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GISAID 进化树证明新冠病毒起源
[版面:生物学][首篇作者:nile] , 2020年03月25日21:41:50 ,2297次阅读,34次回复
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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 25 21:41:50 2020, 美东)


广义而言,地球上所有生命起源于共同的祖先。缩小尺度,所有国家新冠病毒都有一个
共同的冠状病毒起源。但是是不是所有的新冠病毒都起源于同一个新冠病毒,就是一个
等待回答的问题。问题关键在于这个新字,广义而言冠状病毒每天都是新的。因为世界
上不存在不变的事物。但是,新冠病毒的新,是特别指在某个地区引发大流行的一个特
定的“新冠病毒”,问题于是就变成这样:在不同国家地区导致大流行的新冠病毒是由
一个国家地区发生的新冠病毒传播扩散,还是由冠状病毒在不同的地区独立发生。

作为理论假设,当然两者都有存在的可能,正是因为存在两种可能性,所以不能把其中
任何一种作为不证自明的公理。尼罗河从中医理论出发,认为多起源的可能性更大。理
由在《武汉病毒还能走多远》和《美国新冠病毒还能走多远》两篇文章中有具体阐述。
同时指出,新冠病毒的起源最后要依靠大量的病毒序列比较才能作出结论。现在,证据
正在越来越清晰地在世人面前展现。

GISAID 汇集全球各实验室1442份新冠病毒基因组测序结果,生成了新冠病毒进化树。
图中实测样本以各色圆点表示。从左向右水平方向的连线是病毒进化线。表示病毒基因
组发生碱基突变。线条长度与碱基取代数量相关,并且与时间相关。垂直连线不代表碱
基取代,只是为了在同一平面上显示同时发展的进化线。

https://nextstrain.org/ncov?c=country&l=unrooted

从2019年12月3日到2020年2月26日,主要样本来自以中国为主的亚洲地区(蓝紫色圆点
),从2020年2月26日到三月11日。测序样本主要来自欧洲(黄绿色)和北美(红色)
。蓝紫色点形成上中下分布的三个集群。中间数量最多。黄绿色点形成右侧上下两群分
布,以上部数量较多。红点集中分布于右侧上方,右侧中部和下部有少量散在分布。

水平线相连色点表明左侧病毒是右侧病毒的祖先。图中只有很少不同色点的水平直线连
接。绝对多数的情况都是相同色点的水平连接。表明只有极少的红色样本来自蓝紫或者
黄绿,同样也只有极少的蓝紫样本来自红色样本或者黄绿样本。

人们最关心的问题是有没有找到作为所有新冠病毒祖先的“根”。从图示可见所有连接
颜色样本点的水平连线在不同位置与垂直连线相交,最后汇集到图像最左侧的一条垂线
。也就是说理论上它必然来自同一个来源。而且这个来源理论上还可以通过水平线向左
侧与更早的起源相连。但是,理论上假设的这个来源并没有显示任何实际样本测序证明
它的物理存在。最左侧的垂直线上没有任何代表样本基因组的色点。这种情况被称为“
任意根”(arbitrary root)。如果从任何一个红点出发(美国样本)向左侧寻找水平
连接,最多情况下它的左侧还是红点。与最左侧的红点相连的就是所有色点的共同祖先
arbitrary root。蓝紫点,黄绿点的情况同样如此。

目前生成的新冠病毒进化树表明亚洲,欧洲,美洲的新冠病毒是独立发生的。并没有发
现一个可以作为美国新冠病毒祖先的中国新冠病毒,同样,也没有发现一个可以作为欧
洲病毒祖先的中国新冠病毒。作为美国病毒祖先的欧洲病毒同样也不存在。

一个明显的缺陷是人们无法得到1月15日之前的美国新冠病毒和欧洲新冠病毒。所以无
法知道在这个时间点之前美国和欧洲的新冠病毒与中国新冠病毒是非存在联系。

以目前的科学证据,如果新冠病毒是自然发生的,更大可能是在多中心同时或者先后发
生。任何将病毒起源政治化的做法都是没有科学依据的,对人类的和平进步没有任何正
能量推动作用。



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※ 修改:·nile 於 Mar 26 07:18:06 2020 修改本文·[FROM: 66.]
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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 25 21:44:56 2020, 美东)

GISAID新冠进化树






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※ 修改:·nile 於 Mar 25 21:45:57 2020 修改本文·[FROM: 2601:183:c900:23]
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stemcell1
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发信人: stemcell1 (stemcell), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 02:48:27 2020, 美东)

厉害,贴图看不到。能否再贴一下
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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 06:40:44 2020, 美东)

你可以通过下面这个链接访问看到所有图。有长方图圆形图发散图。

https://nextstrain.org/ncov?c=country&l=unrooted

【 在 stemcell1 (stemcell) 的大作中提到: 】
: 厉害,贴图看不到。能否再贴一下



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发信人: wsmj2 (majia), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 11:12:40 2020, 美东)

中国一共提供了225个数据,美国数据在不断增加,现在421个。
武汉公开的病人数目是5万,才28个数据。
上海病人数目400左右,95个数据。

这里面的原因还用说吗?
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wsmj2
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发信人: wsmj2 (majia), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 11:14:42 2020, 美东)

你要是单看武汉和上海的数据,上海的基因型多样性要远高于武汉。
是不是说病毒发源于上海? 28比95,怎么比?
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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 13:37:30 2020, 美东)

我只能根据公开数据讨论问题。

病例多少的问题本文没有相关论据。无法作出正确判断。

【 在 wsmj2 (majia) 的大作中提到: 】
: 你要是单看武汉和上海的数据,上海的基因型多样性要远高于武汉。
: 是不是说病毒发源于上海? 28比95,怎么比?



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发信人: wsmj2 (majia), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 14:08:00 2020, 美东)

什么叫没有相关论据? 武汉28, 全湖北除武汉外只有一个数据。中国225, 美国421
, 这些都在nextstrain上清清楚楚的写着。 上海和武汉看起来都是多中心发生的。想
从28个数据里面找所谓祖先的可能性有多大?

在我看来不提武汉仅有28个数据的,所谓数据分析,都是耍流氓。

【 在 nile (nile) 的大作中提到: 】
: 我只能根据公开数据讨论问题。
: 病例多少的问题本文没有相关论据。无法作出正确判断。



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TSG
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发信人: TSG (Now we are one!), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 14:20:14 2020, 美东)

中国注意不是武汉2月一号以后不允许随便发表有基因序列的新冠病毒序列,你去问问
复旦,华大里的人谁都知道阿


【 在 wsmj2 (majia) 的大作中提到: 】
: 什么叫没有相关论据? 武汉28, 全湖北除武汉外只有一个数据。中国225, 美国
421
: , 这些都在nextstrain上清清楚楚的写着。 上海和武汉看起来都是多中心发生的。想
: 从28个数据里面找所谓祖先的可能性有多大?
: 在我看来不提武汉仅有28个数据的,所谓数据分析,都是耍流氓。



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发信人: wsmj2 (majia), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 14:29:02 2020, 美东)

谢谢你的信息。所以谁是流氓,谁自己是知道的。
【 在 TSG (Now we are one!) 的大作中提到: 】
: 中国注意不是武汉2月一号以后不允许随便发表有基因序列的新冠病毒序列,你去问问
: 复旦,华大里的人谁都知道阿
: 421



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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 17:50:18 2020, 美东)

本文讨论新冠病毒起源是一个还是多个的问题。不涉及谁是流氓。

【 在 wsmj2 (majia) 的大作中提到: 】
: 谢谢你的信息。所以谁是流氓,谁自己是知道的。



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发信人: wsmj2 (majia), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 18:47:21 2020, 美东)

你要想讨论科学,必须有全面的数据。起码比较全面。现在有人耍流氓,让人拿不到全
面数据。一个科学数据分析,如果不去考虑为什么数据不全,数据不全对最后结果的影
响,还有必要分析吗?
【 在 nile (nile) 的大作中提到: 】
: 本文讨论新冠病毒起源是一个还是多个的问题。不涉及谁是流氓。



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telo
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发信人: telo (telo), 信区: Biology
标  题: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 19:19:40 2020, 美东)

就怕有文化的流氓
科研人员听从党领导 已停止上传序列 海鲜市场已清洗干净 怎么着


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※ 修改:·telo 於 Mar 26 19:20:26 2020 修改本文·[FROM: 98.]
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mousemice2
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发信人: mousemice2 (micemouse2), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 19:38:51 2020, 美东)

暂时看不出你的意图,我只告诉你封城后所有样品根本运不出来,武汉当地大学的学生
根本不能进校。我的实验室不在武汉,都没有学生,教育部管的非常严格。

只有极个别做疫苗、药物等新冠相关的课题组会允许两三个学生回实验室。



【 在 wsmj2 (majia) 的大作中提到: 】
: 什么叫没有相关论据? 武汉28, 全湖北除武汉外只有一个数据。中国225, 美国
421
: , 这些都在nextstrain上清清楚楚的写着。 上海和武汉看起来都是多中心发生的。想
: 从28个数据里面找所谓祖先的可能性有多大?
: 在我看来不提武汉仅有28个数据的,所谓数据分析,都是耍流氓。



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nile
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 19:57:51 2020, 美东)

你可以抗议GISAID,不要向我要什么数据。我只解读GISAID的进化树。连数据都不看。

【 在 wsmj2 (majia) 的大作中提到: 】
: 你要想讨论科学,必须有全面的数据。起码比较全面。现在有人耍流氓,让人拿不到全
: 面数据。一个科学数据分析,如果不去考虑为什么数据不全,数据不全对最后结果的影
: 响,还有必要分析吗?



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stemcell1
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发信人: stemcell1 (stemcell), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 20:15:48 2020, 美东)

睁开你的xx,看看这篇nature是什么时候发的。其他杂志的文章也有不少,没时间给你
找。有兴趣自己去看,xx,xxx。

知道x代表的意思吗?xxx


【 在 TSG (Now we are one!) 的大作中提到: 】
: 中国注意不是武汉2月一号以后不允许随便发表有基因序列的新冠病毒序列,你去问问
: 复旦,华大里的人谁都知道阿
: 421



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发信人: stemcell1 (stemcell), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 20:16:33 2020, 美东)

同上回复,xxx
【 在 TSG (Now we are one!) 的大作中提到: 】
: 中国注意不是武汉2月一号以后不允许随便发表有基因序列的新冠病毒序列,你去问问
: 复旦,华大里的人谁都知道阿
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发信人: nile (nile), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 20:21:20 2020, 美东)

很好奇问一句。科研人员听党话。你是听到党的话还是听到科研人员转述党的话,或者
是你创作的小说。不管是什么,我也想听听。

【 在 telo (telo) 的大作中提到: 】
: 就怕有文化的流氓
: 科研人员听从党领导 已停止上传序列 海鲜市场已清洗干净 怎么着



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发信人: TSG (Now we are one!), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 20:50:28 2020, 美东)

楼上两位是从军办流窜到生版的吧,知道投文章和发文章的区别吗,就是石老师实验室
2月一号以后流感数据都是严格控制不让出来的,这片大名鼎鼎的nature几号投的你们
不知道?懒得自己动手查一下不行吗,我也是闲的

再说一遍,国内2月一号所有新冠测序数据都是严控的,就那几个实验室华大,无毒,
博奥,复旦,问下就知道了


【 在 stemcell1 (stemcell) 的大作中提到: 】
: 同上回复,xxx



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发信人: stemcell1 (stemcell), 信区: Biology
标  题: Re: GISAID 进化树证明新冠病毒起源
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Mar 26 23:30:52 2020, 美东)

你的脸我再打一次,看看这个数据库最新的测序数据是什么时候上传的,3月19号或者3
月20号。

还有不少是在2月1号后上传的,你给解释一下,xxx,xx
【 在 TSG (Now we are one!) 的大作中提到: 】
: 楼上两位是从军办流窜到生版的吧,知道投文章和发文章的区别吗,就是石老师实验室
: 2月一号以后流感数据都是严格控制不让出来的,这片大名鼎鼎的nature几号投的你们
: 不知道?懒得自己动手查一下不行吗,我也是闲的
: 再说一遍,国内2月一号所有新冠测序数据都是严控的,就那几个实验室华大,无毒,
: 博奥,复旦,问下就知道了



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