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忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
[版面:生物学][首篇作者:zhangloux] , 2018年04月16日06:42:46 ,5611次阅读,30次回复
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zhangloux
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发信人: zhangloux (trre), 信区: Biology
标  题: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 06:42:46 2018, 美东)

别人想跳出生物,我是自愿跳入。

今天在读近期Cell 上的一篇tcga 文章。文章提到Hippo pathway 并给出
Pahtwaymapper 网站,结果发现那里的Hippo pathway 压根就不是文章中提到的。
这就是生物学家的态度呀?Cell 不是第一期刊吗?


从去年开始看Cancer 的文章,以前陆陆续续的看了一些有关信号转导的文章。
我发现这行里的生物学家跟本没有想把问题搞清楚。这是我观察的几个现象:

1。一个信号通道有的文章画的很复杂,有的文章就几个蛋白,几个link。 有没有标准?

2。TP53 很重要,那么为什么PUBpeer 上还有几百篇有关TP53(p53) 文章备受质疑而
没有出来澄清?

3。虽然生物是很复杂,那么在一个综述文章里告诉那个是定理,那个是假设, 那个结
论是错的,不更好吗? 难道没有顶天立地的大牛敢作这个?

4。一个基因/蛋白几个名字。这个由于历史原因可以理解。现在大部分model 物种已经
测序,统一名字不更好吗? 为什么生物学家不做这个?

5。 一个数学博士在5年学习期间只能发1,2 个论文即可。一个一流数学家叫望月新一
。 几年前声称解决了ABC猜想。 3,4年已过,没人读懂就是不能正式发表/

为啥生物学家急吼吼的发表错的东西。为什么不向数学家学习?
凭什么生物学方面的学生要发那么个多才有工作?
这不是给造垃圾文章的提供不良环境吗?






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※ 修改:·zhangloux 於 Apr 16 06:43:41 2018 修改本文·[FROM: 137.]
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Tianzi
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发信人: Tianzi (偷月亮的人), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 07:25:24 2018, 美东)

欢迎跳进生物坑。
【 在 zhangloux (trre) 的大作中提到: 】
: 别人想跳出生物,我是自愿跳入。
: 今天在读近期Cell 上的一篇tcga 文章。文章提到Hippo pathway 并给出
: Pahtwaymapper 网站,结果发现那里的Hippo pathway 压根就不是文章中提到的。
: 这就是生物学家的态度呀?Cell 不是第一期刊吗?
: 从去年开始看Cancer 的文章,以前陆陆续续的看了一些有关信号转导的文章。
: 我发现这行里的生物学家跟本没有想把问题搞清楚。这是我观察的几个现象:
: 1。一个信号通道有的文章画的很复杂,有的文章就几个蛋白,几个link。 有没有标
准?
: 2。TP53 很重要,那么为什么PUBpeer 上还有几百篇有关TP53(p53) 文章备受质疑而
: 没有出来澄清?
: 3。虽然生物是很复杂,那么在一个综述文章里告诉那个是定理,那个是假设, 那个结
: ...................



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knmzb
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发信人: knmzb (knmzb), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 08:43:04 2018, 美东)

因为没人能行,大家只能这么干了,不然你来试试,保证你诺奖拿到手软

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☆ 发自 iPhone 买买提 1.24.07
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SpringIsGone
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发信人: SpringIsGone (DogFish), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 11:30:32 2018, 美东)

想做癌症就要接受现实,现实很残酷。大部分故事都是骗人的。受不了了就跳出去。
我们现在跟一个大牛合作,筛选激酶抑制剂。我做的这个以前有几篇报道,最好的发在
nature大子刊上。我接手以后发现文章报道的肿瘤细胞根本不表达这个蛋白,抗体是不
特异的。找不到肿瘤表达此蛋白,但工作仍在继续,文章可能发表在NCS子刊。抑制剂
也不特异,失掉功能集团的抑制剂仍然有效果。我把我发现的都告诉老板了,老板视而
不见,该干嘛还干嘛。这个圈子的人是没有底线的。

【 在 zhangloux (trre) 的大作中提到: 】
: 别人想跳出生物,我是自愿跳入。
: 今天在读近期Cell 上的一篇tcga 文章。文章提到Hippo pathway 并给出
: Pahtwaymapper 网站,结果发现那里的Hippo pathway 压根就不是文章中提到的。
: 这就是生物学家的态度呀?Cell 不是第一期刊吗?
: 从去年开始看Cancer 的文章,以前陆陆续续的看了一些有关信号转导的文章。
: 我发现这行里的生物学家跟本没有想把问题搞清楚。这是我观察的几个现象:
: 1。一个信号通道有的文章画的很复杂,有的文章就几个蛋白,几个link。 有没有标
准?
: 2。TP53 很重要,那么为什么PUBpeer 上还有几百篇有关TP53(p53) 文章备受质疑而
: 没有出来澄清?
: 3。虽然生物是很复杂,那么在一个综述文章里告诉那个是定理,那个是假设, 那个结
: ...................



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benewang
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发信人: benewang (), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 14:55:59 2018, 美东)

  哈哈哈,生物传导这个烂坑,二十年前是个富矿,现在都是矿渣。

信号传导就是做分钟Western, 常规抗体早就把能做的做完了,现在都是磷酸化、乙酰
化什么的乱七八糟抗体了

P53 是所有做信号转导的人的噩梦,本身极低含量,数不清的上游通路都会影响这个蛋
白的丰度,做P53的 western,做一次一个结果,你都根本不可能知道是什么原因。你
实验室本科生这周多开了两次培养箱的门都有可能让你的P53 western结果不一样
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Liber8
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发信人: Liber8 (Space-Time continuum), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Mon Apr 16 20:44:07 2018, 美东)

盲人摸象 复杂网络
【 在 benewang () 的大作中提到: 】
:   哈哈哈,生物传导这个烂坑,二十年前是个富矿,现在都是矿渣。
: 信号传导就是做分钟Western, 常规抗体早就把能做的做完了,现在都是磷酸化、乙酰
: 化什么的乱七八糟抗体了
: P53 是所有做信号转导的人的噩梦,本身极低含量,数不清的上游通路都会影响这个蛋
: 白的丰度,做P53的 western,做一次一个结果,你都根本不可能知道是什么原因。你
: 实验室本科生这周多开了两次培养箱的门都有可能让你的P53 western结果不一样



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zhangloux
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发信人: zhangloux (trre), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 17 12:01:57 2018, 美东)

从外行的角度来看, 这方面的生物学家都不是在共同基础上对话, 各说各的。
另外, 编故事不是不可以, 但你要告诉别人这是假设, 或者是理论。
物理上, 好多是在假设上讨论。 提出假设, 猜想在数学上也可能有不平凡的贡献。

此外, 一篇文章连大牛都没法拍胸脯是对是错也是一个奇怪的现像。 这是癌症研究不
容易check的原因



【 在 SpringIsGone (DogFish) 的大作中提到: 】
: 想做癌症就要接受现实,现实很残酷。大部分故事都是骗人的。受不了了就跳出去。
: 我们现在跟一个大牛合作,筛选激酶抑制剂。我做的这个以前有几篇报道,最好的发在
: nature大子刊上。我接手以后发现文章报道的肿瘤细胞根本不表达这个蛋白,抗体是不
: 特异的。找不到肿瘤表达此蛋白,但工作仍在继续,文章可能发表在NCS子刊。抑制剂
: 也不特异,失掉功能集团的抑制剂仍然有效果。我把我发现的都告诉老板了,老板视而
: 不见,该干嘛还干嘛。这个圈子的人是没有底线的。
: 准?



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Sp2018
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发信人: Sp2018 (为什么我这么多不懂), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Apr 17 18:53:40 2018, 美东)

理解。
【 在 SpringIsGone (DogFish) 的大作中提到: 】
: 想做癌症就要接受现实,现实很残酷。大部分故事都是骗人的。受不了了就跳出去。
: 我们现在跟一个大牛合作,筛选激酶抑制剂。我做的这个以前有几篇报道,最好的发在
: nature大子刊上。我接手以后发现文章报道的肿瘤细胞根本不表达这个蛋白,抗体是不
: 特异的。找不到肿瘤表达此蛋白,但工作仍在继续,文章可能发表在NCS子刊。抑制剂
: 也不特异,失掉功能集团的抑制剂仍然有效果。我把我发现的都告诉老板了,老板视而
: 不见,该干嘛还干嘛。这个圈子的人是没有底线的。
: 准?



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PBSNPR
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发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 18 10:01:12 2018, 美东)

测不准理论


【 在 benewang () 的大作中提到: 】
:   哈哈哈,生物传导这个烂坑,二十年前是个富矿,现在都是矿渣。
: 信号传导就是做分钟Western, 常规抗体早就把能做的做完了,现在都是磷酸化、乙酰
: 化什么的乱七八糟抗体了
: P53 是所有做信号转导的人的噩梦,本身极低含量,数不清的上游通路都会影响这个蛋
: 白的丰度,做P53的 western,做一次一个结果,你都根本不可能知道是什么原因。你
: 实验室本科生这周多开了两次培养箱的门都有可能让你的P53 western结果不一样



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CornucopiaX
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发信人: CornucopiaX (VE  RI  TAS), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 18 14:49:23 2018, 美东)

做学问是很奢侈的。。。。
希望能有体制,让人既可以谋生,也可以进行这个奢侈的活动。。。。

【 在 benewang () 的大作中提到: 】
:   哈哈哈,生物传导这个烂坑,二十年前是个富矿,现在都是矿渣。
: 信号传导就是做分钟Western, 常规抗体早就把能做的做完了,现在都是磷酸化、乙酰
: 化什么的乱七八糟抗体了
: P53 是所有做信号转导的人的噩梦,本身极低含量,数不清的上游通路都会影响这个蛋
: 白的丰度,做P53的 western,做一次一个结果,你都根本不可能知道是什么原因。你
: 实验室本科生这周多开了两次培养箱的门都有可能让你的P53 western结果不一样



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PBSNPR
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发信人: PBSNPR (大刀王五), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Apr 18 16:02:37 2018, 美东)

少招生即可。


【 在 CornucopiaX (VE  RI  TAS) 的大作中提到: 】
: 做学问是很奢侈的。。。。
: 希望能有体制,让人既可以谋生,也可以进行这个奢侈的活动。。。。



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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 01:25:23 2018, 美东)

版上有人在癌症信号转导这个烂坑里的吗
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xiao86
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发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 08:27:36 2018, 美东)

应该是主力吧

信号转导不是细胞生物学里的主力分支吗?

癌症不是生物力的主力分支吗?


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 版上有人在癌症信号转导这个烂坑里的吗



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SpringIsGone
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发信人: SpringIsGone (DogFish), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 16:31:21 2018, 美东)

做癌症的主要就是做信号转导,说白了就是编故事。最终结果没人关心。

【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 版上有人在癌症信号转导这个烂坑里的吗



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askquestion
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发信人: askquestion (ask), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 20:47:21 2018, 美东)

去药厂工作吧,起码data不会造假
【 在 zhangloux (trre) 的大作中提到: 】
: 别人想跳出生物,我是自愿跳入。
: 今天在读近期Cell 上的一篇tcga 文章。文章提到Hippo pathway 并给出
: Pahtwaymapper 网站,结果发现那里的Hippo pathway 压根就不是文章中提到的。
: 这就是生物学家的态度呀?Cell 不是第一期刊吗?
: 从去年开始看Cancer 的文章,以前陆陆续续的看了一些有关信号转导的文章。
: 我发现这行里的生物学家跟本没有想把问题搞清楚。这是我观察的几个现象:
: 1。一个信号通道有的文章画的很复杂,有的文章就几个蛋白,几个link。 有没有标
准?
: 2。TP53 很重要,那么为什么PUBpeer 上还有几百篇有关TP53(p53) 文章备受质疑而
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 22:17:45 2018, 美东)

隔壁系有个朋友p53做的骂娘,我看着都心疼,五年千老了

【 在 xiao86 (xiao86) 的大作中提到: 】
: 应该是主力吧
: 信号转导不是细胞生物学里的主力分支吗?
: 癌症不是生物力的主力分支吗?



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dimorphism
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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 22:20:46 2018, 美东)

这个东西必须往系统方向上发展了,比如和network theory的人合作好好设计实验做
sensitivity analysis。

召唤xiao86童鞋评论下

【 在 SpringIsGone (DogFish) 的大作中提到: 】
: 做癌症的主要就是做信号转导,说白了就是编故事。最终结果没人关心。



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发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 22:48:44 2018, 美东)

癌症这东西太复杂。而且每种癌症都有自己的鲜明特点、相互都不一样。

去年华大基因大规模的测量多种癌症的序列,发现突变基本上是随机的,没有规律可言
。平均一个癌细胞上百个突变。这些突变中的子集决定了癌细胞在遗传上和正常细胞不
同,生长不受控制,行为也变得乖张。

从癌细胞凌乱、无规律的突变来看,我觉得与其去研究癌症本身的机制,还不如把有限
的资源用来

1. 研究早期诊断癌症的方法
2. 研究如何对免疫系统进行精确和有效的控制,加强免疫系统对癌症组织细胞的清楚。


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 这个东西必须往系统方向上发展了,比如和network theory的人合作好好设计实验做
: sensitivity analysis。
: 召唤xiao86童鞋评论下



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发信人: dimorphism (雷小阿伦), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Thu Apr 19 23:41:37 2018, 美东)

我是来扯淡的你又正儿八经回一大堆,搞得我都不知道怎么回

【 在 xiao86 (xiao86) 的大作中提到: 】
: 癌症这东西太复杂。而且每种癌症都有自己的鲜明特点、相互都不一样。
: 去年华大基因大规模的测量多种癌症的序列,发现突变基本上是随机的,没有规律可言
: 。平均一个癌细胞上百个突变。这些突变中的子集决定了癌细胞在遗传上和正常细胞不
: 同,生长不受控制,行为也变得乖张。
: 从癌细胞凌乱、无规律的突变来看,我觉得与其去研究癌症本身的机制,还不如把有限
: 的资源用来
: 1. 研究早期诊断癌症的方法
: 2. 研究如何对免疫系统进行精确和有效的控制,加强免疫系统对癌症组织细胞的清
楚。



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xiao86
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发信人: xiao86 (xiao86), 信区: Biology
标  题: Re: 忍无可忍,上来抱怨以下信号转导和癌症的研究
发信站: BBS 未名空间站 (Fri Apr 20 09:33:24 2018, 美东)

我在业务版还是尽量保持专业一点。在菌斑尽扯淡了


【 在 dimorphism (雷小阿伦) 的大作中提到: 】
: 我是来扯淡的你又正儿八经回一大堆,搞得我都不知道怎么回
: 楚。



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