:

额同意,totally同意,自从L-LTP被发现以后,就没啥original的发现了。
俺搞了这么多老鼠,还不是为了看in vivo究竟怎么回事,前提是我们得找到一个重要
到开关,然后LOF, 看体内的
plasticity. L&M的东西已经太扯淡了,虽然没做清楚,但是做的太烂了。俺要开辟新
的战场,做Autism !!!

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 唉,你说,一开始说LTP是cAMP,然后说cAMP打开PKA,PKA调控channel,酶重要;然
后说channel还得在
那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也重要;然后说转录
出来还得翻译,翻译重要;
然后说翻译了还得运输,所以运输重要;然后说运输得要vesicle,所以golgi重要;然
后说spine得要neck,所以
septin重要;。。。这个说NGF有作用,那个说BDNF有作用,第三个说wnt也有作用;筛
到了receptor也来说一
下,筛到了ligand也来说一下,blahblahblah。。。
: 这不扯么。搞半天,只要影响neuron生活的快乐指数的gene,肯定就和它或多或少有
点关联嘛。你说那个表型不
强的东西没意义,我很赞同。那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation
都没法比。
: 问题在于,LTP和memory啥关系啊。这definition本身就很混乱嘛。比如说,只要是
神经元生长有关的东西,啥
mTOR S60K PKA Akt PI3K,是个激酶就有关。这样的情况下,有人说发现一条新通路,
谁觉得是个很大的事情
呢。所以我觉得,这就没几个original的。这个领域最original的东西好像在Kandel以
前。
: 更进一步来说,这些东西有哪些是做LTP的人自己做出来的?cell biology提供了这
个领域大部分的fuel。它没有
提出任何对于cell biology来说original的概念,顶多给你换个molecule,Eph换成
Sema,有趣么?original
studies都是做cell的人做过的。
: homeostasis我看不懂。
: 同。






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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Mon Dec 29 12:32:06 2008) 提到:


No. ABC transporter is just the tip of the iceberg. This paper shows that
the
quality of structures is *inversely* proportional to the Journal's impact
factor. Structure is as screwed as other types of biology.

http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444907033847
Quality of protein crystal structures


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 你这个ABC transporter是很少有的例子。生物大分子结构是非常solid data。
: 你去比较下生物里别的领域的,那差的还是很多的。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 12:35:54 2008) 提到:

老兄跟你说实话,所谓一个分子能如何如何的影响行为等等各种生理功能,俺觉得扯淡
居多,虽然俺也即将加入扯淡的
行列。分子-细胞-生物体,这个跨越只有在少数比较简单的组织中容易检测,比如糖
尿病阿,肝阿,心脏阿什么的。
到了大脑里,全市浆糊,全是各种各样的redundancy, 谁叫homolog阿,gene family阿
什么的一砣一砣的呢?
在细胞里看到的,还真可能是那么回事,就是因为现在做个老鼠容易了,结果都要生理
功能,那那么容易,这不扯淡
嘛。好处是俺只敲转录因子,大多都有表形,那些敲细胞表面粘连分子的,痛苦阿,功
能redundant的不得了。GOF
有表形,LOF就没有。没关系,大家扯扯淡就行了。

【 在 Bierhoff (伙夫) 的大作中提到: 】
: 可能还是得老鼠里面有表型,以前细胞里有些基因机理搞得头头是道,敲掉后老鼠
: 根本不在乎,让人们感觉也很受伤
: 祝你好运!






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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Mon Dec 29 12:35:56 2008) 提到:


PacBio's error rate is much higher than Illumina's. ILMN's 1x raw accuracy
must
be in the range of 95-97%. PacBio is more like 75%.
Illumina's 30x accuracy must be like 99.99% or higher.

No. just do tons of tags are mate-paired tags.

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 我感觉30x还是有点少,如果他们用的是illumina/PacBio
: PacBio 15x 才99.3%
: 测到CNV/SNP以后再细测是王道?。。。






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  cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 于 (Mon Dec 29 12:43:41 2008) 提到:


只讨论科学,无关funding

生物这么啃大山的研究人体,属于愚公移山的行为。有的时候是不得已而为之,
比如就是要搞清楚人到底是个什么东东,人体的细节如何,那就啃吧。但是寄希望于
通过搞清楚细节,哪怕是不断大踏步的推进的搞清楚细节来推到宏观层面上,
跟寄希望于愚公把山挪走以后公路就通了是一个道理。如果寄希望于短时间(几年,
几十年)内有全面的突破,只会重复从上个世纪末到今天的 希望->失望,再希望
->再失望 这个循环。

学一些数理科学就会明白,复杂系统的行为,是很难用细节规律来刻画的。比如
所有的电阻电容电感在低频下的规律人类都知道,很精确。但是一旦搞上几百万个元件
联网,出现对输入的敏感性,就完了。哪怕你知道每个元件怎么互联的,整个系统就
变得不可解了。比如说每个元件允许有1%的误差,那么几百万个元件的误差组合就可以
制造出天文数字种完全不同的系统,而且是不可预测,不可测量确定的。

当然了解清楚细节规律对了解整个系统绝对是有帮助的,不能说做基因组,做测序
没有意义。但指望哪怕是全世界所有人的基因都搞来放一起综合分析,就能有什么
大突破,这个是没有啥指望的。前面有人提到量子力学的事情,这个类比太差了。
量子力学的突破可是对无比简单的微观系统做的。现实里宏观体系基本都是数据量
海了去了但就是突破不了的,比如地震预测,天气预报等等。

提到天气预报,生物学其实也在用类似的,系统论的方法去做。就当经验科学做,
不考虑里面的细节,只考虑综合出输入输出的联系。只是人这个课题太严肃。天气预报
明天下雨结果没下最多大家白带了伞,这在人身上搞错了......

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 恭喜。还真没想到你这样眼界狭窄内心黑暗的人还有学校可以去。虽然不知道是什么破
: 地方的烂校,还是恭喜。
: 你的 negative argument 还是可以用在生物的一切技术上:
: 50年前,没知道结构之前,人都觉得结构挺神秘的,知道了结构就知道了一切,现在知
: 道了,发现差的远呢。
: 你如果真想讨论讨论,请給出一个结构解决的重大生物学问题。
: 这样的 argument 完全没有意义。1990 年以来的生物观当然有不同。我们真的知道了
: 序列了吗?how about genetic variations?
: 崔叫兽的争论可是你跳的。Stanford 拿到一大笔钱的华人教授就他一个,我就是论
事。






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  bitterman (pm) 于 (Mon Dec 29 13:51:01 2008) 提到:

应该是先确定一个领域的意义再找人来充实它
而不是为了养活人而保留这个领域
如果养活其中的人就能成为一个领域的存在的充分理由的话,那么地下造枪,偷窃,病
毒编写etc都应该合法化并且大力扶持——因为人要混饭吃。
【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 唉,同意你说的。
: 问题是,有那么多生物实验室,都要申请funding,那么多新老板要靠CNS评tenure,
: 那么多千老万老都要养家糊口,不这么搞怎么办?
: 其实各行各业都差不多这样的。你看B-S方程养活了多少人?都已经快出来几十种
: 不同的推导方法了。
: 后说channel还得在那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也
: 重要;然后说转录出来还得翻译,翻译重要;然后说翻译了还得运输,所以运输重要;
: 然后说运输得要vesicle,?: gene,肯定就和它或多或少有点关联嘛。你说那个表型
不强的东西没意义,我很赞同。
: 那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation都没法比。
: ...................





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  cnyy (tea) 于 (Mon Dec 29 13:58:39 2008) 提到:

人家没有trash说现在database里的结构不对阿。
"while technological improvements have increased the number of structures
determined, the overall quality of structures has remained constant."
【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: No. ABC transporter is just the tip of the iceberg. This paper shows that
: the
: quality of structures is *inversely* proportional to the Journal's impact
: factor. Structure is as screwed as other types of biology.
: http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444907033847
: Quality of protein crystal structures





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  futsch (MAP) 于 (Mon Dec 29 14:14:10 2008) 提到:

Autism, another new fashion...:-)

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 额同意,totally同意,自从L-LTP被发现以后,就没啥original的发现了。
: 俺搞了这么多老鼠,还不是为了看in vivo究竟怎么回事,前提是我们得找到一个重要
: 到开关,然后LOF, 看体内的
: plasticity. L&M的东西已经太扯淡了,虽然没做清楚,但是做的太烂了。俺要开辟新
: 的战场,做Autism !!!
: 后说channel还得在
: 那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也重要;然后说转录
: 出来还得翻译,翻译重要;
: 然后说翻译了还得运输,所以运输重要;然后说运输得要vesicle,所以golgi重要;然
: 后说spine得要neck,所以
: ...................






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  ongoing (Up and Down) 于 (Mon Dec 29 14:37:28 2008) 提到:

...因为在相对论产生的时候,也就是100年前,有几个重大的绝对不能了解的东西。假
如那些东西总是不被了解,过去的整个物理学研究就要垮台。而且事实上尤其是在量子
力学到了1923-1924年的时候,Heisenberg[6]在70年代他老年时候曾有一些描述,他说
那个时候我们都非常失望,以为人类已经不可能了解原子的结构。这说明当时他们是非
常失望的,可是从现在我们知道的结果来讲呢,他们赶上了最好的机会。困难越厉害,
机会就越大...
(杨振宁)


【 在 cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 的大作中提到: 】
: 只讨论科学,无关funding
: 生物这么啃大山的研究人体,属于愚公移山的行为。有的时候是不得已而为之,
: 比如就是要搞清楚人到底是个什么东东,人体的细节如何,那就啃吧。但是寄希望于
: 通过搞清楚细节,哪怕是不断大踏步的推进的搞清楚细节来推到宏观层面上,
: 跟寄希望于愚公把山挪走以后公路就通了是一个道理。如果寄希望于短时间(几年,
: 几十年)内有全面的突破,只会重复从上个世纪末到今天的 希望->失望,再希望
: ->再失望 这个循环。
: 学一些数理科学就会明白,复杂系统的行为,是很难用细节规律来刻画的。比如
: 所有的电阻电容电感在低频下的规律人类都知道,很精确。但是一旦搞上几百万个元件
: 联网,出现对输入的敏感性,就完了。哪怕你知道每个元件怎么互联的,整个系统就
: ...................





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  wsbioguy (postdog) 于 (Mon Dec 29 18:58:05 2008) 提到:

不用这么类比吧
做生物的已经或多或少为违反经济规律强行保留领域受到了惩罚,
那就是博士毕业了找不到工作要做千老

让人连做千老都做不成就太严苛了

【 在 bitterman (pm) 的大作中提到: 】
: 应该是先确定一个领域的意义再找人来充实它
: 而不是为了养活人而保留这个领域
: 如果养活其中的人就能成为一个领域的存在的充分理由的话,那么地下造枪,偷窃,病
: 毒编写etc都应该合法化并且大力扶持——因为人要混饭吃。
: 不强的东西没意义,我很赞同。




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  wsbioguy (postdog) 于 (Mon Dec 29 18:59:05 2008) 提到:

这说明CNS关心的是膜蛋白和复合物


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: No. ABC transporter is just the tip of the iceberg. This paper shows that
: the
: quality of structures is *inversely* proportional to the Journal's impact
: factor. Structure is as screwed as other types of biology.
: http://scripts.iucr.org/cgi-bin/paper?S0907444907033847
: Quality of protein crystal structures




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  wsbioguy (postdog) 于 (Mon Dec 29 19:36:53 2008) 提到:

I like forward genetics very much.
However, it is not easy to identify the causal gene at all.


【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Dec 29 11:35:13 2008)
:
:
: there are many reasons of a gene when KO does not give you a phenotype.
: There are gene redundancy. Researchers don't check the phenotype at the
: right time and right place.  Some phenotypes come out during stress
response.
:
:
: Thus, there is a beauty of forward genetics.  You start from a mutant
: phenotype first.  Then you identify the reason cause that.
:
: --
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 144.92.]




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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 19:42:02 2008) 提到:


forward genetics screening + genome wide sequencing.

you can find the gene straitforward.

Just money talks.




【 在 wsbioguy (postdog) 的大作中提到: 】
: I like forward genetics very much.
: However, it is not easy to identify the causal gene at all.
: response.





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 20:14:06 2008) 提到:

All well said... However, any alternatives we got at the present day for
that? I agree with most of you
and some of the other folks' comments so far on various points. But I think
at this moment we as a
whole might not have any(real) alternatives for the current ways doing
science....As you said, for some
diseases like those single gene diseases and strong inheritable diseases, it
is likely easier to pin down
the casual-relationship. but for others, we may never pin down the causes. 
And they are very much
unlikely single/mutliple genes diseases.  You talked of homeostasis....that
will be the  only key word
and I firmly believe it is the way of the future science. Even today, I
believe that any real scientists all
would bear in mind whenever we do any single gene/molecule analysis so that
we don't only see the
tree but lost the sight of the forest...... Nonetheless,  that's all we could do for now....I personally don't really see
any alternaitve so far? Systems biology is
still in its nascent stages, any
thing beyond cells is virtually still dreams...To deal with organism level
problems, we have to borrow
lots of concepts from engeerings etc, I suppose...like complex systems,
simple system, module,
coupling, etc etc... All those will likely come down to computational/
systems biology(be it whatever you
would call); There might be such day that with power of maths and machines/
Computers we could
sift/analyze through the unlimited data genereated by todays' systems
biology, bioinformatics etc etc
and also single gene analysis...and then build some frameworks, then we can
go back to labs and
efficiently  test/predict the modules/node points which are the key pathays/
regulatory hubs of a
complex subsystems under another complexer subsystems that might lead to a
particular complex
diseased condition...(BTW, you must have heard Hood's seminar? he is a
strong advocate of this
approach to cancer and future health industry etc etc)..

  With that, it seems with current technologys and methodology etc etc, the
ways we are doing is
nothing but a choice of no choices...  Relative small number of "great/team
science" to  tackle the
frameworks and provide the platforms for next big move while the unlimited
number of individual labs
to go shot gun and some of them might provide some useful hints while most
of are noises...(even
noise expansion can control fates though:))), noises sometimes might not be
purely useless I guess)... But I agree that sadly too many money suckers/braggers too few real scientist with
visions/a sense of mission... it is a system problem though...

In addition, I only agree to certain extent with some of your comments on
either sequencing or recombined cells and you have been too absolute... Anyway, I might not know what I am
talking about now: the thing is that it
is a chance out of no chance and one could never predict  who/which lab might just bump into the right way by
chances...

Regarding original ideas etc etc, It is all about timing and
resources, plus a bit personal
choices(can be called passions/vision or whatever).... there are tons of
smart people out there and as of
today biology is the last discipline which needs intelligences.  I believe
for most of so called big things, 
there would be 1000 more of peoples who might in one way or another have
thought about it, 100 of
them might therotically have the capacity to do it, 10 of them practically
can execute  it...(some of the
10 might indeed do it)...but in the end that only 1-2 of the ten could enjoy
the feat.

Finally,  what are your thoughts to revolutionize the field?  I would be very much interested to hear your
thoughts...BTW, I like your review a bit:)) more than your paper:)))(like both though)..Do you think that the review
helps your job hunting?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 老兄跟你说实话,所谓一个分子能如何如何的影响行为等等各种生理功能,俺觉得扯淡
: 居多,虽然俺也即将加入扯淡的
: 行列。分子-细胞-生物体,这个跨越只有在少数比较简单的组织中容易检测,比如糖
: 尿病阿,肝阿,心脏阿什么的。
: 到了大脑里,全市浆糊,全是各种各样的redundancy, 谁叫homolog阿,gene family阿
: 什么的一砣一砣的呢?
: 在细胞里看到的,还真可能是那么回事,就是因为现在做个老鼠容易了,结果都要生理
: 功能,那那么容易,这不扯淡
: 嘛。好处是俺只敲转录因子,大多都有表形,那些敲细胞表面粘连分子的,痛苦阿,功
: 能redundant的不得了。GOF
: ...................










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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Mon Dec 29 20:20:21 2008) 提到:

赞志向,祝你成功!

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 你说的都是发育中的问题,坦诚的说,我老板是专家,而且这方面非常难做,非常难做
: ,你知道我们实验室那个做你说
: 的类似的这个,target selectivity, 体外做人不信,体内那神经组织如此密集根本没
: 法看。
: 我本身其实并不太想搞LTP,现在主要在拿homeostasis做readout。
: 偶只是觉得,眼看着homeostasis就要解决了,然和呢?
: LTP貌似做烂了,其实是走进了死胡同,并不是已经搞清楚了,
: 俺要rejuvenate it!
: their






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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 20:43:16 2008) 提到:


a big improvement in 2008 is that Craig Venter's lab insert a big chunk of
genome from one organism into another.

If you want ab initio, we still have a long way to go.  However, people
already made some advance.



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 是这样阿,生物细胞是非常复杂的,做了这么多年,所有的细胞内信号通路都搞差不多
: 了,对微生物来说,所有的基因
: 都知道的一清二楚,所有的基因组序列都知道的一清二楚。
: 但要你給我从头从设计基因组开始重组一个细胞,没戏。
: 你说的是突变筛选一些功能特异的菌株,那是可能的,比如说产乙醇产量高一点的啦,
: 那是一点量变,没有质变。
: 比如说闭着眼睛,破坏or改变细菌的基因组,然后发现某些基因被改变以后,这个细菌
: 生成乙醇的量增加了,good!
: 但这不是重组细胞,因为不是任何意义上的design, 是闭眼打鸟枪。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 20:52:50 2008) 提到:

俺不懂,俺认为是扯淡的,瞎折腾。但我非常希望被educated about it.

你給咱们说说,他们到底有啥design没?



【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: a big improvement in 2008 is that Craig Venter's lab insert a big chunk of
: genome from one organism into another.
: If you want ab initio, we still have a long way to go.  However, people
: already made some advance.






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 20:55:26 2008) 提到:

这个这个,俺对咋革命还没啥idea,准备好好做做分子的系统的仔细的工作,过个10年
8年然后再发感想。否则多半扯
淡了。


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: All well said... However, any alternatives we got at the present day for
: that? I agree with most of you
: and some of the other folks' comments so far on various points. But I
think
: at this moment we as a
: whole might not have any(real) alternatives for the current ways doing
: science....As you said, for some
: diseases like those single gene diseases and strong inheritable diseases,
it
:  is likely easier to pin down
: the casual-relationship. but for others, we may never pin down the causes.
 
: And they are very much
: ...................






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  juicemaker (Almost there) 于 (Mon Dec 29 20:56:01 2008) 提到:

就是在老鼠里看到明显的表型又有多大意义呢?老鼠和人不知道差多少。有的pathogen
,一个细胞就能kill a
mouse but is not virulent to human。当然你可以说老鼠里面的东东more relevant
to human
physiology, 或者这就是一个老鼠里面有趣的或基本的生物学问题。可不同strain的老
鼠可能给你完全不同
的phenotype, 而基本所有实验室里面的老鼠都最初来自于某些奇怪的老鼠,然后使劲
的交配的得来。

而如果在细胞里面把蛋白或通路做的清清楚楚 (like the apoptosis stuff a decade
ago, and
the recent autophagy),也异常漂亮了。那些在yeast/worm里面基于mutants找出一系
列蛋白或通路也
是非常成功的例子,like the aging field (90年代初,人们可能认为衰老is not
subject to gene
regulation, 到93年发现一个mutant work live twice longer, 到后来基因DAF-2的下
游通路的发
现)。所以能够把一个问题作清楚非常值得尊敬。而老鼠,似乎不是一个很好的模型,
能够给你清楚的结果。


【 在 Bierhoff (伙夫) 的大作中提到: 】
: 可能还是得老鼠里面有表型,以前细胞里有些基因机理搞得头头是道,敲掉后老鼠
: 根本不在乎,让人们感觉也很受伤
: 祝你好运!







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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 21:16:16 2008) 提到:


【 在 juicemaker (Almost there) 的大作中提到: 】
: 就是在老鼠里看到明显的表型又有多大意义呢?老鼠和人不知道差多少。有的
pathogen
: ,一个细胞就能kill a
: mouse but is not virulent to human。当然你可以说老鼠里面的东东more
relevant
: to human
: physiology, 或者这就是一个老鼠里面有趣的或基本的生物学问题。可不同strain的老
: 鼠可能给你完全不同
: 的phenotype, 而基本所有实验室里面的老鼠都最初来自于某些奇怪的老鼠,然后使劲
: 的交配的得来。

   I think the relevance of mouse to human likely stands, the strain
problems are likely resulted from
gene modifiers etc etc and one has to think these from systems (biology/
organisms as a whole)... in
term of general biology/mechanism etc, it is very likely mouse would be more
relevant in general...The
pathogen example is not proper here either... If you think of SNP, personal
medicine etc, then one can
only study a particular patient for its own health purpose I guess...If
there is such days, at system level,
we know exactly what constitute a particular status of homeastasis/
pathological conditions, then we
likely could model the conditions very reproducibly in any strain of mice
with certain modification if we
could model in one of the mouse strains. but the thing if we master the
knowledge to that extent, we
probably don't have to do mouse work anymore....


: 而如果在细胞里面把蛋白或通路做的清清楚楚 (like the apoptosis stuff a
decade
: ago, and

Mechanisms in cell are just mechanism in cells, it doesn't contains any
information at system/organism
level...So it really depends on the questions or what you try to address/
study.. they all serve their own
purposes.





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Mon Dec 29 21:28:50 2008) 提到:

这些讨论都很好呀,这个版现在越来越有意思了,厚厚。


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  xlow (low) 于 (Mon Dec 29 21:33:38 2008) 提到:

Keyon 那堆东西还远说不上清楚吧,而且她自己都恢复到搞什么 cr之类的老路上去了
。。。

ageing其实也算一个比较典型的field,你在小虫子里面让它不知道自己吃饱没也没有
lust能让它多混几倍的寿命,但到了老鼠里面能延长寿命15%的东西就能发nature的
article了。。。何况也几乎没有能实验室之间能相互重复的结果。。。。

发信人: juicemaker (Almost there), 信区: Biology
标 题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?





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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 21:34:50 2008) 提到:


if one day, any lab can culture 1 million monkeys easily to do genetic
screen and drug screen..........




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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Mon Dec 29 21:53:37 2008) 提到:

老鼠里面重复?随便一个genetic background就废掉那15%了。。。
【 在 xlow (low) 的大作中提到: 】
: Keyon 那堆东西还远说不上清楚吧,而且她自己都恢复到搞什么 cr之类的老路上去了
: 。。。
: ageing其实也算一个比较典型的field,你在小虫子里面让它不知道自己吃饱没也没有
: lust能让它多混几倍的寿命,但到了老鼠里面能延长寿命15%的东西就能发nature的
: article了。。。何况也几乎没有能实验室之间能相互重复的结果。。。。
: 发信人: juicemaker (Almost there), 信区: Biology
: 标 题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?





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  heculase (似水年华) 于 (Mon Dec 29 22:25:30 2008) 提到:

iPS就是做这个的。knockout所有human gene不是梦,别的更好说。lol


【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: if one day, any lab can culture 1 million monkeys easily to do genetic
: screen and drug screen..........





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 22:38:52 2008) 提到:

Very nice one... it seems you are one who knows well complex systems...
Nearly a layman of the
complex systems(I have been reading some now and then), I kind of have faith
in the systems biology
approaches to tackle many of the biology and healthy questions(read my other
poster)... But it seems
you are quite pessimistic even with systems biology approach. So any more
comments on it? And any
new applied or theoritical breakthrough/barriers needed before we could
tackle some complex systems
questions?
   It is true that Dimensions bring news layers of complexity...regarding
that, is it more of the
computation power not there yet or data points not enough yet or the
therotical solutions not there yet?
Or complexs systems as its name stands might be just unpredicatable?  But
even it is unpredictable in
an ultimate sense, there would still be some predicable under the ultimate
predictable, then the
question would be what's predicable what 's not, and what's achievable and
what's not?

As far as I am thinking, in combined with the enormous data accumulations
and the power of
machines, we shall be able to under the biology/living creatures to the
extent that we could conquor
most of the diseases including complex diseases like Autism, depressions etc
etc, and predict how one
might develop, but may not be what exactly one might look like.....However
we might never be able to
know conscientiousness, or exactly predicate any complex behaviors such as
finiacial decision, feelings
etc etc...
【 在 cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 的大作中提到: 】
: 只讨论科学,无关funding
: 生物这么啃大山的研究人体,属于愚公移山的行为。有的时候是不得已而为之,
: 比如就是要搞清楚人到底是个什么东东,人体的细节如何,那就啃吧。但是寄希望于
: 通过搞清楚细节,哪怕是不断大踏步的推进的搞清楚细节来推到宏观层面上,
: 跟寄希望于愚公把山挪走以后公路就通了是一个道理。如果寄希望于短时间(几年,
: 几十年)内有全面的突破,只会重复从上个世纪末到今天的 希望->失望,再希望
: ->再失望 这个循环。
: 学一些数理科学就会明白,复杂系统的行为,是很难用细节规律来刻画的。比如
: 所有的电阻电容电感在低频下的规律人类都知道,很精确。但是一旦搞上几百万个元件
: 联网,出现对输入的敏感性,就完了。哪怕你知道每个元件怎么互联的,整个系统就
: ...................






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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 22:44:58 2008) 提到:

iPS is still a cell.

u need organism


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: iPS就是做这个的。knockout所有human gene不是梦,别的更好说。lol





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  wbald (妞儿爸) 于 (Mon Dec 29 22:46:32 2008) 提到:


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: pathogen
: relevant
:    I think the relevance of mouse to human likely stands, the strain
: problems are likely resulted from
: gene modifiers etc etc and one has to think these from systems (biology/
: organisms as a whole)... in
: term of general biology/mechanism etc, it is very likely mouse would be
more
:  relevant in general...The
: pathogen example is not proper here either... If you think of SNP,
personal
: medicine etc, then one can
: ...................
I agree your point here.
I also like your prior discussion. the choice of no choice, really good.
general speaking for all science, this is true, we are limited by our
current vision (not the tools I think)which is the big obstacle for the
breakthrough.sometime, you have one beyond too much (say 100 years),you have
no way to realize it now, so you have to make a guess(someone called a
hypothesis, shit) and use wrong model or even fabricated it. so you are
still in a dilemma, you want to find a perfect timing to fill yourself in, a
little beyond current, but no way you can know it right before 100 years
later.pure luck or destiny, isn't it?
specifically for biology,since this is the biology board, everyone wants to
dig big for life science.but, man, we don't even know what should be life
science, this is not a joke, think about it, for math/physic/chem, people
has the principle concept long time ago before their real big time, but what
is life?
over 60 years later,people answer this question still like a lawyer, we don'
t care what we are doing, but we need the process keep going to have lots
derivatives accumulated.I don't like whining, so I finished here.
Another interesting thing in this board is too extreme, one day, someone
like cell/biochem, bashing systemic studies, then others jumped out, say "
your molecular mechanism" is holy crap, we have a cool phenotype/physiology,
who cares its real mechanism? we need both, right? even we don't aim both,
or no way to do both, why use ugly words to other side,the similar thing
happen to models you choose, mouse/fly/fish,  the tech you want to use,
fancy/classics, so on..
o.k. I complain it again, stop myself... underwater....




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  juicemaker (Almost there) 于 (Mon Dec 29 22:47:35 2008) 提到:

15% lifespan extension is already huge for mice, and would  be more for
human.
I guess you can't expect more, 但问题是experimentally 15% might be too low
to be
standing out as a true data. 而实验不能重复也就不奇怪了。以前上课的时候,一
个老师还说他们要
了那个InR+/- 和IGF4+/-的老鼠,没有发现lifespan elongation in their facility.

我觉得,Kenyone, Ruvkun and others at least found one signaling pathway that
control aging, which turns out to be evolutionary (which might be beyond
imagination back in 1980s)


【 在 xlow (low) 的大作中提到: 】
: Keyon 那堆东西还远说不上清楚吧,而且她自己都恢复到搞什么 cr之类的老路上去了
: 。。。
: ageing其实也算一个比较典型的field,你在小虫子里面让它不知道自己吃饱没也没有
: lust能让它多混几倍的寿命,但到了老鼠里面能延长寿命15%的东西就能发nature的
: article了。。。何况也几乎没有能实验室之间能相互重复的结果。。。。
: 发信人: juicemaker (Almost there), 信区: Biology
: 标 题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 22:50:15 2008) 提到:

追求长寿是最扯淡的愿望, life sucks. 都老不死了,地球就爆炸了。


【 在 juicemaker (Almost there) 的大作中提到: 】
: 15% lifespan extension is already huge for mice, and would  be more for
: human.
: I guess you can't expect more, 但问题是experimentally 15% might be too low
: to be
: standing out as a true data. 而实验不能重复也就不奇怪了。以前上课的时候,一
: 个老师还说他们要
: 了那个InR+/- 和IGF4+/-的老鼠,没有发现lifespan elongation in their
facility.
: 我觉得,Kenyone, Ruvkun and others at least found one signaling pathway
that
: control aging, which turns out to be evolutionary (which might be beyond
: imagination back in 1980s)






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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Mon Dec 29 23:04:35 2008) 提到:

关键是长寿并不意味着适合度啊,长寿对于个体有好处其实对于群体是有害的,所以呢
还是不要追求长寿的好。
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 追求长寿是最扯淡的愿望, life sucks. 都老不死了,地球就爆炸了。
: facility.
: that





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 23:07:47 2008) 提到:

your comments get more provoking each time....:))))it is not good to tell
the truth and it is even worse to
say the truth in a provoking/lanceandfei's manner:))))...anyway, my new
breakthrough points out that
happy watering can increase longevity of BioWSN....
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 追求长寿是最扯淡的愿望, life sucks. 都老不死了,地球就爆炸了。
: facility.
: that






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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 23:13:21 2008) 提到:

well, not neccessarily..As long as the old people don't produce, it would be
fine provided no resources
compitition:)))).  Frankly, if we think about the increase/virtually
doubling of birth age starting
industriliation, God knows what we have done to our human race and what
impact those might have now
and in the decades/centuries to come....It would be great population genetic
studies, however no one
would ever have chance to study it I am sure...


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 关键是长寿并不意味着适合度啊,长寿对于个体有好处其实对于群体是有害的,所以呢
: 还是不要追求长寿的好。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Mon Dec 29 23:16:45 2008) 提到:

糙,不就是嘛,俺的话糙点,理可不糙。
比如说,谁一下子研究出一个可以使人类非常happy的多活20% or even double life
span的药,还剧便宜,没钱都吃
的起,哈哈。
这丫的就不是人类的功臣,而是人类的掘墓人。


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: your comments get more provoking each time....:))))it is not good to tell
: the truth and it is even worse to
: say the truth in a provoking/lanceandfei's manner:))))...anyway, my new
: breakthrough points out that
: happy watering can increase longevity of BioWSN....






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  ahche (啊且) 于 (Mon Dec 29 23:22:58 2008) 提到:


most of the time, longevity is beneficial, if resources are enough.

(1) more chance to produce offspring, which are the material for survival
and evolutional selection.

(2) more chance to pass over old knowledge to progenies, thus increase their
adaptivity.







【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 关键是长寿并不意味着适合度啊,长寿对于个体有好处其实对于群体是有害的,所以呢
: 还是不要追求长寿的好。





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Mon Dec 29 23:42:07 2008) 提到:

I am not sure all these would hold true...it needs several assumption: 1: it
takes more than our normal longevity now to do all the benificial things:
pass on knowledge, produce without harmful mutations etc etc...As far as
human race are concerned now, neither of these might holds true...most of
women and men likely couldn't produce after 50/80...,there is no need for
the elder to pass on knowledge anymore in our socicety...In fact, I would
argue the opposite...if mutations accumulate within germ cells and repairs
machinery ages, then there would be serious and long-term consequences even
with our current doubling of women's birth age compare to 100 years ago and
if lots of old guys(really old ones) marry young wives....
【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: most of the time, longevity is beneficial, if resources are enough.
: (1) more chance to produce offspring, which are the material for survival
: and evolutional selection.
: (2) more chance to pass over old knowledge to progenies, thus increase
their
:  adaptivity.






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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 00:13:31 2008) 提到:

it's ok, figure out the cell first.

【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: iPS is still a cell.
: u need organism




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  repast (xebec) 于 (Tue Dec 30 00:18:57 2008) 提到:

so does Markram's group. But it would be very hard for NIH to fund the work of regenerating all the descriptive data. Current grant regulation determines every piece of data serves well within that grant.

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: I think we just need a huge dataset, a reliable dataset;
: I heard that Laufferburger's lab has to redo almost all the experiment
: systematically to generate data suitable for systems modeling and
: analysis.
: faith
: other






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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 00:20:06 2008) 提到:

true,
and during this process, you will find a lot of non-repeatable results,
many of which could be from CNS papers.

【 在 repast (xebec) 的大作中提到: 】
: so does Markram's group.




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  ahche (啊且) 于 (Tue Dec 30 00:47:25 2008) 提到:

theoretically, you don't know which one is more reliable, other than
repeatable.


for systematic biology experiments, you have a higher chance not to validate
something from different angle.




【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: true,
: and during this process, you will find a lot of non-repeatable results,
: many of which could be from CNS papers.





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  disaster (--) 于 (Tue Dec 30 01:04:09 2008) 提到:

为啥autism现在这么热了?还是一直这么热?
autism病人很多吗?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 额同意,totally同意,自从L-LTP被发现以后,就没啥original的发现了。
: 俺搞了这么多老鼠,还不是为了看in vivo究竟怎么回事,前提是我们得找到一个重要
: 到开关,然后LOF, 看体内的
: plasticity. L&M的东西已经太扯淡了,虽然没做清楚,但是做的太烂了。俺要开辟新
: 的战场,做Autism !!!
: 后说channel还得在
: 那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也重要;然后说转录
: 出来还得翻译,翻译重要;
: 然后说翻译了还得运输,所以运输重要;然后说运输得要vesicle,所以golgi重要;然
: 后说spine得要neck,所以
: ...................




☆─────────────────────────────────────☆
  ckan (一颗葱) 于 (Tue Dec 30 01:20:37 2008) 提到:


actually a lot of time longevity shows inverse relationship with
reproduction.
For example, in birds, long lifespan is associated with low reproductive
rates.
There is this "trade off" hypothesis explaining this inverse connection.
Either reproduction produces somatic damage or reproduction may compete
resourses that may be available for somatic repair. 
【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: most of the time, longevity is beneficial, if resources are enough.
: (1) more chance to produce offspring, which are the material for survival
: and evolutional selection.
: (2) more chance to pass over old knowledge to progenies, thus increase
their
:  adaptivity.





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 01:23:20 2008) 提到:

难怪宋美龄活了一百多岁。

【 在 ckan (一颗葱) 的大作中提到: 】
: actually a lot of time longevity shows inverse relationship with
: reproduction.
: For example, in birds, long lifespan is associated with low reproductive
: rates.
: There is this "trade off" hypothesis explaining this inverse connection.
: Either reproduction produces somatic damage or reproduction may compete
: resourses that may be available for somatic repair. 
: their




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 02:06:22 2008) 提到:

autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
爆增。
目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
套,所以没有好的小鼠模型。
因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。

而我个人的兴趣 is following.
typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett syndrom
类似,表现出迟发,刚出生的时
候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
变,细胞死亡什么的,而貌
似是神经系统的回路发育有问题,一些与外界交流的回路出现了成熟的问题。这是目前
完全空白的领域,比如说学
习记忆, 几十年前就开始研究了,而autism給我们的提示是,大脑中,特别是高等哺
乳动物的大脑中,有一些回路
管与外界的交流,这种回路对于高等动物的生存至关重要,因为无法交流就无法生存。

这就牵扯到了另外一个领域activity-dependent neural development,我们知道大脑
的发育是受幼年动物接受的
外界环境影响的,怎么影响?打开或关上了一些基因,从而激活或沉默了一些神经回路
。自闭症就好像是一个这个
过程出了差错的疾病。所谓大脑的奥秘,我认为这是一个比较有意思的,现在可以马上
开始研究的,那些意识什么
的都是扯淡的,现在无法handle。




【 在 disaster (--) 的大作中提到: 】
: 为啥autism现在这么热了?还是一直这么热?
: autism病人很多吗?






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  disaster (--) 于 (Tue Dec 30 02:15:54 2008) 提到:

你说的回路是mirror system吗?mouse 有mirror neuron吗?
mouse上autism相关的表型是什么?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Tue Dec 30 02:06:22 2008)
:
: autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
: 爆增。
: 目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
: 套,所以没有好的小鼠模型。
: 因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。
:
: 而我个人的兴趣 is following.
: typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett
syndrom
: 类似,表现出迟发,刚出生的时
: 候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
: 变,细胞死亡什么的,而貌
: 似是神经系统的回路发育有问题,一些与外界交流的回路出现了成熟的问题。这是目前
: 完全空白的领域,比如说学
: 习记忆, 几十年前就开始研究了,而autism給我们的提示是,大脑中,特别是高等哺
: 乳动物的大脑中,有一些回路
: 管与外界的交流,这种回路对于高等动物的生存至关重要,因为无法交流就无法生存。
:
: 这就牵扯到了另外一个领域activity-dependent neural development,我们知道大脑
: 的发育是受幼年动物接受的
: 外界环境影响的,怎么影响?打开或关上了一些基因,从而激活或沉默了一些神经回路
: 。自闭症就好像是一个这个
: 过程出了差错的疾病。所谓大脑的奥秘,我认为这是一个比较有意思的,现在可以马上
: 开始研究的,那些意识什么
: 的都是扯淡的,现在无法handle。
:
:
:
:
: 【 在 disaster (--) 的大作中提到: 】
: : 为啥autism现在这么热了?还是一直这么热?
: : autism病人很多吗?
:
:
:
:
: --
: Watch your thoughts, they become words.
: Watch your words, they become actions.
: Watch your actions, they become habits.
: Watch your Habits, they become character.
: Watch your Character, for it becomes your Destiny.
:
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 75.36.]





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  peoplem (kissss) 于 (Tue Dec 30 02:32:58 2008) 提到:

social communication deficit 像回避interaction 超声波交流有问题之类的 我觉得
很难搞 因为autism就没什么特效药 这样就没办法反过来证明animal model的可靠性

当然了 如果抛开autism不说 只看老鼠social behavior的发育和损害 那就无所谓了


【 在 disaster (--) 的大作中提到: 】
: 你说的回路是mirror system吗?mouse 有mirror neuron吗?
: mouse上autism相关的表型是什么?
: syndrom





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 02:39:55 2008) 提到:

no, not mirror neurons, don't know whether mouse has mirror neurons.
autistic phenotype includes social defects, like one mouse encounters
another one, it will try to some
some contacts, shaking hands or spending some time, things like that.
autistic mouse just want to be
alone.


【 在 disaster (--) 的大作中提到: 】
: 你说的回路是mirror system吗?mouse 有mirror neuron吗?
: mouse上autism相关的表型是什么?
: syndrom






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  wpldj (wpldj) 于 (Tue Dec 30 03:13:36 2008) 提到:

很经典很耐人寻味的帖子

让我看到了5年后的我(希望如此)

Thank you very much~~


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  cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 于 (Tue Dec 30 06:26:19 2008) 提到:


生物外行,讲多一点,大家批评指正。

人类作为一个复杂系统,其实还算是很好面对的了。第一,动平衡态在常规
条件下存在;第二,我们关心的(多数情况)只是平衡态附近的区间,也即
稳健度分析。不是很在意真正的细节。也就是我们在乎怎么做能延长寿命
(在衰减条件下保持平衡),而不是很在乎一个神经发育相关基因表达
在人57岁的时候对右脚大拇指内侧触觉敏感度的影响。

数理科学对于这种情况通常使用一种叫做模型降维(Model Order Reduction)
的技术。也就是对系统进行不断的 输入-输出 试验。这种试验可以非常粗糙,
可以非常不严格(可以允许有错误试验,不可重复结果,可以造假),但量一
定要大,一定要让不同的人在不同的地方不同的年代 独立 的做。然后我们就
积累了海量的 输入-输出 数据。在这个基础上进行低维模型拟合。这个模型
可以是纯粹抽象的,可以是不和任何pathological知识相关的。相反,应该说
这个低维模型本身揭示了最重要的aggregated effect of all pathways。随着
数据量的增大,这个模型的维数不断增加,能表达的细节也就越来越多。这种
方法也是有数学限制的,细节可以以后再说。这里我们只需要知道一个直观
结论就是--人类对复杂系统的研究不是没有限制的,大部分情况下,知道全部
微观规律对直接预测系统层面效应没什么特别大的意义。因为微观层面细节
测量不可能准确。假设我们完全知道了基因到一个蛋白,蛋白到一个功能
的表达,也没法测量这一路上的所有环境,不知道什么时候会引入一个defect,
基因测得再准确,对预测最后功能结果也没特别大意义。单纯的knockout
基因去试图寻找宏观层面功能对应,搜索空间太大(~2^20000,人类目前
模型分析的极限在2^25-2^30),而且也很难保证基因就是绝对统治性影响因子。

对近平衡态有意义的一个方法是扰动分析(Perturbation Analysis),
试验不需要准确,但是要 独立 重复 很多次,用统计方法来降低不确定度。
通过大量实验形成输入-人体功能的粗糙的guideline,可以有预期的
找到一些有意义的结果。

数理方法强大的地方在于,不确定度很高也无所谓,任何情况下模型总是可以
建立。胡乱建立的粗糙的模型可以通过扰动分析指导进一步的试验方向(指出
模型对哪个环节是敏感的,不确定度很高的,需要更多试验进一步优化)。
不太可行的地方是:1. 需要的数据量是对维数和相关系数而言指数增长的;
2. 对人而言,做无限制的输入输出关系试验有各种障碍;3. 系统如果太复杂,
单个试验时间跨度如果比较大,比如人的基因和aging的关系,出有意义结果
的时间跨度太长,可能是几千上万年。

【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: Very nice one... it seems you are one who knows well complex systems...
: Nearly a layman of the
: complex systems(I have been reading some now and then), I kind of have
faith
:  in the systems biology
: approaches to tackle many of the biology and healthy questions(read my
other
:  poster)... But it seems
: you are quite pessimistic even with systems biology approach. So any more
: comments on it? And any
: new applied or theoritical breakthrough/barriers needed before we could
: tackle some complex systems
: ...................






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  ahche (啊且) 于 (Tue Dec 30 09:08:52 2008) 提到:


but the difference is that the resources for human are possibly immerse.


【 在 ckan (一颗葱) 的大作中提到: 】
: actually a lot of time longevity shows inverse relationship with
: reproduction.
: For example, in birds, long lifespan is associated with low reproductive
: rates.
: There is this "trade off" hypothesis explaining this inverse connection.
: Either reproduction produces somatic damage or reproduction may compete
: resourses that may be available for somatic repair. 
: their





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  juicemaker (Almost there) 于 (Tue Dec 30 10:51:36 2008) 提到:

做aging的目的不是简单的是要活的长,要知道如何健康的衰老(or the so-called
health span elongation)。那些活的长的mutant worms have been shown to be
resistant to germline cancer, protein aggregation disease, muscle dystrophy,
etc。 如果人的衰老能够这样,或者像百岁老人那样(some of them even smoke for
the most of their lifetime),那就会减少多少个体上的痛苦和资源的消耗,even we
will die around 70-80。所以aging研究好了,可能会对整个人类有好处。

相比之下,那些疾病本身的机制研究,特别是脑子里的,难道不是在捣浆糊吗,即使有
cns的文章。神经退行性疾病研究了这末多年,捣出一些genes,又有啥用?AD和autism
一样给个体和患者家庭带来巨大痛苦。希望云彩大师能整出一些东东,真的能够帮助治
疗。






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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 10:51:39 2008) 提到:

n年后,我觉得Greenberg最后被人记住的可能也就是CREB吧
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 1. define original 容易,一个领域的第一片文章就行了,在没有范式的时候开创范
: 式,就是original.
: 2. c-fos到后来没意思了,因为c-fos的使命就是CREB在neuron里功能的confirm,因为
: CREB是别人发现的,而
: 且c-fos本身的功能没搞清。
: 3. greenberg其他的原创工作比如,physiological stimulus可以激活CREB磷酸化,一
: 系列activity-dependent
: TF对neuronal survival有作用,和最近的activity-dependent TF对synapse
: development and function的贡
: 献。
: ...................




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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 10:55:37 2008) 提到:

totally agree
【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 当评论家比实际做要容易的多,尤其对于生物这种劳力密集,资金密集的研究.在现在的
: 制度下,不做小点的东西没饭吃。要他们那几个站着说话不腰疼得,都真的阳春白雪,
: 扛上10年磨一剑的东西,不可能在科学圈混了。
: 同。





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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 10:57:57 2008) 提到:

如题,呵呵
【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 我不看好这个领域主要有两个原因
: 一是LTP本身已经成了陈词滥调,有时候都成了开玩笑的对象,况且因为你说的原因,
: 就算取得进展也难以得到认同,等你辛辛苦苦做点东西出来,同行反响不过是"sure,
: why not" or "not another hypothesis...", etc. 我自己就在一个做烂的领域,尽管
: 很多基本问题搞不清楚,可就凭现有工具也做不出太多有趣的东西,而且多年下来,各
: 类门派都出来了,有时候会变得很political,我相信ltp机制也差不多,互相指摘的事
: 情在talk和paper中都见过,很没劲的感觉。
: 二是steven chu说过,如果你和其他人都有同样的工具,除非你比你的同行都要聪明,
: 否则难以成功。这方面例子也太多。





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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 11:20:00 2008) 提到:

haha, i like you guys...
it's interesting to study aging, but not necessary take elongation of life
as the final aim..
【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: Re: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Mon Dec 29 23:04:35 2008), 转信
:
: 关键是长寿并不意味着适合度啊,长寿对于个体有好处其实对于群体是有害的,所以呢
: 还是不要追求长寿的好。
: 【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: : 追求长寿是最扯淡的愿望, life sucks. 都老不死了,地球就爆炸了。
: : facility.
: : that
:
:
:
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: ※ 来源:·BBS 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 137.53.]





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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 11:28:34 2008) 提到:

嗯,这个神经发育是很好玩的东西。
人的意识就是一些先天的circuit和后天的rewiring搞出来的

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
: 爆增。
: 目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
: 套,所以没有好的小鼠模型。
: 因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。
: 而我个人的兴趣 is following.
: typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett
syndrom
: 类似,表现出迟发,刚出生的时
: 候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
: 变,细胞死亡什么的,而貌
: ...................




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  Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 于 (Tue Dec 30 11:33:41 2008) 提到:

Health span elongation, 收录这个concept啦
【 在 juicemaker (Almost there) 的大作中提到: 】
: 做aging的目的不是简单的是要活的长,要知道如何健康的衰老(or the so-called
: health span elongation)。那些活的长的mutant worms have been shown to be
: resistant to germline cancer, protein aggregation disease, muscle
dystrophy,
:  etc。 如果人的衰老能够这样,或者像百岁老人那样(some of them even smoke
for
:  the most of their lifetime),那就会减少多少个体上的痛苦和资源的消耗,even
we
:  will die around 70-80。所以aging研究好了,可能会对整个人类有好处。
: 相比之下,那些疾病本身的机制研究,特别是脑子里的,难道不是在捣浆糊吗,即使有
: cns的文章。神经退行性疾病研究了这末多年,捣出一些genes,又有啥用?AD和
autism
: 一样给个体和患者家庭带来巨大痛苦。希望云彩大师能整出一些东东,真的能够帮助治
: 疗。
: ...................




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 12:08:22 2008) 提到:

补充一下,我说的回路是一个生硬的翻译, neural circuits, 现在时髦的一个概念,
因为人们意识到神经系统的功能必
需用分子-细胞-microcircuits-huge circuits-brain来描述,回路就是神经细胞产
生的功能性的连接系统。


【 在 disaster (--) 的大作中提到: 】
: 你说的回路是mirror system吗?mouse 有mirror neuron吗?
: mouse上autism相关的表型是什么?
: syndrom






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 12:12:43 2008) 提到:

maybe, or he wish to be remembered for mecp2 as well. :))))


【 在 Greenzm (risks_hopes | 冒险森林) 的大作中提到: 】
: n年后,我觉得Greenberg最后被人记住的可能也就是CREB吧






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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 12:49:57 2008) 提到:

为啥有人说autism是皮层hyperactive (e.g. henry markram)
有人说autism是因为过多的抑制产生的 (e.g. sudhof)
不过这个东西也还是挺有意思的, 要不连冷泉港的tony zador现在也在做autism
而且经费不愁,autism speak薄厚的fellowship都五万多的样子吧

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
: 爆增。
: 目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
: 套,所以没有好的小鼠模型。
: 因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。
: 而我个人的兴趣 is following.
: typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett
syndrom
: 类似,表现出迟发,刚出生的时
: 候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
: 变,细胞死亡什么的,而貌
: ...................





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 13:21:33 2008) 提到:

胡扯八道,都是胡扯八道,怎么产生的都不知道,现在的所有的小鼠模型都是单基因突
变,
就算是病人身上做,就做两把出来的能算数嘛?


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 为啥有人说autism是皮层hyperactive (e.g. henry markram)
: 有人说autism是因为过多的抑制产生的 (e.g. sudhof)
: 不过这个东西也还是挺有意思的, 要不连冷泉港的tony zador现在也在做autism
: 而且经费不愁,autism speak薄厚的fellowship都五万多的样子吧
: syndrom








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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 13:31:52 2008) 提到:

你最近很BH阿。。

不过反正不管多么fancy的研究,只要不是in vivo, 好像都有原罪。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 胡扯八道,都是胡扯八道,怎么产生的都不知道,现在的所有的小鼠模型都是单基因突
: 变,
: 就算是病人身上做,就做两把出来的能算数嘛?




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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 13:53:45 2008) 提到:

最近很anxiety, 所以需要发泄。

另外,我没说invivo有错阿,我说不知道机理,瞎invivo是扯淡

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 你最近很BH阿。。
: 不过反正不管多么fancy的研究,只要不是in vivo, 好像都有原罪。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 14:05:01 2008) 提到:

补充一句,fancy都是扯淡的,
所谓研究那些大问题,anxiety, depression, decision making通通通通都是扯jb淡的



【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 你最近很BH阿。。
: 不过反正不管多么fancy的研究,只要不是in vivo, 好像都有原罪。






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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 14:07:38 2008) 提到:

what's wrong with decision making??


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 补充一句,fancy都是扯淡的,
: 所谓研究那些大问题,anxiety, depression, decision making通通通通都是扯jb淡的





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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 14:23:26 2008) 提到:


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: nonononononono.
: none of them use most frontier technique.
: technique using in greenberg lab is not frontier than any other
fashionable
: science lab.
: so do people i mentioned.
: technique is not THE key to make discovery.
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~

that is very wrong!





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 14:25:29 2008) 提到:

别说深入不到细胞水平,连microcircuit水平都搞不定, in rodent, 然后就沦落为所
谓cognitive science, 大谈概
念,空虚的概念,没有分子细胞机理的概念,谁不会编。


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: what's wrong with decision making??






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 14:28:04 2008) 提到:

qie, so what, 那天一个超级神奇tool出现,问题就一下就解决?
现在根本不是那么回事,是连问题是啥都不知道。
question is the key, not how to get there. questions decide where you will
get to.


【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: fashionable
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: that is very wrong!






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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 14:32:19 2008) 提到:

aglee,co-LOL
【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 俺也没明白为啥,今年HHMI搞了那么多结构的?
: 做结构的数据是所有做生物的人当中最具可重复性倒是真的.LOL





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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 14:32:56 2008) 提到:

so, if A makes B, B causes C, and a lot of Cs form something called D, you
believe people should never ever touch D as long as A is not well understood (
e.g. cannot be built de novo).

just to remind you that Hubel & Wiesel tried out visual cortex first before
they studied the visual thalamus. Also most investigators around that time
think there is no point to study cortex since it is way too complicated.

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 别说深入不到细胞水平,连microcircuit水平都搞不定, in rodent, 然后就沦落为所
: 谓cognitive science, 大谈概
: 念,空虚的概念,没有分子细胞机理的概念,谁不会编。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 14:35:28 2008) 提到:

hubel wiesel之所以有发现,并被记住,是因为他们深入到细胞水平,否则,just
another hypothesis,
他们写过一本书,回忆录性质的,在他们之前,没有人去做这个,都是宏观水平的瞎侃,
一定要至少深入到细胞水平!


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: so, if A makes B, B causes C, and a lot of Cs form something called D, you
: don't think people should ever touch D as long as A is not well understood
(
: e.g. cannot be built de novo).
: just to remind you that Hubel & Wiesel tried out visual cortex first
before
: they studied the visual thalamus. Also most investigators around that time
: think there is no point to study cortex since it is way too complicated.






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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 14:35:29 2008) 提到:

人家这么好的评论你来打岔,没劲!

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 唉,同意你说的。
: 问题是,有那么多生物实验室,都要申请funding,那么多新老板要靠CNS评tenure,
: 那么多千老万老都要养家糊口,不这么搞怎么办?
: 其实各行各业都差不多这样的。你看B-S方程养活了多少人?都已经快出来几十种
: 不同的推导方法了。
: 后说channel还得在那,所以channel重要;然后说钙打开CREB转录啥啥,然后说转录也
: 重要;然后说转录出来还得翻译,翻译重要;然后说翻译了还得运输,所以运输重要;
: 然后说运输得要vesicle,?: gene,肯定就和它或多或少有点关联嘛。你说那个表型
不强的东西没意义,我很赞同。
: 那么点表型就拿出来说,跟人里面natural IQ variation都没法比。
: ...................





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 14:36:43 2008) 提到:

en, for abcd arguement, 如果abc是理论瞎侃,可以忽略,直接做D就行了。


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: so, if A makes B, B causes C, and a lot of Cs form something called D, you
: believe people should never ever touch D as long as A is not well
understood (
: e.g. cannot be built de novo).
: just to remind you that Hubel & Wiesel tried out visual cortex first
before
: they studied the visual thalamus. Also most investigators around that time
: think there is no point to study cortex since it is way too complicated.






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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 14:45:30 2008) 提到:

don't think so
at the beginning, they don't even know what they are recording, thus the
name 'single-unit' instead of 'single-cell'. they did propose a circuit
model but it is highly debatable even up to date. but that's not the point.

basically, what I want to argue is, you don't need to trash a certain field
just because they haven't got the detailed mechanisms yet or it is too
complicated to be understood. i would rather be working in a field where a
discovery can potentially raise a number of interesting questions. 

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: hubel wiesel之所以有发现,并被记住,是因为他们深入到细胞水平,否则,just
: another hypothesis,
: 他们写过一本书,回忆录性质的,在他们之前,没有人去做这个,都是宏观水平的瞎
侃,
: 一定要至少深入到细胞水平!
:  (
: before





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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 14:50:06 2008) 提到:

云彩,做神经的人有没有专门研究联体婴儿的,我觉得这个最有启发性。。。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
: 爆增。
: 目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
: 套,所以没有好的小鼠模型。
: 因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。
: 而我个人的兴趣 is following.
: typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett
syndrom
: 类似,表现出迟发,刚出生的时
: 候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
: 变,细胞死亡什么的,而貌
: ...................





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:50:49 2008) 提到:

肯定是SD太热了,美东就比较冷静。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 最近很anxiety, 所以需要发泄。
: 另外,我没说invivo有错阿,我说不知道机理,瞎invivo是扯淡




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:51:35 2008) 提到:

我不喜欢关于disease的研究。还是classic neuroscience比较cool

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 补充一句,fancy都是扯淡的,
: 所谓研究那些大问题,anxiety, depression, decision making通通通通都是扯jb淡的




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:52:25 2008) 提到:

microcircuit是最难的把,主要是没有很好的技术。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 别说深入不到细胞水平,连microcircuit水平都搞不定, in rodent, 然后就沦落为所
: 谓cognitive science, 大谈概
: 念,空虚的概念,没有分子细胞机理的概念,谁不会编。




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:52:52 2008) 提到:

Jan & Jan准备做decision making了。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: qie, so what, 那天一个超级神奇tool出现,问题就一下就解决?
: 现在根本不是那么回事,是连问题是啥都不知道。
: question is the key, not how to get there. questions decide where you will
: get to.




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:53:54 2008) 提到:

那是因为那个时候电极记录比较合适解决单细胞水平的问题。
可是microcircuit没有相对应很好的技术,而且要是不in vivo的话,又被人说
是扯。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: hubel wiesel之所以有发现,并被记住,是因为他们深入到细胞水平,否则,just
: another hypothesis,
: 他们写过一本书,回忆录性质的,在他们之前,没有人去做这个,都是宏观水平的瞎
侃,
: 一定要至少深入到细胞水平!
:  (
: before




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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 14:54:06 2008) 提到:

我就是来打岔的。

【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 人家这么好的评论你来打岔,没劲!
: 不强的东西没意义,我很赞同。




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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 14:59:09 2008) 提到:

发现disease领域有这么几种人:
1. 成名的大牛,希望能有生之年给人类健康作点工作,至少给人感觉是这样
2. 无名小辈,希望就此混点基金吃口饭
3. 无名小辈,没有新的idea,靠disease model混点paper
4. MD出身,that's all they care about
5. 请补充

我知道欧洲有些牛人经费非常稳定,从不谈疾病

【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 我不喜欢关于disease的研究。还是classic neuroscience比较cool





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 15:03:48 2008) 提到:

果蝇里面可以做阿,不过cori bargmann已经在线虫做成那样了,简直登峰造极了。其
他的还能咋地?

不过说到底哦,在低等动物里做行为老給人一种咋折腾都折腾不到高等上的想法,基因
保守没错,其他的circuit因为
生活的环境不一样,所有的东西都不一样,能保守到高等动物上来的可能性够呛。

你想如果果蝇的基因与人类其实如果没有那么保守的话,果蝇研究的意义就没那么重要
了吧


【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: Jan & Jan准备做decision making了。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 15:04:13 2008) 提到:

your taste of science sucks!


【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 云彩,做神经的人有没有专门研究联体婴儿的,我觉得这个最有启发性。。。
: syndrom






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 15:08:35 2008) 提到:

99% 的人混点funding,survive了才能做science阿。


【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 发现disease领域有这么几种人:
: 1. 成名的大牛,希望能有生之年给人类健康作点工作,至少给人感觉是这样
: 2. 无名小辈,希望就此混点基金吃口饭
: 3. 无名小辈,没有新的idea,靠disease model混点paper
: 4. MD出身,that's all they care about
: 5. 请补充
: 我知道欧洲有些牛人经费非常稳定,从不谈疾病






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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 15:10:58 2008) 提到:

那你说比方sacha nelson研究rett synchrome是为啥

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 99% 的人混点funding,survive了才能做science阿。





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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 15:11:40 2008) 提到:

我是说认真的,如果sucks的话给个解释。
比如双头姐妹,我认为某一部位的神经可能是交错的,饥饿感,痛觉的神经,运动神经
。它们是不是有可能被分别感知或者控制,如何协调等等。重要的是,她们的“性状”
可以用语言直接表达出来。



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: your taste of science sucks!





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 15:13:00 2008) 提到:

首先是funding, funding, funding,
然后呢,可能是microcircuit的问题啦,比如为什么gordon shepherd做,

【 在 ongoing (Up and Down) 的大作中提到: 】
: 那你说比方sacha nelson研究rett synchrome是为啥






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 15:13:47 2008) 提到:

怎么说,做双头老鼠?
你先想好有没有可能,有没可行性,张口就来阿。


【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 我是说认真的,如果sucks的话给个解释。
: 比如双头姐妹,我认为某一部位的神经可能是交错的,饥饿感,痛觉的神经,运动神经
: 。它们是不是有可能被分别感知或者控制,如何协调等等。重要的是,她们的“性状”
: 可以用语言直接表达出来。






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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 15:21:35 2008) 提到:

对啊,我就想到双头老鼠。
对人,比如联体不是很多,在成年以后做分离手术的,分离之前可以做一些调查,分离
的时候做一些记录。只是不做神经,不知道有哪些可以做而已,但这里面肯定有可以做
的有趣的问题。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 怎么说,做双头老鼠?
: 你先想好有没有可能,有没可行性,张口就来阿。





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  ongoing (Up and Down) 于 (Tue Dec 30 15:28:41 2008) 提到:

gs开始是为了funding
现在不愁了,基本上就是在做基础研究
而且那条路不好走
实验量大,结果不显著,control要做很多,而且数据难以解释,比如你说抑制多了也
说得通你说兴奋多了也说得通

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 首先是funding, funding, funding,
: 然后呢,可能是microcircuit的问题啦,比如为什么gordon shepherd做,





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 15:51:22 2008) 提到:

你最近太90后了。。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: your taste of science sucks!




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  APHH (hutu) 于 (Tue Dec 30 17:35:27 2008) 提到:

竟然到最后我还是跳了这个坑。

坑主说的很多东西基本上是扯蛋,不过他也说了是炒作的目标。

真正让我跳的是这个自称外行的骨灰老爱地的thought-provoking post. 其实生物学在
往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模的实验就是很好
的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
是一个炒作点,这点我同意坑主)。另外一个相关的看法就是,现有的公共数据里面,
你要有本事,绝对可以整出几篇(C)NS的文章而不需要做一个(湿)实验。

【 在 cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 的大作中提到: 】
: 生物外行,讲多一点,大家批评指正。
: 人类作为一个复杂系统,其实还算是很好面对的了。第一,动平衡态在常规
: 条件下存在;第二,我们关心的(多数情况)只是平衡态附近的区间,也即
: 稳健度分析。不是很在意真正的细节。也就是我们在乎怎么做能延长寿命
: (在衰减条件下保持平衡),而不是很在乎一个神经发育相关基因表达
: 在人57岁的时候对右脚大拇指内侧触觉敏感度的影响。
: 数理科学对于这种情况通常使用一种叫做模型降维(Model Order Reduction)
: 的技术。也就是对系统进行不断的 输入-输出 试验。这种试验可以非常粗糙,
: 可以非常不严格(可以允许有错误试验,不可重复结果,可以造假),但量一
: 定要大,一定要让不同的人在不同的地方不同的年代 独立 的做。然后我们就
: ...................





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 17:49:32 2008) 提到:

扯啥阿, 我拜托各位测序的粉丝们,給我一个例子,就一个例子,假想的例子也行,
测序如何发生质的飞跃,如何解
决重大生物学问题。


【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 竟然到最后我还是跳了这个坑。
: 坑主说的很多东西基本上是扯蛋,不过他也说了是炒作的目标。
: 真正让我跳的是这个自称外行的骨灰老爱地的thought-provoking post. 其实生物学在
: 往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。另外一个相关的看法就是,现有的公共数据里面,
: 你要有本事,绝对可以整出几篇(C)NS的文章而不需要做一个(湿)实验。






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  APHH (hutu) 于 (Tue Dec 30 19:20:54 2008) 提到:

向你这样单一的看问题的好象比较少见

单靠测序能做啥?生物学的发展只有在几条腿走路的情况下才会成为一个欣欣向荣的产
业,测序只不过是很骄傲的在正确的方向上踏下了第一个扎实的脚印。这个离广大的
BIOWSNs想跳离粪坑或者脱贫还有多远?对不起,我人为还十万八千里。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 扯啥阿, 我拜托各位测序的粉丝们,給我一个例子,就一个例子,假想的例子也行,
: 测序如何发生质的飞跃,如何解
: 决重大生物学问题。





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  heculase (似水年华) 于 (Tue Dec 30 20:10:52 2008) 提到:

这个logic弱。去看nature medicine最新那篇Src镇痛的去,lol

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: en, for abcd arguement, 如果abc是理论瞎侃,可以忽略,直接做D就行了。
: understood (
: before





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 20:15:49 2008) 提到:

让我再问一遍,究竟能干什么,测的再快,再好,那不也就是测基因组嘛。
究竟能解决什么生物学问题?

【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 向你这样单一的看问题的好象比较少见
: 单靠测序能做啥?生物学的发展只有在几条腿走路的情况下才会成为一个欣欣向荣的产
: 业,测序只不过是很骄傲的在正确的方向上踏下了第一个扎实的脚印。这个离广大的
: BIOWSNs想跳离粪坑或者脱贫还有多远?对不起,我人为还十万八千里。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 20:16:56 2008) 提到:

你要是真懂,就写片journal club,让不做这个的都能看的懂。例子参见俺的journal
club。


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 这个logic弱。去看nature medicine最新那篇Src镇痛的去,lol








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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 20:41:45 2008) 提到:

不可能,bbs上面只适合随便灌灌,太正式的东西都搞不好。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 你要是真懂,就写片journal club,让不做这个的都能看的懂。例子参加俺的
journal
: club。




☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 21:02:20 2008) 提到:

行,我跟你说,大脑的奥秘都在英文版的资本论里,自己看去吧



【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: 不可能,bbs上面只适合随便灌灌,太正式的东西都搞不好。
: journal






☆─────────────────────────────────────☆
  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Tue Dec 30 21:18:54 2008) 提到:

我信,生命的秘密在易筋经里面我都信

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 行,我跟你说,大脑的奥秘都在英文版的资本论里,自己看去吧




☆─────────────────────────────────────☆
  APHH (hutu) 于 (Tue Dec 30 22:10:29 2008) 提到:

你知道什么叫工具吧?PCR厉害吧,它治疗了哪个疾病?测序只是一个手段工具而以。
这个工具用得好,可以是一个很好的倍增器。如果哪一天有了革命性的发现知道了怎么
治疗某个基因突变带来的病变,那么很容易这个倍增器可以派上用场。
就象我说的,生物学发展要几条腿走路,光靠一个大规模的测序是不够的。

如果哪一年做结构的也能想现在测序一样大规模高通量简单便宜,建立起大得象现在的
序列数据库一样,那么从序列到结构的关系就太简单了;再哪一年做结构和小分子的化
学生物学的数据库也一样大的;等等,个人化的医疗手段就不是梦想 --- 当然这对
人类种群并不是好事情,此话就另说了。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 让我再问一遍,究竟能干什么,测的再快,再好,那不也就是测基因组嘛。
: 究竟能解决什么生物学问题?





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Tue Dec 30 22:15:52 2008) 提到:

re 就等着测序革命以后再回头去搞forward genetics呢

【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 你知道什么叫工具吧?PCR厉害吧,它治疗了哪个疾病?测序只是一个手段工具而以。
: 这个工具用得好,可以是一个很好的倍增器。如果哪一天有了革命性的发现知道了怎么
: 治疗某个基因突变带来的病变,那么很容易这个倍增器可以派上用场。
: 就象我说的,生物学发展要几条腿走路,光靠一个大规模的测序是不够的。
: 如果哪一年做结构的也能想现在测序一样大规模高通量简单便宜,建立起大得象现在的
: 序列数据库一样,那么从序列到结构的关系就太简单了;再哪一年做结构和小分子的化
: 学生物学的数据库也一样大的;等等,个人化的医疗手段就不是梦想 --- 当然这对
: 人类种群并不是好事情,此话就另说了。





☆─────────────────────────────────────☆
  cnyy (tea) 于 (Tue Dec 30 22:25:47 2008) 提到:

是啊是啊,现在很多hard-core fly genetics出身的人都不玩forward genetics了。
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: re 就等着测序革命以后再回头去搞forward genetics呢





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 22:47:06 2008) 提到:

why still forward genetics?
benzer花了这么多年时间筛来筛去,没新鲜的了。要不他为什么要去做development.
因为原因很简单,生理过程是无数分子组成的回路,forward genetics随机性太高,只
是随机的打断其中的一环,光
靠forward genetics,是无法了解生物体究竟是怎么运作的。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 是啊是啊,现在很多hard-core fly genetics出身的人都不玩forward genetics了。






☆─────────────────────────────────────☆
  cnyy (tea) 于 (Tue Dec 30 23:06:07 2008) 提到:

还是要看问题吧,genetic screen本来就是想gene discovery 一把,不是搞机理的,
有的问题一点clue都没有,需要"brainstorm"一下子,反正如果实验室
有资源,就让一PhD去"brainstorm"一下。现在fly可以做in vivo reverse
genetics screen,不过RNAi很多时候给的phenotype较弱就是了
Benzer 什么时候去做development了?印象中不是做behavior就是做aging?
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: why still forward genetics?
: benzer花了这么多年时间筛来筛去,没新鲜的了。要不他为什么要去做development.
: 因为原因很简单,生理过程是无数分子组成的回路,forward genetics随机性太高,只
: 是随机的打断其中的一环,光
: 靠forward genetics,是无法了解生物体究竟是怎么运作的。







☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 23:06:21 2008) 提到:

我没说数据库没用,只说数据库就是数据库。
我没说测序能解决大问题,我没说不需要测序。

我反对靠测序技术的提升,能产生从量到质的变化,
请看你的原话
“其实生物学在往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模
的实验就是很好
的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
是一个炒作点,这点我同意坑主)。”

我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃的。


【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 你知道什么叫工具吧?PCR厉害吧,它治疗了哪个疾病?测序只是一个手段工具而以。
: 这个工具用得好,可以是一个很好的倍增器。如果哪一天有了革命性的发现知道了怎么
: 治疗某个基因突变带来的病变,那么很容易这个倍增器可以派上用场。
: 就象我说的,生物学发展要几条腿走路,光靠一个大规模的测序是不够的。
: 如果哪一年做结构的也能想现在测序一样大规模高通量简单便宜,建立起大得象现在的
: 序列数据库一样,那么从序列到结构的关系就太简单了;再哪一年做结构和小分子的化
: 学生物学的数据库也一样大的;等等,个人化的医疗手段就不是梦想 --- 当然这对
: 人类种群并不是好事情,此话就另说了。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 23:10:30 2008) 提到:

果蝇和线虫中的forward genetics如果用细胞水平的表形做为readout,挺好,
如果用生理功能做readout,就重复benzer的老路了。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 还是要看问题吧,genetic screen本来就是想gene discovery 一把,不是搞机理的,
: 有的问题一点clue都没有,需要"brainstorm"一下子,反正如果实验室
: 有资源,就让一PhD去"brainstorm"一下。现在fly, worm可以做in vivo reverse
: genetics screen,不过RNAi很多时候给的phenotype较弱就是了






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  cnyy (tea) 于 (Tue Dec 30 23:17:14 2008) 提到:

这个同意。
Benzer什么时候做development了,印象中他做behavior/aging?
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 果蝇和线虫中的forward genetics如果用细胞水平的表形做为readout,挺好,
: 如果用生理功能做readout,就重复benzer的老路了。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Tue Dec 30 23:18:55 2008) 提到:

did you read the book, Time, love, memory?
benzer是想做发育的,结果被 Gerald Rubin screw up 了。
后来的弟子中Larry Zipursky就一直做发育去了。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 这个同意。
: Benzer什么时候做development了,印象中他做behavior/aging?






☆─────────────────────────────────────☆
  ahche (啊且) 于 (Tue Dec 30 23:21:08 2008) 提到:

the good thing for forward genetic screen is that you can generate some "
novel and unexpected" genes that connect with "novel and unexpected"
mechanism.

In the past few years, our lab has conducted many forward genetic screens.
Most of them failed and leaded to nowhere.  For those screenings working, we
cloned near ten new or "un-new" genes. We only clearly (sort of) defined the
function and mechanism of one gene till now.  Others, no matter conserved or
unconserved, remain in dark.

In some aspects, forward genetic screen is risky. It may take you several
weeks to years to identify the gene, and then several month to years to develop assays. It has a high chance to fail. However, the reward may be immerse if it works.







☆─────────────────────────────────────☆
  APHH (hutu) 于 (Tue Dec 30 23:24:46 2008) 提到:

有意思,你现在变成了不理解测序量变和质变的问题,而不再是质问测序能解决什么生
物学问题了

退一步,就算是论量变质变,也很好理解,量上去了就会带来更有力的统计方法 --
这一点目前其实已经很急需开创性的人才来带领这个领域。如果你不理解,我也不勉强
,因为你不理解的东西多了去了,我也不勉强去理解广义相对论。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我没说数据库没用,只说数据库就是数据库。
: 我没说测序能解决大问题,我没说不需要测序。
: 我反对靠测序技术的提升,能产生从量到质的变化,
: 请看你的原话
: “其实生物学在往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模
: 的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。”
: 我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃
的。





☆─────────────────────────────────────☆
  APHH (hutu) 于 (Tue Dec 30 23:26:04 2008) 提到:

还有那谁,那么好的贴子删了干吗?


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  wsbioguy (postdog) 于 (Tue Dec 30 23:26:31 2008) 提到:


【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: the good thing for forward genetic screen is that you can generate some "
: novel and unexpected" genes that connect with "novel and unexpected"
: mechanism.
: In the past few years, our lab has conducted many forward genetic screens.
: Most of them failed and lead to nowhere.  For those screenings working, we
: cloned near ten new or "un-new" genes. We only clearly (sort of) defined
the
:  function and mechanism of one gene.  Others, no matter conserved or
: unconserved, remain in dark.

不是很明白这段话的意思。
你指这9个genes其实是选错了还是找对了但机制不明?
你们判断找对还是找错的标准是啥?knockout?


: In some aspects, forward genetic screen is risky. It may take you several
: weeks to years to identify the gene. However, the reward is immerse.
: ...................



☆─────────────────────────────────────☆
  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 23:27:03 2008) 提到:

晕,看来还是没有说服你。。。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我没说数据库没用,只说数据库就是数据库。
: 我没说测序能解决大问题,我没说不需要测序。
: 我反对靠测序技术的提升,能产生从量到质的变化,
: 请看你的原话
: “其实生物学在往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模
: 的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。”
: 我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃
的。





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  cnyy (tea) 于 (Tue Dec 30 23:28:24 2008) 提到:

No.
原来历史是这样的...
benzer也不算亏了.
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: did you read the book, Time, love, memory?
: benzer是想做发育的,结果被 Gerald Rubin screw up 了。
: 后来的弟子中Larry Zipursky就一直做发育去了。





☆─────────────────────────────────────☆
  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 23:32:02 2008) 提到:

: 我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃
的。
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
~~

我听过一个ph.d的讲座,就是研究基因组GC含量和它生长环境温度的关系。一个两个基
因组,你没有办法看到这种关系吧。现在测序完成的基因组有几十个(几百个?),那
么他就有办法address这个问题了,这个算不算从量到质的变化?




☆─────────────────────────────────────☆
  ahche (啊且) 于 (Tue Dec 30 23:32:26 2008) 提到:

identify the right gene by DNA sequencing from several mutant alleles that
failed to complement each other. You can confirm it is the right gene by
rescuing experiments. Introducing a wild-type copy of that gene into the
organism can rescue the mutant phenotype.

the things unknown are the mechanisms, or how.



【 在 wsbioguy (postdog) 的大作中提到: 】
: the
: 不是很明白这段话的意思。
: 你指这9个genes其实是选错了还是找对了但机制不明?
: 你们判断找对还是找错的标准是啥?knockout?





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  toptip (土翁) 于 (Tue Dec 30 23:38:07 2008) 提到:

比如你要找某种癌症中pi3k的突变热点在哪里,一个两个病人的sample去测序,说明不
了这个问题吧,也许pi3k还没有突变呢。1000个不同病人的sample测下来呢?这个突变
热点就统计出来了。

假设可以收集一百万个病人的sample的基因组的序列信息(测序服务公司可能以后会收
集到这个信息),甚至可以用统计去除个体差异的突变,de novo地找到和这个癌症发
生密切相关基因的突变,以及突变热点。

这个算不算从量变到质变?



【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我没说数据库没用,只说数据库就是数据库。
: 我没说测序能解决大问题,我没说不需要测序。
: 我反对靠测序技术的提升,能产生从量到质的变化,
: 请看你的原话
: “其实生物学在往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模
: 的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。”
: 我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃
的。





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  cnyy (tea) 于 (Tue Dec 30 23:39:19 2008) 提到:

我觉得lanceandfei 在这个问题是抬杠,他觉得这个技术对他的研究没有什么impact,
他认为这非要揭示了为什么A磷酸化B,启动C,然后造成某个生理过程才是生物问题.
但是这个技术对有些领域研究就是大的影响,就像你举的这个例子,类似的研究
microbial community structure in natural environment(很多microbe没法在实验室
culture).
Cancer genomics
【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 的。
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: ~~
: 我听过一个ph.d的讲座,就是研究基因组GC含量和它生长环境温度的关系。一个两个基
: 因组,你没有办法看到这种关系吧。现在测序完成的基因组有几十个(几百个?),那
: 么他就有办法address这个问题了,这个算不算从量到质的变化?





☆─────────────────────────────────────☆
  acne (麦地米虫) 于 (Tue Dec 30 23:44:57 2008) 提到:

嗯,最好研究一下为什么疫苗可以增加Autism的发病率。即便NIH不给钱,疫苗公司也
得用钱把你的嘴堵上:)
【 在 futsch (MAP) 的大作中提到: 】
: Autism, another new fashion...:-)





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  acne (麦地米虫) 于 (Tue Dec 30 23:46:04 2008) 提到:

赫赫,这不是和我们说的clinical trial一样嘛?

【 在 cocoon (心灵纯洁得跟处男一样) 的大作中提到: 】
: 只讨论科学,无关funding
: 生物这么啃大山的研究人体,属于愚公移山的行为。有的时候是不得已而为之,
: 比如就是要搞清楚人到底是个什么东东,人体的细节如何,那就啃吧。但是寄希望于
: 通过搞清楚细节,哪怕是不断大踏步的推进的搞清楚细节来推到宏观层面上,
: 跟寄希望于愚公把山挪走以后公路就通了是一个道理。如果寄希望于短时间(几年,
: 几十年)内有全面的突破,只会重复从上个世纪末到今天的 希望->失望,再希望
: ->再失望 这个循环。
: 学一些数理科学就会明白,复杂系统的行为,是很难用细节规律来刻画的。比如
: 所有的电阻电容电感在低频下的规律人类都知道,很精确。但是一旦搞上几百万个元件
: 联网,出现对输入的敏感性,就完了。哪怕你知道每个元件怎么互联的,整个系统就
: ...................






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  wsbioguy (postdog) 于 (Tue Dec 30 23:48:25 2008) 提到:


I see.
Did your lab try to compare  the gene expression profiles
between the rescue genotype and the mutant genotype?
It may give clues to the mechanism to some extent.


【 在 ahche (啊且) 的大作中提到: 】
: identify the right gene by DNA sequencing from several mutant alleles that
: failed to complement each other. You can confirm it is the right gene by
: rescuing experiments. Introducing a wild-type copy of that gene into the
: organism can rescue the mutant phenotype.
: the things unknown are the mechanisms, or how.




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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 00:01:22 2008) 提到:

re 另外一个可能的应用是作多基因的genetics 传统的forward genetics只能handle单
基因的突变体 因为多了也map不出来。如果能直接测序 就能去研究多个基因-单表型。
比如直接找natural variant 找出n种表型 直接拿出来测序 这样一批可以确定对某个表
型有贡献的n多基因

作evolution genetics的也可以用

你说的作microbe metagenomics也是个很有意义的东东 不能大规模测序只能做16s rna
的话好多问题都解决不了


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 我觉得lanceandfei 在这个问题是抬杠,他觉得这个技术对他的研究没有什么impact,
: 他认为这非要揭示了为什么A磷酸化B,启动C,然后造成某个生理过程才是生物问题.
: 但是这个技术对有些领域研究就是大的影响,就像你举的这个例子,类似的研究
: microbial community structure in natural environment(很多microbe没法在实验室
: culture).
: Cancer genomics





☆─────────────────────────────────────☆
  wsbioguy (postdog) 于 (Wed Dec 31 00:08:58 2008) 提到:


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: re 另外一个可能的应用是作多基因的genetics 传统的forward genetics只能handle单
: 基因的突变体 因为多了也map不出来。如果能直接测序 就能去研究多个基因-单表型。

没明白你这段话想说的意思
传统的forward genetics也可以handle多基因疾病啊
二代测序牛在原来是1-5M的区间, 将来可能是10-100k的区间甚至single gene




: 比如直接找natural variant 找出n种表型 直接拿出来测序 这样一批可以确定对某
个表
: 型有贡献的n多基因





: 作evolution genetics的也可以用
: 你说的作microbe metagenomics也是个很有意义的东东 不能大规模测序只能做16s
rna
: 的话好多问题都解决不了




☆─────────────────────────────────────☆
  toptip (土翁) 于 (Wed Dec 31 00:15:42 2008) 提到:

能详细说一下microbe metagenomics吗?第一次听到这个东东。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 我觉得lanceandfei 在这个问题是抬杠,他觉得这个技术对他的研究没有什么impact,
: 他认为这非要揭示了为什么A磷酸化B,启动C,然后造成某个生理过程才是生物问题.
: 但是这个技术对有些领域研究就是大的影响,就像你举的这个例子,类似的研究
: microbial community structure in natural environment(很多microbe没法在实验室
: culture).
: Cancer genomics





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  wsbioguy (postdog) 于 (Wed Dec 31 00:17:20 2008) 提到:

就是种群鉴定


【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 能详细说一下microbe metagenomics吗?第一次听到这个东东。




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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 00:24:10 2008) 提到:

举个例子吧 人的大肠里面有n多微生物物种 n有多少说不清 可能有上千 现在能cultur
e能具体研究的手指头都数得过来 其他的大多数只能靠16s rna确定其存在 但这些东东
是干什么的怎么干的基本都没法研究。

从另一方面说 这些东东对人的正常生理功能是很重要的 帮助消化某些东西这就不说了
对免疫系统啊甚至behavior都有影响 (germ free的动物都不太正常 这个你见过就知道
的) 怎么影响的?既然没法都拿出来culture一种一种研究 一个合理的方法就是把所有
Microbe都测序了 然后 在人群里找出各种各样的表型(喜欢拉肚子的 不吸收纤维素的
autism的甚至 etc) 直接看所有Microbe的丰度以及polymorphysm 看到有可能有贡献
的再拿出来作


【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 能详细说一下microbe metagenomics吗?第一次听到这个东东。





☆─────────────────────────────────────☆
  acne (麦地米虫) 于 (Wed Dec 31 00:24:22 2008) 提到:

发病率近年爆增到没有吧。我觉得可能是以前under diagnosis


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: autism目前来看,是对儿童健康有很大威胁的一种疾病,男童得病几率高,发病率近年
: 爆增。
: 目前没有找到明确的致病基因,所以肯定不能用以前比如fragile X之类的疾病模型来
: 套,所以没有好的小鼠模型。
: 因为连怎么导致都不知道,更别提致病机理及治疗的可能方法了。
: 而我个人的兴趣 is following.
: typical autistic kids 的智力正常,只是与外界没有interaction, 与rett
syndrom
: 类似,表现出迟发,刚出生的时
: 候貌似正常,而在发育中1-2岁的时候,表现出神经系统的异常,而不是什么严重的病
: 变,细胞死亡什么的,而貌
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  repast (xebec) 于 (Wed Dec 31 00:25:24 2008) 提到:

真的么?啥疫苗,还是所有疫苗都可以?

【 在 acne (麦地米虫) 的大作中提到: 】
: 嗯,最好研究一下为什么疫苗可以增加Autism的发病率。即便NIH不给钱,疫苗公司也
: 得用钱把你的嘴堵上:)





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 31 00:26:23 2008) 提到:

这就是标准的扯淡研究,基因组的GC含量很生长温度变化,可能,因为生长温度高的话
,打开dna双链的能量就会相
应的变化。
可这本身就是个nonsense biological question, 我认为,更有意思的问题包括,遗传
筛选这些耐高温的细菌,找到他
们究竟为什么抗高温的分子机理。我知道了GC含量管鸟用阿,基因组的意义在于基因。
这典型属于守着测序仪没事情干的。

【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 的。
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: ~~
: 我听过一个ph.d的讲座,就是研究基因组GC含量和它生长环境温度的关系。一个两个基
: 因组,你没有办法看到这种关系吧。现在测序完成的基因组有几十个(几百个?),那
: 么他就有办法address这个问题了,这个算不算从量到质的变化?






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 31 00:27:07 2008) 提到:

得了,我也不指望你说啥了,瞎折腾。


【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 有意思,你现在变成了不理解测序量变和质变的问题,而不再是质问测序能解决什么生
: 物学问题了
: 退一步,就算是论量变质变,也很好理解,量上去了就会带来更有力的统计方法 -

: 这一点目前其实已经很急需开创性的人才来带领这个领域。如果你不理解,我也不勉强
: ,因为你不理解的东西多了去了,我也不勉强去理解广义相对论。
: 的。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 31 00:30:34 2008) 提到:

找到突变的热点又so what了呢?!做个诊断的指标?扯吧。不还是理解不了cancer怎
么回事?
你还不如用那个基因组敲一遍的来的直接了当。

以现在的水平,就算加上二代三代,等到有快速测1000个病人的能力,估计基因组早就
敲了8遍了。

【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 比如你要找某种癌症中pi3k的突变热点在哪里,一个两个病人的sample去测序,说明不
: 了这个问题吧,也许pi3k还没有突变呢。1000个不同病人的sample测下来呢?这个突变
: 热点就统计出来了。
: 假设可以收集一百万个病人的sample的基因组的序列信息(测序服务公司可能以后会收
: 集到这个信息),甚至可以用统计去除个体差异的突变,de novo地找到和这个癌症发
: 生密切相关基因的突变,以及突变热点。
: 这个算不算从量变到质变?
: 的。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 31 00:31:37 2008) 提到:

有可能,什么都有可能,大家都不知道。
而关于疫苗导致autism更是完全捕风捉影!
瞎扯的。


【 在 acne (麦地米虫) 的大作中提到: 】
: 发病率近年爆增到没有吧。我觉得可能是以前under diagnosis
: syndrom






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  heculase (似水年华) 于 (Wed Dec 31 00:36:16 2008) 提到:

re forward genetics的前途就是genomics

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: re 另外一个可能的应用是作多基因的genetics 传统的forward genetics只能handle单
: 基因的突变体 因为多了也map不出来。如果能直接测序 就能去研究多个基因-单表型。
: 比如直接找natural variant 找出n种表型 直接拿出来测序 这样一批可以确定对某
个表
: 型有贡献的n多基因
: 作evolution genetics的也可以用
: 你说的作microbe metagenomics也是个很有意义的东东 不能大规模测序只能做16s
rna
: 的话好多问题都解决不了





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  toptip (土翁) 于 (Wed Dec 31 00:39:49 2008) 提到:

那些核心的致病基因不是有开发药物成功的例子吗?多基因的突变热点,和单基因的敲
除能等价吗?

说到这份上我就没辙了,我感觉你根本不把整个生物研究放在眼里。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 找到突变的热点又so what了呢?!做个诊断的指标?扯吧。不还是理解不了cancer怎
: 么回事?
: 你还不如用那个基因组敲一遍的来的直接了当。
: 以现在的水平,就算加上二代三代,等到有快速测1000个病人的能力,估计基因组早就
: 敲了8遍了。





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  toptip (土翁) 于 (Wed Dec 31 00:43:09 2008) 提到:

又不是为了这种研究而去做测序,不费什么钱,数据鼓捣鼓捣就统计出来了。我只是举
个例子,当然还有很多我不知道和不理解的用处。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 这就是标准的扯淡研究,基因组的GC含量很生长温度变化,可能,因为生长温度高的话
: ,打开dna双链的能量就会相
: 应的变化。
: 可这本身就是个nonsense biological question, 我认为,更有意思的问题包括,遗传
: 筛选这些耐高温的细菌,找到他
: 们究竟为什么抗高温的分子机理。我知道了GC含量管鸟用阿,基因组的意义在于基因。
: 这典型属于守着测序仪没事情干的。





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  toptip (土翁) 于 (Wed Dec 31 00:44:17 2008) 提到:

这个有点意思。。。。

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 举个例子吧 人的大肠里面有n多微生物物种 n有多少说不清 可能有上千 现在能
cultur
: e能具体研究的手指头都数得过来 其他的大多数只能靠16s rna确定其存在 但这些东东
: 是干什么的怎么干的基本都没法研究。
: 从另一方面说 这些东东对人的正常生理功能是很重要的 帮助消化某些东西这就不说了
:  对免疫系统啊甚至behavior都有影响 (germ free的动物都不太正常 这个你见过就
知道
: 的) 怎么影响的?既然没法都拿出来culture一种一种研究 一个合理的方法就是把所有
: Microbe都测序了 然后 在人群里找出各种各样的表型(喜欢拉肚子的 不吸收纤维素的
:  autism的甚至 etc) 直接看所有Microbe的丰度以及polymorphysm 看到有可能有贡献
: 的再拿出来作





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  heculase (似水年华) 于 (Wed Dec 31 00:48:25 2008) 提到:

扯吧你,你能敲一遍,还能双突做一套三突做一套了?你的老鼠全能活?KO换个背景出
来个不同表型的多了去了。SMN不是map出来的?Fragile X不是map出来的?你能数出来
KO给医学提供了多少个novel表型?没有human genetics做个鬼啊。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 找到突变的热点又so what了呢?!做个诊断的指标?扯吧。不还是理解不了cancer怎
: 么回事?
: 你还不如用那个基因组敲一遍的来的直接了当。
: 以现在的水平,就算加上二代三代,等到有快速测1000个病人的能力,估计基因组早就
: 敲了8遍了。





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  APHH (hutu) 于 (Wed Dec 31 00:51:43 2008) 提到:

我也觉得,原来it整个就是一个自以为是的, wasted my time. Off this keng now.

【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 那些核心的致病基因不是有开发药物成功的例子吗?多基因的突变热点,和单基因的敲
: 除能等价吗?
: 说到这份上我就没辙了,我感觉你根本不把整个生物研究放在眼里。





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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 00:52:12 2008) 提到:

我觉得reverse genetics不行还有个现实原因:挑哪个gene去KO总有些理由的 出来动物
之后找phenotype总会有bias 就算没有造假的倾向。。。


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 扯吧你,你能敲一遍,还能双突做一套三突做一套了?你的老鼠全能活?KO换个背景出
: 来个不同表型的多了去了。SMN不是map出来的?Fragile X不是map出来的?你能数出来
: KO给医学提供了多少个novel表型?没有human genetics做个鬼啊。





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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 01:03:19 2008) 提到:

什么时候中国和美国能同工同酬再谈这些吧

【 在 cia555 (dreamer) 的大作中提到: 】
: 过去30年,美国的生命科学高速发展,现在除了药物研发上与欧洲平分秋色外,在基础
: 研究,生物科技上成了世界的龙头老大,成果累累但是采取的竟争手段也不是很温柔。
: 成果累累:
: 1. 美国主挑完成了人类基因测序(Venter Institute/Whiteheand Institute为主挑
);
: 2. 建立强大完整的生命科学数据库(Pubmed,MGD,UCSC genome etc);
: 3. 建立了系统完整的生命医学文献资料文库(cell系列, Science, Nature分枝系列
: ,PNAS, Plos系列 America J.of ×××)等等。
: 4. 掌握了绝大部分生物核心技术(Con-focal Microscope, FACS, PCR, qRT-PCR, 
: 第一代,第二代DNA sequencing技术,莹光标记技术,莹光成像技术,人源化的单抗制
: 备技术,基因芯片, ChIP技术,和欧洲,日韩同步的干细胞技术。)
: ...................




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  cnyy (tea) 于 (Wed Dec 31 01:03:30 2008) 提到:

有没有拿老鼠做foward genetics的例子阿?
现在大家要所谓的"mechanism", reverse的总是容易follow一点.
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 我觉得reverse genetics不行还有个现实原因:挑哪个gene去KO总有些理由的 出来
动物
: 之后找phenotype总会有bias 就算没有造假的倾向。。。





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  annieyzyz (annie) 于 (Wed Dec 31 01:04:34 2008) 提到:

this is a typical experiment in any gentic lab.

you care about the tissue-specific effects of the gene once a time.



【 在 wsbioguy (postdog) 的大作中提到: 】
: I see.
: Did your lab try to compare  the gene expression profiles
: between the rescue genotype and the mutant genotype?
: It may give clues to the mechanism to some extent.





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  annieyzyz (annie) 于 (Wed Dec 31 01:06:26 2008) 提到:

yes. neuroscientists in hopkins are doing this


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 有没有拿老鼠做foward genetics的例子阿?
: 现在大家要所谓的"mechanism", reverse的总是容易follow一点.
: 动物





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  annieyzyz (annie) 于 (Wed Dec 31 01:08:08 2008) 提到:

please look at what Eric Lander is doing.


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我没说数据库没用,只说数据库就是数据库。
: 我没说测序能解决大问题,我没说不需要测序。
: 我反对靠测序技术的提升,能产生从量到质的变化,
: 请看你的原话
: “其实生物学在往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模
: 的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。”
: 我的观点是测序就是测序,是做一个数据库,偶不理解,数据库怎么能从量到质飞跃
的。





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  annieyzyz (annie) 于 (Wed Dec 31 01:10:13 2008) 提到:

疫苗和Autism的发病率有统计学上的关连,不等于疫苗可以增加Autism的发病率。

【 在 acne (麦地米虫) 的大作中提到: 】
: 嗯,最好研究一下为什么疫苗可以增加Autism的发病率。即便NIH不给钱,疫苗公司也
: 得用钱把你的嘴堵上:)





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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 01:11:44 2008) 提到:

有阿 clock gene不就是这么来的 许田那个trasposon也可以更便宜的作。 不过化学突
变的map起来会死人的...hehe 许田那个东西容易得多 不过估计也只有超级有钱lab或者
中国的lab才做得起



【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 有没有拿老鼠做foward genetics的例子阿?
: 现在大家要所谓的"mechanism", reverse的总是容易follow一点.
: 动物





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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 01:24:55 2008) 提到:

再建100个nibs也只是一堆没用的paper而已

现成的廉价劳动力可以利用来敛财,谁还去发展高端?
这个路线至少还要再走十年

【 在 SmoothP (拉格朗朗日) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 24 12:29:35 2008)
:
: 美国现在经济危机,虽然国内经济也不容乐观,但趁着奥运,抗震,太空行走之余势,
: 正应该大大炒作一下科技,不但振奋民心,而且为发展高端经济打下基础。只要肯出血
: 拿出几千亿的外汇储备,吸引大批科学家特别是千年博后回国,几年内就可以大大缩短
: 跟美国的差距。
: --
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 146.201.]





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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 01:27:43 2008) 提到:

这话说得 你可以觉得paper没用 只有造飞船火箭飞机大炮才有用 不过造这些东西照样
要用到几年前是几年前甚至百年前的publicated data



【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 再建100个nibs也只是一堆没用的paper而已
: 现成的廉价劳动力可以利用来敛财,谁还去发展高端?
: 这个路线至少还要再走十年





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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 01:30:52 2008) 提到:

现在不是科技革命的时代
所有领域都这样

【 在 AMCC2008 (色诫) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Thu Dec 25 02:24:56 2008)
:
: 感觉美国这些年来炒作这些,只会大大削减美国的实力,给中国、印度等国家追上来机
: 会。就算癌症能攻克又怎么样?这些东西总归不像汽车、电脑那样改变人的生活方式、
: 提高国家的综合国力。
:
: 中国可以跟着搞,但绝对不能炒作这些。
: --
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 127.0.]





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 01:32:00 2008) 提到:

xdjm 们都玩gene 测序呀。

谁做protein trafficking 呀。

仔细看,楼主举的例子明显有学科局限,主要都是围绕DNA, RNA 的。

其实其他方面比如protein post-translational modification,
trafficking, hormone 都很有发展的。


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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 01:36:56 2008) 提到:

这话说的有点过了。我看100个nibs, 中国就牛大了。
廉价劳动力已经不能敛财了,而且中国劳动力也不再廉价了。经济转型势在必行。
这个路线,不出5年就会改变,肯定用不了10年。

我搞电生理,就觉得通道和中草药的关系肯定很有意思,如果能高通量晒一下中药活性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
率,毕竟中草药的疗效已经有所确认,而化合物库只是化学家怎么方便怎么合成的随机库而已。

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 再建100个nibs也只是一堆没用的paper而已
: 现成的廉价劳动力可以利用来敛财,谁还去发展高端?
: 这个路线至少还要再走十年








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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 01:51:49 2008) 提到:

中国要是建100个nibs
到时候技术员工资多少?估计还是美国的1/7


【 在 iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 的大作中提到: 】
: 这话说的有点过了。我看100个nibs, 中国就牛大了。
: 廉价劳动力已经不能敛财了,而且中国劳动力也不再廉价了。经济转型势在必行。
: 这个路线,不出5年就会改变,肯定用不了10年。
: 我搞电生理,就觉得通道和中草药的关系肯定很有意思,如果能高通量晒一下中药活
性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
: 率,毕竟中草药的疗效已经有所确认,而化合物库只是化学家怎么方便怎么合成的随
机库而已。





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  chugol (看热闹) 于 (Wed Dec 31 01:52:31 2008) 提到:

Neal Copeland 的 sleep beuaty 系统更popular,问题并不在有没有钱,而是产生的
海量数据的分析方法还不行。

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 有阿 clock gene不就是这么来的 许田那个trasposon也可以更便宜的作。 不过化学突
: 变的map起来会死人的...hehe 许田那个东西容易得多 不过估计也只有超级有钱lab
或者
: 中国的lab才做得起





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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 01:53:57 2008) 提到:

你知道nibs技术员工资多少钱么?lol

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 中国要是建100个nibs
: 到时候技术员工资多少?估计还是美国的1/7
: 性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
: 机库而已。





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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 01:57:23 2008) 提到:

估计没有人比我更知道了
哈哈

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 你知道nibs技术员工资多少钱么?lol





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 02:00:39 2008) 提到:

呵呵,中国消费也低呀,人民也任劳任怨。
这么比没意义,中国建筑工,司机,水管工和美国也没法比。
中国要能聪明到去建100 个NIBS, 还都把能人招来了,那就是浪费一点也是拉动内需。
肥水不流外人田。
这比给贪官外逃,买美国国债,黑石,大摩要省的多了。

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 中国要是建100个nibs
: 到时候技术员工资多少?估计还是美国的1/7
: 性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
: 机库而已。








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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 02:01:08 2008) 提到:

中药太不靠谱了,很多所谓药效根本就是错觉

老老实实的等生物机理搞清了才是正道

【 在 iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 31 01:36:56 2008)
:
: 我搞电生理,就觉得通道和中草药的关系肯定很有意思,如果能高通量晒一下中药活
性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
: 率,毕竟中草药的疗效已经有所确认,而化合物库只是化学家怎么方便怎么合成的随
机库而已。
:
:
:
:
:
:
:
: --
: ※ 修改:·iNGOR 於 Dec 31 01:40:19 2008 修改本文·[FROM: 69.154.]





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  emir (545) 于 (Wed Dec 31 02:03:57 2008) 提到:

中国消费也低.......看对什么人来说了
您上次在中国消费是时候

nibs的技术员,谁搬家能把家电随手扔掉?

中国人力服务消费倒是确实低
所以更适合富人

【 在 iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 什么会是下一个生命科学的炒作主题?
: 发信站: BBS 未名空间站 (Wed Dec 31 02:00:39 2008)
:
: 呵呵,中国消费也低呀,人民也任劳任怨。
: 这么比没意义,中国建筑工,司机,水管工和美国也没法比。
: 中国要能聪明到去建100 个NIBS, 还都把能人招来了,那就是浪费一点也是拉动内需。
: 比给贪官外逃,买美国国债,黑石,大摩要省的多了。
:
:
:
: --
:
: ※ 来源:·WWW 未名空间站 海外: mitbbs.com 中国: mitbbs.cn·[FROM: 69.154.]





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 02:08:47 2008) 提到:

我就想老老实实搞清楚机理呀。

不好意思,俺家不少中医,药效是确定的。
中药用对了,药效比西药还快,可以说是立竿见影。
发高烧,早上喝了,中午就好。

比如,TRP 通道和中药一定有些关系。
冰片,辣椒之类的东西都是作用在TRP 上的。

中药说辣椒虽然外表极热,但本质是寒的,可以用来治疗牙痛。
现代医学也证明辣椒素激活TRPV1, 并且有镇痛作用。
这位同学不要脑袋一拍,就随便把祖宗几千年的东西都否定了。

现在不明白的,不代表永远不明白。

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 中药太不靠谱了,很多所谓药效根本就是错觉
: 老老实实的等生物机理搞清了才是正道
: 性成分,肯定比筛随意的化合物库有效
: 机库而已。






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  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 02:11:16 2008) 提到:

不才也恰好拿过nibs的技术员工资 加上租房补助一个月差不多3000 不才恰好还拿
过美国技术员的工资 一个月差不多2000刀 都是税后的。

你要非认为2000刀的消费能力是3000人民币的7倍我就没什么好说了 我在美国也没
有能力随手乱扔家电 在nibs3000快足够我过得衣食无忧还能攒钱买点自己喜欢的小
奢侈品


【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 估计没有人比我更知道了
: 哈哈





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 02:12:08 2008) 提到:

不明白你想说什么。
我6月在国内消费。
在美国我也不随便扔东西。
NIBS 技术员挣多少,什么时候成为一个学术水平的指标了...

美国可以随便印钱,资本规模比中国大得多,整个世界的金融体系都建立在美元基础上,
中美资本成本,人力成本不同,而且人力不可能随意流通所以中美现阶段基本不可能同工同酬。

这不是科学或者政策的问题,是国家经济金融体系的问题。建议你回去读读经济学的东西再来讨论这个问题。

如果钱真是个问题,中国两弹一星,青蒿素,牛胰岛素一样都不可能出来。

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 中国消费也低.......看对什么人来说了
: 您上次在中国消费是时候
: nibs的技术员,谁搬家能把家电随手扔掉?
: 中国人力服务消费倒是确实低
: 所以更适合富人










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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:19:27 2008) 提到:

你对 sequencer 的了解还是在 1980 年代。当大家费尽九牛二虎之力才能测个几百个
base 的时候,测序就是测序。反正什么东西打死了就只能 cover 个 1x. 现在的
sequencer 与其说是个 sequencer, 不如说是个 chemical space 的 microscope. 如
果你一把可以测 20GB, 你就有办法把 e. coli cover 个 5000 次,你就不止可以定性
地量序列,还可以定量。可以做啥? expression profiling, methylation, Chip-seq
, etc. 你做 neural science 的,好,我脑袋里一直有个问题:PC12 cell 加一点
NGF 会长出脚来。但是是什么 gene 打开关上造成的呢?抓个 PC12, 没加 NGF 前把他
开了拿 mRNA-->cDNA, 加了再开一次。你可能会 argue: 这事 array 就可以干了。错
。array 只能看一个 subset,也就是说你漏了绝大多数的资讯,还有 array 的 noise
极其巨大。现在 NIH 都不太尿 array 这一壶了。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 让我再问一遍,究竟能干什么,测的再快,再好,那不也就是测基因组嘛。
: 究竟能解决什么生物学问题?





☆─────────────────────────────────────☆
  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:21:57 2008) 提到:


next-gen sequencing 的一个大客户就是 population genetics

【 在 toptip (土翁) 的大作中提到: 】
: 这个有点意思。。。。
: cultur
: 知道





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  iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 于 (Wed Dec 31 02:23:33 2008) 提到:

说得我都有点明白了,大牛!

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 你对 sequencer 的了解还是在 1980 年代。当大家费尽九牛二虎之力才能测个几百

: base 的时候,测序就是测序。反正什么东西打死了就只能 cover 个 1x. 现在的
: sequencer 与其说是个 sequencer, 不如说是个 chemical space 的 microscope. 如
: 果你一把可以测 20GB, 你就有办法把 e. coli cover 个 5000 次,你就不止可以定性
: 地量序列,还可以定量。可以做啥? expression profiling, methylation, Chip-
seq
: , etc. 你做 neural science 的,好,我脑袋里一直有个问题:PC12 cell 加一点
: NGF 会长出脚来。但是是什么 gene 打开关上造成的呢?抓个 PC12, 没加 NGF 前把他
: 开了拿 mRNA-->cDNA, 加了再开一次。你可能会 argue: 这事 array 就可以干了。错
: 。array 只能看一个 subset,也就是说你漏了绝大多数的资讯,还有 array 的
noise
:  极其巨大。现在 NIH 都不太尿 array 这一壶了。






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  repast (xebec) 于 (Wed Dec 31 02:25:43 2008) 提到:

这帖子和中国有关系么?

【 在 emir (545) 的大作中提到: 】
: 什么时候中国和美国能同工同酬再谈这些吧
: );





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:27:36 2008) 提到:


现在的技术已经可以在五天之内一台机器做 huamn 的 5x coverage resequencing. 如
果把当初 HGP draft sequence 的 scale 倒下去,1000 个人只是几个月的事。麻烦你
开始敲八遍给我看。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 找到突变的热点又so what了呢?!做个诊断的指标?扯吧。不还是理解不了cancer怎
: 么回事?
: 你还不如用那个基因组敲一遍的来的直接了当。
: 以现在的水平,就算加上二代三代,等到有快速测1000个病人的能力,估计基因组早就
: 敲了8遍了。





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  repast (xebec) 于 (Wed Dec 31 02:33:57 2008) 提到:

把 PC12 开了是啥意思?啥东西加 NGF 会不长脚出来?

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 你对 sequencer 的了解还是在 1980 年代。当大家费尽九牛二虎之力才能测个几百

: base 的时候,测序就是测序。反正什么东西打死了就只能 cover 个 1x. 现在的
: sequencer 与其说是个 sequencer, 不如说是个 chemical space 的 microscope. 如
: 果你一把可以测 20GB, 你就有办法把 e. coli cover 个 5000 次,你就不止可以定性
: 地量序列,还可以定量。可以做啥? expression profiling, methylation, Chip-
seq
: , etc. 你做 neural science 的,好,我脑袋里一直有个问题:PC12 cell 加一点
: NGF 会长出脚来。但是是什么 gene 打开关上造成的呢?抓个 PC12, 没加 NGF 前把他
: 开了拿 mRNA-->cDNA, 加了再开一次。你可能会 argue: 这事 array 就可以干了。错
: 。array 只能看一个 subset,也就是说你漏了绝大多数的资讯,还有 array 的
noise
:  极其巨大。现在 NIH 都不太尿 array 这一壶了。





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:36:45 2008) 提到:


开了就是说把 mRNA 拿出来做 expression profiling 的啦。难道什么破细胞加了 NGF
都会长脚?

【 在 repast (xebec) 的大作中提到: 】
: 把 PC12 开了是啥意思?啥东西加 NGF 会不长脚出来?
: 个
: seq
: noise





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  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:42:48 2008) 提到:


anyway, 我认为高通量测序会改变我们“读”生物系统的方式,就像所有的
microscope 新技术一样。不过我们牛气冲天的 La Jolla 同志可能又不认为
microscope 的新技术对生物有任何贡献了。

【 在 iNGOR (葛大爷| 少灌水,多学习) 的大作中提到: 】
: 说得我都有点明白了,大牛!
: 个
: seq
: noise





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  repast (xebec) 于 (Wed Dec 31 02:46:31 2008) 提到:

不知道,我外行啊,觉得既然叫 GF, 应该是个 neuron 就能张脚的吧

【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 开了就是说把 mRNA 拿出来做 expression profiling 的啦。难道什么破细胞加了
NGF
:  都会长脚?





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  anoia (折腾了一轮,5年一轮回) 于 (Wed Dec 31 02:50:55 2008) 提到:

我觉得你吹的成分也不少,其实
【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: anyway, 我认为高通量测序会改变我们“读”生物系统的方式,就像所有的
: microscope 新技术一样。不过我们牛气冲天的 La Jolla 同志可能又不认为
: microscope 的新技术对生物有任何贡献了。




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  neverthink (nevernetbug) 于 (Wed Dec 31 02:52:38 2008) 提到:

You guys...I don't know what to say, don't you see He is arguing on this
point purely for arguing....But I agree with Cafee:))--Purely sequencing I
don't think have any value without interesting questions, but to sequence a
person's genome and then ......just Ad and bullshit and faraway from
anything concrete useful...I would argue it will do more harm than benefit.
I tend to believe that Cafee just wants to puke the idea of purely
technology people and the heat of sequencing....it is just tools...But when
combined with other traditional and novel methodologies etc, it has
tremendous potentials in numerous areas and might be one of the key/common
tools for future science... To give a simple example, it is only possible to
widely adop whole genome methylation analysis/promoter analysis etc etc
with the new sequencing technology..., this alone is a huge feat.. As well,
population genetics and linkage analysis etc etc....are benefiting
tremendously from massive sequencing power..., the same with evolution
genetics.... Finally when combined together with other methodologies, when
tremendous large dataset readily available, then systematically analysis and
modeling will one day become possible and then reverse genetics aimed at
pathways/network/modules etc will become feasible and may one day become
effective in some complex diseases or traits studies.


  BTW, if I might say something, didn't like the way you discuss about
science here although your discussion carries some valuable points. 
Whenever I am here, I try not to get personal...It is a small world, any of
us could one day meet in real life or even become colleagues...


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 现在的技术已经可以在五天之内一台机器做 huamn 的 5x coverage resequencing. 如
: 果把当初 HGP draft sequence 的 scale 倒下去,1000 个人只是几个月的事。麻烦你
: 开始敲八遍给我看。





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Wed Dec 31 02:57:23 2008) 提到:

haha, 问题就在这里了。
你一把测无数的序列,一把把expression profiling都搞清,好,就算你都能搞清,
等会,你知道的只是无数基因的高了,或低了。 他们直接的关系,你还是不知道。
这期的cell給了个挂历, snapshot是各种细胞信号通路的简图,所谓简图,有多少蛋
白在里面作用?
不好意思,这种所谓的定量对解释整个生理过程没有大的贡献,你又没有reasoning,
你怎么知道谁重要谁不重
要。
cell signaling people做死,做出这么多一砣一砣的信号通路,你还要往里面塞东西
?有意思吗?

另外,现在对显微镜的关注是过火了,我还没看到什么真牛叉的东西出来。这个观点我
n久就说了。
roger tsien的东西为什么有用,人从来就是带着问题进去的,从不給你制造junk data.


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: 你对 sequencer 的了解还是在 1980 年代。当大家费尽九牛二虎之力才能测个几百

: base 的时候,测序就是测序。反正什么东西打死了就只能 cover 个 1x. 现在的
: sequencer 与其说是个 sequencer, 不如说是个 chemical space 的 microscope. 如
: 果你一把可以测 20GB, 你就有办法把 e. coli cover 个 5000 次,你就不止可以定性
: 地量序列,还可以定量。可以做啥? expression profiling, methylation, Chip-
seq
: , etc. 你做 neural science 的,好,我脑袋里一直有个问题:PC12 cell 加一点
: NGF 会长出脚来。但是是什么 gene 打开关上造成的呢?抓个 PC12, 没加 NGF 前把他
: 开了拿 mRNA-->cDNA, 加了再开一次。你可能会 argue: 这事 array 就可以干了。错
: 。array 只能看一个 subset,也就是说你漏了绝大多数的资讯,还有 array 的
noise
:  极其巨大。现在 NIH 都不太尿 array 这一壶了。






☆─────────────────────────────────────☆
  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 02:58:16 2008) 提到:

俺一向不善吹牛,其实。这东西比我以前搞的结构有意思多了。

【 在 anoia (折腾了一轮,5年一轮回) 的大作中提到: 】
: 我觉得你吹的成分也不少,其实





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Wed Dec 31 03:00:20 2008) 提到:

I don't quite follow you, are you puking Cafee, cocoon or me? what points
are you trying to raise?  I am trying to talk to Cocoon here to get some
ideas about complex systems comments etc....Would be interested in yours if
you are not a traditional biologist:))). Thanks,
【 在 APHH (hutu) 的大作中提到: 】
: 竟然到最后我还是跳了这个坑。
: 坑主说的很多东西基本上是扯蛋,不过他也说了是炒作的目标。
: 真正让我跳的是这个自称外行的骨灰老爱地的thought-provoking post. 其实生物学在
: 往 你说的方向走,从以前的一个一个基因的做到现在的高通量大规模的实验就是很好
: 的原始积累,当数据库达到一定程度的时候就是量的质的飞跃的时候 (那谁说数据库
: 没用的谁,真该打板子的)。二代三代测序正是在这个方向的一个扎实的脚印(这绝对
: 是一个炒作点,这点我同意坑主)。另外一个相关的看法就是,现有的公共数据里面,
: 你要有本事,绝对可以整出几篇(C)NS的文章而不需要做一个(湿)实验。





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Wed Dec 31 03:01:40 2008) 提到:

技术没有相关的问题当然就没用了 这种形而上的道理人人都懂 不需要科普

至于高通量测序 已经不少人举出不少可能的应用了 而且明摆着很多问题没有这个技术
就没法做 这难道还不够说明其重要性?当然了 你还是可以觉得这些问题都不重要或者
都不是生物学问题。。。


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: You guys...I don't know what to say, don't you see He is arguing on this
: point purely for arguing....But I agree with Cafee:))--Purely sequencing I
: don't think have any value without interesting questions, but to sequence
a
: person's genome and then ......just Ad and bullshit and faraway from
: anything concrete useful...I would argue it will do more harm than benefit
.
: I tend to believe that Cafee just wants to puke the idea of purely
: technology people and the heat of sequencing....it is just tools...But
when
: combined with other traditional and novel methodologies etc, it has
: tremendous potentials in numerous areas and might be one of the key/common
: tools for future science... To give a simple example, it is only possible
to
: ...................




☆─────────────────────────────────────☆
  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 03:04:39 2008) 提到:

你对“生理过程”“生物意义”的 stress 已经过头了。生物迟早要到定量科学这一步
的。言尽于此。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: haha, 问题就在这里了。
: 你一把测无数的序列,一把把expression profiling都搞清,好,就算你都能搞清,
: 等会,你知道的只是无数基因的高了,或低了。 他们直接的关系,你还是不知道。
: 这期的cell給了个挂历, snapshot是各种细胞信号通路的简图,所谓简图,有多少蛋
: 白在里面作用?
: 不好意思,这种所谓的定量对解释整个生理过程没有大的贡献,你又没有reasoning,
: 你怎么知道谁重要谁不重
: 要。
: cell signaling people做死,做出这么多一砣一砣的信号通路,你还要往里面塞东西
: ?有意思吗?
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Wed Dec 31 03:16:01 2008) 提到:

What are ur points, buddy? have you finished reading mine? Don't quite see
what you want to convince me about ?
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 技术没有相关的问题当然就没用了 这种形而上的道理人人都懂 不需要科普
: 至于高通量测序 已经不少人举出不少可能的应用了 而且明摆着很多问题没有这个技术
: 就没法做 这难道还不够说明其重要性?当然了 你还是可以觉得这些问题都不重要或者
: 都不是生物学问题。。。
: a
: .
: when
: to





☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Wed Dec 31 03:17:46 2008) 提到:

Calm down buddy, just water for fun and kill some time, don't get personal..
..I represent Oncogene to ban both of you three min:)))
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 这世道,俺说几句实话就被砰,糙,装什么B阿,
: 丫的上来就说人是找不到工作的千老,糙,我认识你吗,你丫就找的到工作,你丫就不
: 千老,
: 结果呢,惊奇了丫一把,失望了丫一把,碰巧俺还有地方去,丫说不知道哪里的烂校。
: 马勒隔壁的都是什么烂人。我去烂校你麻痹管的着吗,烂校找谁惹谁了,你牛你去牛校
: ,管我鸟事阿。





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  Calendar (Calendar) 于 (Wed Dec 31 10:31:20 2008) 提到:

一分钟也不要ban,实在看的过瘾,比那个选校变质的校际坑上档次太多了,bio版上次
有这么精彩的坑是啥时候

云彩舌战群儒,加上土翁,peoplem,neverthink几个淌水的大仙,不输天龙八部地说


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  ttd (oldcat) 于 (Wed Dec 31 11:49:36 2008) 提到:

`In molecular biology there are technical advances, discoveries, and ideas,
usually in that order'-- S. Brenner


☆─────────────────────────────────────☆
  tools (cc) 于 (Wed Dec 31 12:31:16 2008) 提到:


大赞此话!   科学的突破是越来越多的依赖技术的进步。期待天才的idea是不现实的
,是不可求的

中心法则源于双螺旋结构的发现,如果没有X-ray解晶体的技术,天才如crick也猜不出
双螺旋

有了技术,次一等的才资也可以做不朽的贡献,富兰克林,包林等就差一点点而已

【 在 ttd (oldcat) 的大作中提到: 】
: `In molecular biology there are technical advances, discoveries, and ideas
,
: usually in that order'-- S. Brenner






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  festivus (feats of strength) 于 (Wed Dec 31 13:44:27 2008) 提到:

NIH once spent more than 10 million dollors on mouse mutagenesis projects. 
Many interesting phenotypes were generated. But mutations were hard to
detect and the funding did not get renewed.   http://www.mouse-genome.bcm.tmc.edu/enu/mutagenesisproj.asp.

I guess the $1000 genome sequencing technology would be ideal for following
up this project. That would be the "second-spring" of forward genetics.

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 有阿 clock gene不就是这么来的 许田那个trasposon也可以更便宜的作。 不过化学突
: 变的map起来会死人的...hehe 许田那个东西容易得多 不过估计也只有超级有钱lab
或者
: 中国的lab才做得起





☆─────────────────────────────────────☆
  festivus (feats of strength) 于 (Wed Dec 31 13:47:26 2008) 提到:

One clinical application of high throughput sequencing technology is to
detect all inherited mutations that are assocaited with genetic diseases
recorded in OMIM. That would be revolutionary.

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: haha, 问题就在这里了。
: 你一把测无数的序列,一把把expression profiling都搞清,好,就算你都能搞清,
: 等会,你知道的只是无数基因的高了,或低了。 他们直接的关系,你还是不知道。
: 这期的cell給了个挂历, snapshot是各种细胞信号通路的简图,所谓简图,有多少蛋
: 白在里面作用?
: 不好意思,这种所谓的定量对解释整个生理过程没有大的贡献,你又没有reasoning,
: 你怎么知道谁重要谁不重
: 要。
: cell signaling people做死,做出这么多一砣一砣的信号通路,你还要往里面塞东西
: ?有意思吗?
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  acne (麦地米虫) 于 (Wed Dec 31 18:11:38 2008) 提到:

这个是什么东东?

【 在 chugol (看热闹) 的大作中提到: 】
: Neal Copeland 的 sleep beuaty 系统更popular,问题并不在有没有钱,而是产生的
: 海量数据的分析方法还不行。
: 或者





☆─────────────────────────────────────☆
  wsbioguy (postdog) 于 (Wed Dec 31 18:27:43 2008) 提到:


S Brenner不愧是是一位大师级人物


【 在 ttd (oldcat) 的大作中提到: 】
: `In molecular biology there are technical advances, discoveries, and ideas
,
: usually in that order'-- S. Brenner




☆─────────────────────────────────────☆
  ferdinandshe (Pierrot le Fou) 于 (Wed Dec 31 19:57:54 2008) 提到:

S Brenner 来 UCSF 演讲时,不用 slide, 不用手势,不跺方步,一个人在讲台上讲。
主题:systems biology is nothing new. 他说 Systems Biology 其实就是包装过过
的生理学。

【 在 wsbioguy (postdog) 的大作中提到: 】
: S Brenner不愧是是一位大师级人物
: ,





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  repast (xebec) 于 (Wed Dec 31 21:47:24 2008) 提到:

这个不奇怪

参看这个帖子
http://www.mitbbs.com/article_t/Biology/31214254.html
what is 系统生物学?


【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: S Brenner 来 UCSF 演讲时,不用 slide, 不用手势,不跺方步,一个人在讲台上讲。
: 主题:systems biology is nothing new. 他说 Systems Biology 其实就是包装过过
: 的生理学。





☆─────────────────────────────────────☆
  festivus (feats of strength) 于 (Wed Dec 31 21:56:14 2008) 提到:

a kind of transposon, similar to what Xu Tian did with PiggyBac.


【 在 acne (麦地米虫) 的大作中提到: 】
: 这个是什么东东?





☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Thu Jan  1 01:03:10 2009) 提到:

Well, it is not neccessarily all true even if said by S Brenner right?
Following his logy, many are not new either....Epigenetics, cancer stem
cells, apoptosis all had its root at least 50-100 years ago if not more....
not in the seminar, so don't what exactly he might talked of and don't know
why he would even want to give a talk with such title, for what?...my point
is he is one of the great thinker/scientist, but doesn't mean he is right
all the time...
【 在 ferdinandshe (Pierrot le Fou) 的大作中提到: 】
: S Brenner 来 UCSF 演讲时,不用 slide, 不用手势,不跺方步,一个人在讲台上讲。
: 主题:systems biology is nothing new. 他说 Systems Biology 其实就是包装过过
: 的生理学。





☆─────────────────────────────────────☆
  asdfandasdf (Himalayas) 于 (Thu Jan  1 01:11:42 2009) 提到:

It is really hard to determine. Hope we can get the answer here, where the
nobel prize will arise.


☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Thu Jan  1 01:15:14 2009) 提到:

Well, the reason this was true and likely still holds true as of today is
because the primitive stage the life science is in....Virtually in any early
or nascent stages of any science, it requires less intelligences/discovers/
ideas/questions(TOO many OBVIOUS questions), than tools/technology/
observations; however, those stages will be gone in the end, and already
gone for some sub-field...so  Cafee's point still stands...when time comes,
idea/creativity/questions will come first. Even now people with questions
will actively look for tools/or make tools for their questions...More often
than not, tools are developed by people with questions or borrowed from
another fields... But people who don't know the questions/biology will not
contribute more than the tools....to give a not so proper example, Zhuang
could contribute much more with her tools if she was a great biologist...she
is extremely smart and trendy and her tools are great, but many biologists
don't like the way/depth whatever she addresses questions....but she is
smart and got cool toys and tons of biologists are waiting to work with her.
..BTW, tools-questions or questions-tools are really two different ways to
do science, and there are tons of successful examples of either ways.
【 在 ttd (oldcat) 的大作中提到: 】
: `In molecular biology there are technical advances, discoveries, and ideas
,
: usually in that order'-- S. Brenner





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Thu Jan  1 01:15:45 2009) 提到:

显微镜:STED和temporal focused fPALM在活细胞上面能得到接近电镜地分辨率,拿来
做neuronal microcircuit是够了。很快你会看到直接在brain里面看connectivity的数
据。电镜会被抛弃的。

以前还有人说用电镜来重构fly brain,现在完全不用了。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: haha, 问题就在这里了。
: 你一把测无数的序列,一把把expression profiling都搞清,好,就算你都能搞清,
: 等会,你知道的只是无数基因的高了,或低了。 他们直接的关系,你还是不知道。
: 这期的cell給了个挂历, snapshot是各种细胞信号通路的简图,所谓简图,有多少蛋
: 白在里面作用?
: 不好意思,这种所谓的定量对解释整个生理过程没有大的贡献,你又没有reasoning,
: 你怎么知道谁重要谁不重
: 要。
: cell signaling people做死,做出这么多一砣一砣的信号通路,你还要往里面塞东西
: ?有意思吗?
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Thu Jan  1 01:20:22 2009) 提到:

庄的labelling intensity比用FP直接label的要低,因为是antibody,所以看起来,
resolution更清楚一点。不过我始终觉得,她什么都慢别人一步。现在别人通过不同途
径,都初步开始touch axial resolution的问题了,她还没有。

Should somebody talk with her and 报告 here, lol


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: Well, the reason this was true and likely still holds true as of today is
: because the primitive stage the life science is in....Virtually in any
early
:  or nascent stages of any science, it requires less intelligences/
discovers/
: ideas/questions(TOO many OBVIOUS questions), than tools/technology/
: observations; however, those stages will be gone in the end, and already
: gone for some sub-field...so  Cafee's point still stands...when time comes
,
: idea/creativity/questions will come first. Even now people with questions
: will actively look for tools/or make tools for their questions...More
often
: than not, tools are developed by people with questions or borrowed from
: another fields... But people who don't know the questions/biology will not
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  1 02:23:13 2009) 提到:

作connectivity不是要结合brainbow么?这个不是在fly还没法实现?

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 显微镜:STED和temporal focused fPALM在活细胞上面能得到接近电镜地分辨率,拿来
: 做neuronal microcircuit是够了。很快你会看到直接在brain里面看connectivity的数
: 据。电镜会被抛弃的。
: 以前还有人说用电镜来重构fly brain,现在完全不用了。





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Thu Jan  1 02:25:37 2009) 提到:

fly里面可以用Cre的,做个transgenic而已吧。

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 作connectivity不是要结合brainbow么?这个不是在fly还没法实现?





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  1 02:28:35 2009) 提到:

但是brainbow的实现要依赖于cre的效率吧 效率太高太低组合出来的颜色就没那么多种
(我就是有这么个印象 也许记错了) 在fly里cre的效率怎么样谁都不知道 我觉得最后
实现起来肯定还是得花不少troubleshooting的时间的


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: fly里面可以用Cre的,做个transgenic而已吧。





☆─────────────────────────────────────☆
  heculase (似水年华) 于 (Thu Jan  1 02:34:37 2009) 提到:

Cre效率高应该关系不大,因为它的设定就是应该到最后,全部切完,只剩一个loxP的。过表达Cre就是了。颜色的种类和brainbow transgene copy number有关,因为每个copy都是独立被剪切的,所以最后会得到很多种,不过我很怀疑这个方法,因为它靠的是intensity,而intensity
豢煽俊N揖醯糜Ω胐evelop些别的啥办法。

另外一个事情是,其实如果显微镜resolution够高,一个FP就足够分辨了。就像电镜重构。lol


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 但是brainbow的实现要依赖于cre的效率吧 效率太高太低组合出来的颜色就没那么多种
: (我就是有这么个印象 也许记错了) 在fly里cre的效率怎么样谁都不知道 我觉得
最后
: 实现起来肯定还是得花不少troubleshooting的时间的






☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  1 02:40:51 2009) 提到:

nodnod 尤其是不能保证intensity along the neurite是恒定的 这样大规模作会出问题
。不过拿来试试看总是好的 至少做做antennal lobe到lateral horn之类的做proof of
principle test。。。感觉josh sanes和jeff litchman他们构思的作cortex这种很不
靠谱

你说的cre问题我还得去查查。。忘记了 sigh


【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: Cre效率高应该关系不大,因为它的设定就是应该到最后,全部切完,只剩一个loxP的
: 。过表达Cre就是了。颜色的种类和brainbow transgene copy number有关,因为每个
: copy都是独立被剪切的,所以最后会得到很多种,不过我很怀疑这个方法,因为它靠的
: 是intensity,而intensity非常不可靠。我觉得应该develop些别的啥办法。
: 最后





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  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Thu Jan  1 11:24:13 2009) 提到:

nod. don't take these kind of talks too seroiusly.
they are just for fun.

【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: Well, it is not neccessarily all true even if said by S Brenner right?
: Following his logy, many are not new either....Epigenetics, cancer stem
: cells, apoptosis all had its root at least 50-100 years ago if not more....
: not in the seminar, so don't what exactly he might talked of and don't
know
: why he would even want to give a talk with such title, for what?...my
point
: is he is one of the great thinker/scientist, but doesn't mean he is right
: all the time...




☆─────────────────────────────────────☆
  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Thu Jan  1 11:28:21 2009) 提到:

guys in Janelia Farm already started to discover new biology using the
new microscope.

【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: Well, the reason this was true and likely still holds true as of today is
: because the primitive stage the life science is in....Virtually in any
early
:  or nascent stages of any science, it requires less intelligences/
discovers/
: ideas/questions(TOO many OBVIOUS questions), than tools/technology/
: observations; however, those stages will be gone in the end, and already
: gone for some sub-field...so  Cafee's point still stands...when time comes
,
: idea/creativity/questions will come first. Even now people with questions
: will actively look for tools/or make tools for their questions...More
often
: than not, tools are developed by people with questions or borrowed from
: another fields... But people who don't know the questions/biology will not
: ...................



☆─────────────────────────────────────☆
  demoner (时光宛如奔腾的河流) 于 (Thu Jan  1 11:30:16 2009) 提到:

not surprise...she is not that original, compared with the guys in Janelia
Farm.

【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 庄的labelling intensity比用FP直接label的要低,因为是antibody,所以看起来,
: resolution更清楚一点。不过我始终觉得,她什么都慢别人一步。现在别人通过不同途
: 径,都初步开始touch axial resolution的问题了,她还没有。
: Should somebody talk with her and 报告 here, lol
: early
: discovers/
: ,
: often




☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Thu Jan  1 19:44:05 2009) 提到:

It seems you know lots of insider rumors/news...so who are you working with?
areas? u still a student, right?
【 在 demoner (时光宛如奔腾的河流) 的大作中提到: 】
: guys in Janelia Farm already started to discover new biology using the
: new microscope.
: early
: discovers/
: ,
: often





☆─────────────────────────────────────☆
  neverthink (nevernetbug) 于 (Thu Jan  1 19:45:02 2009) 提到:

BTW, where is pupeer...., he hasn't showed up for ages...business with new
women or with new lab?
【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: It seems you know lots of insider rumors/news...so who are you working
with?
:  areas? u still a student, right?





☆─────────────────────────────────────☆
  sparking26 (sparking) 于 (Thu Jan  1 22:05:22 2009) 提到:

对她高期望呀,不要急,不是大项目马上就开始了吗~~
至少她的STORM是和PALM,fPALM一起出来的,multi-color 和3D还是她先弄出来的。她
单枪匹马领自己的组和janelia那么多牛人专门做这个的竞争,不容易啊,路还长~~
【 在 heculase (似水年华) 的大作中提到: 】
: 庄的labelling intensity比用FP直接label的要低,因为是antibody,所以看起来,
: resolution更清楚一点。不过我始终觉得,她什么都慢别人一步。现在别人通过不同途
: 径,都初步开始touch axial resolution的问题了,她还没有。
: Should somebody talk with her and 报告 here, lol
: early
: discovers/
: ,
: often





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  extracellula (extracellula) 于 (Sat Jan  3 17:59:21 2009) 提到:

我总觉得现在的研究的趋势就是非常非常重视一个分子或者一个通路在一个多基因遗传
病中的作用 大家都希望从这么单个的分子或者通路中找到什么 当然在初始阶段采取的
策略肯定是从细节到整体
所以以后的发展必须从整体考虑 如果还这样下去 我觉得说难听点就是互相骗钱


☆─────────────────────────────────────☆
  shuoguo (群山环抱) 于 (Sun Jan  4 03:41:35 2009) 提到:

考,这个帖子太牛了,花了2小时看完

我作计算神经生物的,好像还没有可以炒作的方向……?


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