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Heng Li长得就像个天才码农啊
[版面:生物学][首篇作者:jiaxiaofang] , 2017年03月21日09:18:17 ,15008次阅读,65次回复
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jiaxiaofang
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发信人: jiaxiaofang (), 信区: Biology
标  题: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 09:18:17 2017, 美东)


http://www.edubilla.com/award/benjamin-franklin-award/heng-li/
http://lh3lh3.users.sourceforge.net

真的牛人。为什么在Broad Institute还只是research scientist(千老?),不是PI?
反之很多垃圾人当上了PI,狗p不通,还趾高气扬,比如本版的仇子龙、soldiera、
WuforAVSD;
而Heng Li这样的真正的牛人只能当千老。这世道,真是笑贫不笑娼的时代啊。


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mitbbsrobot
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发信人: mitbbsrobot (机器人), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 11:55:12 2017, 美东)

说点个人看法,
Heng Li的成就,不足以找到非常top的学校做faculty,可能差一些的他又不想去。也
可能各种funding压力比较大,外加在broad 过的也很开心一样
Li Heng的东西属于需求驱动型的,换谁都能开发出来,技术难度并不高。具体说,当
年short sequence 测序发明出来之后,对每一个short sequence的mapping准确性要求
没有那么高的,但是对于mapping 每一个sequence的速度提高了很多,他刚好在这个关
口,写出来了BWA等程序,BWA的技术难度并不是非常高。
这个非常像比尔盖茨开发windows,从command line系统到图形界面系统,谁能赶上这
个趋势都能开发出来,盖茨只是那个时候的幸运儿拿到了IBM的订单。
不太一样的是Jobs,他的坚持的确把iPhone出现的时间提前了好几年,不然智能机大规
模普及还要差几年。
另一个不太一样的是谷歌,那个时候大家都知道从网上搜索信息是以后的大势所趋,并
且好几年的时间也都没人开发出来有效的算法来解决排序问题,Larry Page就解决了这
个问题。如果换做Li Heng的情况,就好比二代short seq 测序出来好几年了,始终没
有好的mapping的办法可以高效map,Li Heng提出了方法解决了这个问题
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lecroc2016
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发信人: lecroc2016 (lecroc), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 11:57:31 2017, 美东)

好像他最近几年发文不行,英语口语也一般,在美国找PI的位置有难度,被两个Broad
Institute的PI当技术员用。每个人都有优点,也有缺点。你真的了解仇子龙,
soldiera, WuforAVSD么?


【 在 jiaxiaofang () 的大作中提到: 】
: http://www.edubilla.com/award/benjamin-franklin-award/heng-li/
: http://lh3lh3.users.sourceforge.net
: 真的牛人。为什么在Broad Institute还只是research scientist(千老?),不是
PI?
: 反之很多垃圾人当上了PI,狗p不通,还趾高气扬,比如本版的仇子龙、soldiera、
: WuforAVSD;
: 而Heng Li这样的真正的牛人只能当千老。这世道,真是笑贫不笑娼的时代啊。



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profile
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发信人: profile (profile), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 12:42:19 2017, 美东)

说码农太低估了lh,他的物理数学背景远远超出你们的想象,他其实是个很纯粹的人,
有点像Yitang。唉,经常看着公司里那些拿着几十万工资只知道NGS这三个字就开始忽
悠然后满面风光的人,不得不说这个世界真的挺讽刺的。希望有一天lh再鸣惊人吧,
不管怎样,希望他好。

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※ 修改:·profile 於 Mar 21 12:44:38 2017 修改本文·[FROM: 64.]
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krzkrz
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发信人: krzkrz (krzkrz), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 12:48:39 2017, 美东)

三个字
不会吹
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Castiel
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发信人: Castiel (Cass), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 12:54:45 2017, 美东)

看下主页,应当是理想主义者。
现在是精致利己主义者的天下。

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※ 修改:·Castiel 於 Mar 21 12:54:57 2017 修改本文·[FROM: 141.]
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snowyday
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发信人: snowyday (买买提Fuckty), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 12:54:49 2017, 美东)


Liheng写的bwa系列的东西,别说普通马龙,就是高级马龙也未必写的出来。不是说这玩
意儿有多高深。关键是能把sequence序列那些需求和算法有机的结合。刷题马工就算了
,连需求都理解不透,弄出来的东西就像满地的生物软件一样,没法用。


【 在 mitbbsrobot (机器人) 的大作中提到: 】
: 说点个人看法,
: Heng Li的成就,不足以找到非常top的学校做faculty,可能差一些的他又不想去。也
: 可能各种funding压力比较大,外加在broad 过的也很开心一样
: Li Heng的东西属于需求驱动型的,换谁都能开发出来,技术难度并不高。具体说,当
: 年short sequence 测序发明出来之后,对每一个short sequence的mapping准确性要求
: 没有那么高的,但是对于mapping 每一个sequence的速度提高了很多,他刚好在这个关
: 口,写出来了BWA等程序,BWA的技术难度并不是非常高。
: 这个非常像比尔盖茨开发windows,从command line系统到图形界面系统,谁能赶上这
: 个趋势都能开发出来,盖茨只是那个时候的幸运儿拿到了IBM的订单。
: 不太一样的是Jobs,他的坚持的确把iPhone出现的时间提前了好几年,不然智能机大规
: ...................


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krzkrz
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发信人: krzkrz (krzkrz), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 14:19:37 2017, 美东)

不会吹牛拉关系

他的bwa-mem至今没有发表,只好放到xiv上,已经引用六百多次了
Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM
他自己写的可笑的review
https://sourceforge.net/p/bio-bwa/mailman/message/30894287/


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lecroc2016
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发信人: lecroc2016 (lecroc), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 15:58:22 2017, 美东)

言过其实了。你问问coding man会不会写。关键是没人愿意就为了文章免费coding。

【 在 snowyday (买买提Fuckty) 的大作中提到: 】
: Liheng写的bwa系列的东西,别说普通马龙,就是高级马龙也未必写的出来。不是说
这玩
: 意儿有多高深。关键是能把sequence序列那些需求和算法有机的结合。刷题马工就算了
: ,连需求都理解不透,弄出来的东西就像满地的生物软件一样,没法用。



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shakuras
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发信人: shakuras (doskey), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 16:00:17 2017, 美东)

偶像啊。

估计是不愿意烦心申请funding,比较enjoy干活,一旦做PI一般80%的时间就废掉了
吧。

Heng Li的影响还是远远超过一个BWA的,虽然这个就已经很夸张了。要知道GRCh38
很多序列也不过是Heng Li在N年前做的37的decoy序列。要知道SAM/BAM以及VCF这
种二代分析的标准格式都是那个小团队的(最近刚送给GA4GH). 可以这么说,他基本
上就是二代测序的幕后黑手了,就这两个标准格式,就极大的加速了几乎所有的NGS
应用开发
【 在 jiaxiaofang () 的大作中提到: 】
: http://www.edubilla.com/award/benjamin-franklin-award/heng-li/
: http://lh3lh3.users.sourceforge.net
: 真的牛人。为什么在Broad Institute还只是research scientist(千老?),不是
PI?
: 反之很多垃圾人当上了PI,狗p不通,还趾高气扬,比如本版的仇子龙、soldiera、
: WuforAVSD;
: 而Heng Li这样的真正的牛人只能当千老。这世道,真是笑贫不笑娼的时代啊。



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cellcreator
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发信人: cellcreator (cellcreator), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Tue Mar 21 18:13:37 2017, 美东)

在一次MSU NGS暑期课程上,Biostarts的Admin、PSU的PI,Istvan Albert,对mapping
god Li Heng公开表示了极大的钦佩。

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※ 修改:·cellcreator 於 Mar 21 18:14:01 2017 修改本文·[FROM: 2620:0000:0691:0]
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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:19:13 2017, 美东)

你就是生物版的laoselang
专门来搞笑的
【 在 mitbbsrobot (机器人) 的大作中提到: 】
: Li Heng的东西属于需求驱动型的,换谁都能开发出来,技术难度并不高。



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caudillo
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发信人: caudillo (而尔), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:24:59 2017, 美东)

真是二代测序的神
基本上几个数据处理的国标都绕不开他
如果当初要求点商业提成现在估计都够经费自己建一个broad了

【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 偶像啊。
: 估计是不愿意烦心申请funding,比较enjoy干活,一旦做PI一般80%的时间就废掉了
: 吧。
: Heng Li的影响还是远远超过一个BWA的,虽然这个就已经很夸张了。要知道GRCh38
: 很多序列也不过是Heng Li在N年前做的37的decoy序列。要知道SAM/BAM以及VCF这
: 种二代分析的标准格式都是那个小团队的(最近刚送给GA4GH). 可以这么说,他基本
: 上就是二代测序的幕后黑手了,就这两个标准格式,就极大的加速了几乎所有的NGS
: 应用开发
: PI?



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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:25:05 2017, 美东)

这个我看过,学术界最黑的就是通过匿名review恶意打压竞争对手
不过到他那个级别的也不在意发在哪里了
引用率说明一切

我最近的文章也是被一贱人装傻恶意拖着
他一个人导致的工作量是其他几个reviewer加起来的3倍
二审三审又车轱辘装傻反复纠缠一些细节

还好这些废话给我们提供了足够的data
然后通过我们的RIP系统(reviewer inference procedure)
找到了这个贱人是上海某校的
以后有他好看
【 在 krzkrz (krzkrz) 的大作中提到: 】
: 不会吹牛拉关系
: 他的bwa-mem至今没有发表,只好放到xiv上,已经引用六百多次了
: Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM
: 他自己写的可笑的review
: https://sourceforge.net/p/bio-bwa/mailman/message/30894287/



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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:29:03 2017, 美东)

SAM/BAM就是二代测序的实际标准
现在有些reads data都用BAM了,因为可以加注释

做标准比做产品难多了
Li Heng说过,最难的就是取舍
功能多了太复杂,一般人用不上那么多功能,就不愿意用
太少了又会限制应用的场景

而且这东西得有前瞻性
不能过两年不行了必须搞个不兼容的新格式
那样没人跟你玩的
【 在 shakuras (doskey) 的大作中提到: 】
: 偶像啊。
: 估计是不愿意烦心申请funding,比较enjoy干活,一旦做PI一般80%的时间就废掉了
: 吧。
: Heng Li的影响还是远远超过一个BWA的,虽然这个就已经很夸张了。要知道GRCh38
: 很多序列也不过是Heng Li在N年前做的37的decoy序列。要知道SAM/BAM以及VCF这
: 种二代分析的标准格式都是那个小团队的(最近刚送给GA4GH). 可以这么说,他基本
: 上就是二代测序的幕后黑手了,就这两个标准格式,就极大的加速了几乎所有的NGS
: 应用开发
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mitbbsrobot
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发信人: mitbbsrobot (机器人), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:30:47 2017, 美东)

所以问题就在这里,这个技术不难,只是他赶上了而已,当然能赶上这波热潮就是本事
,没有贬低他的意思。但是这种技术,只要有需求就能开发出来,就看需求是否够大(
¥¥¥的数量)
【 在 nowhere7 (折腾) 的大作中提到: 】
: SAM/BAM就是二代测序的实际标准
: 现在有些reads data都用BAM了,因为可以加注释
: 做标准比做产品难多了
: Li Heng说过,最难的就是取舍
: 功能多了太复杂,一般人用不上那么多功能,就不愿意用
: 太少了又会限制应用的场景
: 而且这东西得有前瞻性
: 不能过两年不行了必须搞个不兼容的新格式
: 那样没人跟你玩的




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※ 修改:·mitbbsrobot 於 Mar 22 00:31:47 2017 修改本文·[FROM: 65.]
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nowhere7
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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:37:33 2017, 美东)

抱歉,我觉得把你放那里你也设计不出来
【 在 mitbbsrobot (机器人) 的大作中提到: 】
: 所以问题就在这里,这个技术不难,只是他赶上了而已,当然能赶上这波热潮就是本事
: ,没有贬低他的意思。但是这种技术,只要有需求就能开发出来,就看需求是否够大(
: ¥¥¥的数量)



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mitbbsrobot
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发信人: mitbbsrobot (机器人), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:44:19 2017, 美东)

你哑口无言了就开始人身攻击。楼上有人提过,这种东西没有持续的经济刺激,其实安
心去思考的人不多。还有什么专利之类的,都是扯淡了
【 在 nowhere7 (折腾) 的大作中提到: 】
: 抱歉,我觉得把你放那里你也设计不出来



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发信人: nowhere7 (折腾), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 00:49:22 2017, 美东)

说你能力不如别人不叫人身攻击
其实就是把10个你那里并行处理也做不出来

你自己不承认我也没啥要哑口无言的
达克效应的例子我见过很多
【 在 mitbbsrobot (机器人) 的大作中提到: 】
: 你哑口无言了就开始人身攻击。楼上有人提过,这种东西没有持续的经济刺激,其实安
: 心去思考的人不多。还有什么专利之类的,都是扯淡了



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jiaxiaofang
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发信人: jiaxiaofang (), 信区: Biology
标  题: Re: Heng Li长得就像个天才码农啊
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Mar 22 04:11:52 2017, 美东)

但是如果他当初要钱,肯定有人开发其它免费的了吧
就像Matlab虽然好用,生信都用R,因为平台免费

【在caudillo(而尔)的大作中提到:】
: 真是二代测序的神
:基本上几个数据处理的国标都绕不开他
:如果当初要求点商业提成现在估计都够经费自己建一个
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