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[合集] Is neural plasticity first proposed by D.O. Hebb ?
[版面:生物学][首篇作者:demoner] , 2009年01月21日00:12:51 ,180次阅读,0次回复
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发信人: demoner (大海的另一边是另一个世界), 信区: Biology
标  题: [合集] Is neural plasticity first proposed by D.O. Hebb ?
发信站: BBS 未名空间站 (Wed Jan 21 00:12:51 2009), 站内

☆─────────────────────────────────────☆
  annieyzyz (annie) 于 (Thu Jan  8 18:42:45 2009) 提到:

I mean, the activity dependent-enhancement of neural networking gives rise
to memory and higher perception, was first said by that poor canadian guy ?

Are you guys still working on it 60 years later ?

what progress have you guys made in 60 years ?



☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 18:47:26 2009) 提到:

hehe 反粒子的存在起八十年前迪拉克就propose了 到现在造出反物质飞船了没?连
自然存在的反粒子都没找到吧?理论和实际的差距可能就这么大,更别说Hebb那个
连理论都谈不上的猜测了


【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
: I mean, the activity dependent-enhancement of neural networking gives rise
: to memory and higher perception, was first said by that poor canadian guy ?
: Are you guys still working on it 60 years later ?
: what progress have you guys made in 60 years ?





☆─────────────────────────────────────☆
  annieyzyz (annie) 于 (Thu Jan  8 18:49:58 2009) 提到:

J Neurosci. 1984 May;4(5):1217-24.

A test of Hebb's postulate at identified synapses which mediate classical
conditioning in Aplysia.

Carew TJ, Hawkins RD, Abrams TW, Kandel ER.



In 1949, D. O. Hebb proposed a novel mechanism for producing changes in the
strength of synapses that could account for associative learning. According
to Hebb , the strength of a synapse might increase when the use of that
synapse contributes to the generation of action potentials in a postsynaptic
neuron. Thus, an essential feature of this postulate is that action
potentials must occur in both a postsynaptic cell and a presynaptic cell for
associative synaptic changes to occur. We have directly tested Hebb 's
postulate in Aplysia at identified synapses which are known to exhibit a
temporally specific increase in efficacy during a cellular analogue of
differential conditioning. We find that the mechanism postulated by Hebb is
neither necessary nor sufficient to produce the associative change in
synaptic strength that underlies conditioning in Aplysia. In contrast,
impulse activity in the presynaptic cell must be paired with facilitatory
input, supporting the hypothesis that the temporal specificity of classical
conditioning in Aplysia can be accounted for by activity-dependent
amplification of presynaptic facilitation.





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 18:53:06 2009) 提到:

你到底要说明啥呀 hehe 要是找hebbian's role的第一个证据 感觉应该至少是PTP
吧?比这个早得多了 不是做这个的 等专家好了


【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
:  J Neurosci. 1984 May;4(5):1217-24.
: A test of Hebb's postulate at identified synapses which mediate classical
: conditioning in Aplysia.
: Carew TJ, Hawkins RD, Abrams TW, Kandel ER.
: In 1949, D. O. Hebb proposed a novel mechanism for producing changes in
the
: strength of synapses that could account for associative learning.
According
: to Hebb , the strength of a synapse might increase when the use of that
: synapse contributes to the generation of action potentials in a
postsynaptic
:  neuron. Thus, an essential feature of this postulate is that action
: potentials must occur in both a postsynaptic cell and a presynaptic cell
for
: ...................




☆─────────────────────────────────────☆
  annieyzyz (annie) 于 (Thu Jan  8 18:55:33 2009) 提到:

what progress? just curious.

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 你到底要说明啥呀 hehe 要是找hebbian's role的第一个证据 感觉应该至少是PTP
: 吧?比这个早得多了 不是做这个的 等专家好了
: the
: According
: postsynaptic
: for





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 19:02:00 2009) 提到:

progress啊 我用一个外行语言给你总结。当然至少我知道这个领域内问题很多 不
过下面这些至少是有solid basis的

1〉找到了一些induce hebbian plasticity的protocol 这样才能真正研究hebbian
role的物质基础 其中一些protocol很可能还有生理意义 比如说stdp (这个也许
内行有异议)

2〉 用这些protocol找到一些物质基础 不管是细胞学的(比如突触怎么随活性变化
怎么产生新突触 不用的怎么死掉之类) 还是分子生物学的(转录 翻译 蛋白转运
怎么参与,哪些蛋白质等等 太多了就不列举了) 或者是电生理的(电信号怎样引
发上述这些反应等等)

3〉 这些现象和物质基础怎么参与动物的各种活动 各种各样的学习paradigm啊 做
梦阿 等等等等


【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
: what progress? just curious.





☆─────────────────────────────────────☆
  ongoing (Up and Down) 于 (Thu Jan  8 19:15:11 2009) 提到:

another important note is that similar rules are found for different
synapses (from NMJ to corticortical connection) and species (from insect to
monkey).

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: progress啊 我用一个外行语言给你总结。当然至少我知道这个领域内问题很多 不
: 过下面这些至少是有solid basis的
: 1〉找到了一些induce hebbian plasticity的protocol 这样才能真正研究hebbian
:  role的物质基础 其中一些protocol很可能还有生理意义 比如说stdp (这个也许
: 内行有异议)
: 2〉 用这些protocol找到一些物质基础 不管是细胞学的(比如突触怎么随活性变化
:  怎么产生新突触 不用的怎么死掉之类) 还是分子生物学的(转录 翻译 蛋白转运
: 怎么参与,哪些蛋白质等等 太多了就不列举了) 或者是电生理的(电信号怎样引
: 发上述这些反应等等)
: 3〉 这些现象和物质基础怎么参与动物的各种活动 各种各样的学习paradigm啊 做
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  annieyzyz (annie) 于 (Thu Jan  8 19:20:55 2009) 提到:

我准备读一读老poo的这个review
-----------------------------------------------
Bi, G. & Poo, M. Synaptic modification by correlated
activity: Hebb's postulate revisited. Annu. Rev. Neurosci.
24, 139–166 (2001).


☆─────────────────────────────────────☆
  repast (xebec) 于 (Thu Jan  8 20:27:55 2009) 提到:

那你来搞个新的 annieyzyz postulation?

【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
: I mean, the activity dependent-enhancement of neural networking gives rise
: to memory and higher perception, was first said by that poor canadian guy ?
: Are you guys still working on it 60 years later ?
: what progress have you guys made in 60 years ?






☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Jan  8 22:56:27 2009) 提到:

Hebb的那本书叫most cited, but no one read it,
就差跟物种起源相提并论了,物种起源一版再版,hebb的那本书几乎就没怎么再版过。


【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
: I mean, the activity dependent-enhancement of neural networking gives rise
: to memory and higher perception, was first said by that poor canadian guy ?
: Are you guys still working on it 60 years later ?
: what progress have you guys made in 60 years ?







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  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:12:03 2009) 提到:

总结得挺好啊

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: progress啊 我用一个外行语言给你总结。当然至少我知道这个领域内问题很多 不
: 过下面这些至少是有solid basis的
: 1〉找到了一些induce hebbian plasticity的protocol 这样才能真正研究hebbian
:  role的物质基础 其中一些protocol很可能还有生理意义 比如说stdp (这个也许
: 内行有异议)
: 2〉 用这些protocol找到一些物质基础 不管是细胞学的(比如突触怎么随活性变化
:  怎么产生新突触 不用的怎么死掉之类) 还是分子生物学的(转录 翻译 蛋白转运
: 怎么参与,哪些蛋白质等等 太多了就不列举了) 或者是电生理的(电信号怎样引
: 发上述这些反应等等)
: 3〉 这些现象和物质基础怎么参与动物的各种活动 各种各样的学习paradigm啊 做
: ...................





☆─────────────────────────────────────☆
  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:15:41 2009) 提到:

老poo这一篇review 也可以看看

Spike Timing-Dependent Plasticity of Neural Circuits

Yang Dan and Mu-ming Poo


STDP is not exactly hebbian but it is quite related



【 在 annieyzyz (annie) 的大作中提到: 】
: 我准备读一读老poo的这个review
: -----------------------------------------------
: Bi, G. & Poo, M. Synaptic modification by correlated
: activity: Hebb's postulate revisited. Annu. Rev. Neurosci.
: 24, 139–166 (2001).





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 23:20:17 2009) 提到:

说到review 给我印象最深的倒是99年前后Josh Sanes和jeff litchman作为外行写
的那个小review 讨论到底有多少号称和ltp有关的gene真的是有关 那片review相当
程度颠覆了我对生物学的看法...


【 在 KeeVan (Kevin) 的大作中提到: 】
: 老poo这一篇review 也可以看看
: Spike Timing-Dependent Plasticity of Neural Circuits
: Yang Dan and Mu-ming Poo
: STDP is not exactly hebbian but it is quite related





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  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:24:27 2009) 提到:

pubmed 上搜 Sanes, litchman,查不到呀.

给个link?

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 说到review 给我印象最深的倒是99年前后Josh Sanes和jeff litchman作为外行写
: 的那个小review 讨论到底有多少号称和ltp有关的gene真的是有关 那片review相当
: 程度颠覆了我对生物学的看法...





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Jan  8 23:25:03 2009) 提到:

en, this is a good one


【 在 KeeVan (Kevin) 的大作中提到: 】
: 老poo这一篇review 也可以看看
: Spike Timing-Dependent Plasticity of Neural Circuits
: Yang Dan and Mu-ming Poo
: STDP is not exactly hebbian but it is quite related






☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 23:25:59 2009) 提到:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10404178?ordinalpos=8&itool=EntrezSys
tem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed
_RVDocSum


【 在 KeeVan (Kevin) 的大作中提到: 】
: pubmed 上搜 Sanes, litchman,查不到呀.
: 给个link?





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Jan  8 23:29:00 2009) 提到:

咋颠覆看法的,发现大牛都是带忽悠的?


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10404178?ordinalpos=8&itool=EntrezSys
: tem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed
: _RVDocSum






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  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 23:31:43 2009) 提到:

当时不是还不怎么懂science不是?03 04年看到这个review 第一感觉是生物想把两
个东西扯上联系太容易了 以至于不make sense;第二感觉是不完全了解发生什么事
情的时候扯分子机理没有用处 太容易被误导。这俩印象以至影响我到现在


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 咋颠覆看法的,发现大牛都是带忽悠的?





☆─────────────────────────────────────☆
  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:32:17 2009) 提到:

多谢~ 简单读了一下儿,感觉核心思想就是"太复杂啦"

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10404178?ordinalpos=8&itool=EntrezSys
: tem2.PEntrez.Pubmed.Pubmed_ResultsPanel.Pubmed_DefaultReportPanel.Pubmed
: _RVDocSum





☆─────────────────────────────────────☆
  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:33:00 2009) 提到:

i c

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 当时不是还不怎么懂science不是?03 04年看到这个review 第一感觉是生物想把两
: 个东西扯上联系太容易了 以至于不make sense;第二感觉是不完全了解发生什么事
: 情的时候扯分子机理没有用处 太容易被误导。这俩印象以至影响我到现在





☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Thu Jan  8 23:36:40 2009) 提到:

那现在你对生物或者说对science的看法呢?anything new to share?

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 当时不是还不怎么懂science不是?03 04年看到这个review 第一感觉是生物想把两
: 个东西扯上联系太容易了 以至于不make sense;第二感觉是不完全了解发生什么事
: 情的时候扯分子机理没有用处 太容易被误导。这俩印象以至影响我到现在





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Thu Jan  8 23:43:30 2009) 提到:

sanes 本身是geneticist, 所以喜欢狂找基因,不问过程。

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 当时不是还不怎么懂science不是?03 04年看到这个review 第一感觉是生物想把两
: 个东西扯上联系太容易了 以至于不make sense;第二感觉是不完全了解发生什么事
: 情的时候扯分子机理没有用处 太容易被误导。这俩印象以至影响我到现在






☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 23:48:54 2009) 提到:

找gene不是错啊 尤其是forward genetics

关键是不管有什么重要现象 一出来就总会有一票reverse geneticist出来把各种各
样的基因扯上关系 其实啥用也没有(因为他们既然来做reverse genetics 本身就
是打算证明什么 而不是证否什么 也谈不上新加入什么信息) LTP算是相当突出的
这么一个话题了 其实什么depression anxiety 什么fear conditioning之类的不都
这样么...


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: sanes 本身是geneticist, 所以喜欢狂找基因,不问过程。





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Thu Jan  8 23:50:06 2009) 提到:

这话题好大...没资格发言的说...hoho 不过现在做生物太郁闷 所以俺给自己的未
来规划是 最好做工具 至少有人用;否则 至少要做一个几乎找不到任何prior pub
lication的领域 这样至少不受垃圾data干扰...


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 那现在你对生物或者说对science的看法呢?anything new to share?





☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Thu Jan  8 23:55:15 2009) 提到:

赞你的雄心壮志。。。俺早两天和媳妇说,某领域不错啊,至今只有KUMC一个老头在作
,而且没啥水平,以后俺开实验室了估计能去掺和一把。
这几天发现被某人的paper忽悠了,作了几个月的无用功,然后准备继续往下作忽悠别
人去。真是档次高下立见啊,惭愧。
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 这话题好大...没资格发言的说...hoho 不过现在做生物太郁闷 所以俺给自己的未
: 来规划是 最好做工具 至少有人用;否则 至少要做一个几乎找不到任何prior pub
: lication的领域 这样至少不受垃圾data干扰...





☆─────────────────────────────────────☆
  KeeVan (Kevin) 于 (Thu Jan  8 23:59:20 2009) 提到:

你媳妇儿出的主意吧,哈哈

【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 赞你的雄心壮志。。。俺早两天和媳妇说,某领域不错啊,至今只有KUMC一个老头在作
: ,而且没啥水平,以后俺开实验室了估计能去掺和一把。
: 这几天发现被某人的paper忽悠了,作了几个月的无用功,然后准备继续往下作忽悠别
: 人去。真是档次高下立见啊,惭愧。





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:01:06 2009) 提到:

没有了 hehe 我说的是理想 你说得是现实么 这年头被忽悠或者忽悠人太正常了 俺
看果蝇线虫这种低等动物的paper如果试验结果不是差个3 4倍 或者raw data一眼就
觉得不一样 我是统统不信的 太容易被试验条件误导了

到了老鼠鱼什么的没办法 人家谁也做不到2倍 一般也只能将信将疑...


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 赞你的雄心壮志。。。俺早两天和媳妇说,某领域不错啊,至今只有KUMC一个老头在作
: ,而且没啥水平,以后俺开实验室了估计能去掺和一把。
: 这几天发现被某人的paper忽悠了,作了几个月的无用功,然后准备继续往下作忽悠别
: 人去。真是档次高下立见啊,惭愧。





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:01:34 2009) 提到:

你说得啥领域?拿出来分享把 hoho

【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 赞你的雄心壮志。。。俺早两天和媳妇说,某领域不错啊,至今只有KUMC一个老头在作
: ,而且没啥水平,以后俺开实验室了估计能去掺和一把。
: 这几天发现被某人的paper忽悠了,作了几个月的无用功,然后准备继续往下作忽悠别
: 人去。真是档次高下立见啊,惭愧。





☆─────────────────────────────────────☆
  cnyy (tea) 于 (Fri Jan  9 00:06:59 2009) 提到:

那你准备做哪方面的工具?
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 这话题好大...没资格发言的说...hoho 不过现在做生物太郁闷 所以俺给自己的未
: 来规划是 最好做工具 至少有人用;否则 至少要做一个几乎找不到任何prior pub
: lication的领域 这样至少不受垃圾data干扰...





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:15:40 2009) 提到:

这个不好说吧 哈哈

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 那你准备做哪方面的工具?





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:25:40 2009) 提到:

偶最近在狂design工具,但说无妨, drug inducible lentiviral system, tri-
cistron, cre-loxp dependent.
然后你就可以打一针lentivirus, 想silent 哪里的neuron silent哪里,想敲什么蛋白
敲什么蛋白,想怎么rescue怎么
rescue.
然后学习记忆认知social behavior etc, etc, etc,随便看。



【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 这个不好说吧 哈哈






☆─────────────────────────────────────☆
  cnyy (tea) 于 (Fri Jan  9 00:28:32 2009) 提到:

我kao,你这比一般的劝退贴感觉狠多了.
现在还有没有从来不忽悠的实验室的?
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 没有了 hehe 我说的是理想 你说得是现实么 这年头被忽悠或者忽悠人太正常了 俺
: 看果蝇线虫这种低等动物的paper如果试验结果不是差个3 4倍 或者raw data一眼就
: 觉得不一样 我是统统不信的 太容易被试验条件误导了
: 到了老鼠鱼什么的没办法 人家谁也做不到2倍 一般也只能将信将疑...





☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:30:19 2009) 提到:

我老板就不怎么忽悠。。。然后实验室10个人忙活2-3年都没啥东西
估计再不忽悠就破产了:(
【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 我kao,你这比一般的劝退贴感觉狠多了.
: 现在还有没有从来不忽悠的实验室的?





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:30:29 2009) 提到:

我觉得没有了...但是这无所谓阿 总还有忽悠的少的或者有事实基础的忽悠不是?
这些就够了


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 我kao,你这比一般的劝退贴感觉狠多了.
: 现在还有没有从来不忽悠的实验室的?





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:31:32 2009) 提到:

你这系统和以前的virus based method有啥优势呢?因为有drug inducible?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 偶最近在狂design工具,但说无妨, drug inducible lentiviral system, tri-
: cistron, cre-loxp dependent.
: 然后你就可以打一针lentivirus, 想silent 哪里的neuron silent哪里,想敲什么蛋白
: 敲什么蛋白,想怎么rescue怎么
: rescue.
: 然后学习记忆认知social behavior etc, etc, etc,随便看。





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:31:54 2009) 提到:

hhmi还能破产,
不过说真的,02年的时候股市大跌hhmi是大大的缩水了一把,今年会不会再发生涅???


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 我老板就不怎么忽悠。。。然后实验室10个人忙活2-3年都没啥东西
: 估计再不忽悠就破产了:(






☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:32:53 2009) 提到:

dox-inducible, cre-dependent, 我还能同时,超强的表达3蛋白


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 你这系统和以前的virus based method有啥优势呢?因为有drug inducible?






☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:33:19 2009) 提到:

她一个MO的表型在KO里面没有,然后就整天说会被人骂
我就没见过哪个MO的表型可以完全被KO重复出来的,人家照样先发个MO的phenotype,
然后再整个大paper说KO是另外一个phenotype。这年头只要能忽悠的东西就是paper
【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 我老板就不怎么忽悠。。。然后实验室10个人忙活2-3年都没啥东西
: 估计再不忽悠就破产了:(





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:34:13 2009) 提到:

你用啥实现的3蛋白涅?2A system?

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: dox-inducible, cre-dependent, 我还能同时,超强的表达3蛋白





☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:35:18 2009) 提到:

你这其实也不能叫新工具,就几个construct给人家用吧。
不过看着挺适合我老婆的要求的,她要lenti同时表达两个蛋白,一个microRNA,做出
来记得告诉我啊
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: dox-inducible, cre-dependent, 我还能同时,超强的表达3蛋白





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:35:57 2009) 提到:

nonono,
Dual-promoter lentiviral vectors for constitutive and regulated gene
expression in neurons.
Gascón S, Paez-Gomez JA, Díaz-Guerra M, Scheiffele P, Scholl FG.
J Neurosci Methods. 2008 Feb 15;168(1):104-12. Epub 2007 Sep 29.

【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 你用啥实现的3蛋白涅?2A system?






☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:36:26 2009) 提到:

唉对了 你知不知道啥方法能表达多个hairpin RNA? 我想以后可能会需要同时来个
十七八个RNAi...


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 你这其实也不能叫新工具,就几个construct给人家用吧。
: 不过看着挺适合我老婆的要求的,她要lenti同时表达两个蛋白,一个microRNA,做出
: 来记得告诉我啊





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:36:46 2009) 提到:

i c

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: nonono,
: Dual-promoter lentiviral vectors for constitutive and regulated gene
: expression in neurons.
: Gascón S, Paez-Gomez JA, Díaz-Guerra M, Scheiffele P, Scholl FG.
: J Neurosci Methods. 2008 Feb 15;168(1):104-12. Epub 2007 Sep 29.





☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:37:08 2009) 提到:

我现在就能work了,哈哈
我现在供应整个department的lentivirus, md, 谁想用lenti都来找我,烦死了。


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 你这其实也不能叫新工具,就几个construct给人家用吧。
: 不过看着挺适合我老婆的要求的,她要lenti同时表达两个蛋白,一个microRNA,做出
: 来记得告诉我啊






☆─────────────────────────────────────☆
  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:38:12 2009) 提到:

现在看来同时10个肯定没问题。
没试过, though


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 唉对了 你知不知道啥方法能表达多个hairpin RNA? 我想以后可能会需要同时来个
: 十七八个RNAi...






☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:38:51 2009) 提到:

给他们vector自己包去,然后第二个来就说找第一个去要。。。


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我现在就能work了,哈哈
: 我现在供应整个department的lentivirus, md, 谁想用lenti都来找我,烦死了。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:40:11 2009) 提到:

那儿阿,这帮做neuro的对做分子没概念,我还得从头解释。。。。
关于怎么构建载体阿,什么要注意的阿,
老板都说我们得收费咨询了


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 给他们vector自己包去,然后第二个来就说找第一个去要。。。






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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:40:43 2009) 提到:

btw 我现在想做一个c-fos dependent的系统 原理很简单 就是c-fos promoter dr
iven cre然后让细胞表达gfp 这样可以gfp label有AP的neuron 然后结合single n
euron microarray/RNAseq可以确定这个neuron的identity 然后继续研究这一grou
p neuron在这种活性里面的功能。我感觉很多neural circuit不这么做根本做不细
不过可惜c-fos在果蝇里work得不好 single neuron microarray在老鼠里作又太难
了(主要是很深的neuron难取) 说不定最后只能跑到鱼里作 或者在果蝇里面找c-
fos替代物


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 偶最近在狂design工具,但说无妨, drug inducible lentiviral system, tri-
: cistron, cre-loxp dependent.
: 然后你就可以打一针lentivirus, 想silent 哪里的neuron silent哪里,想敲什么蛋白
: 敲什么蛋白,想怎么rescue怎么
: rescue.
: 然后学习记忆认知social behavior etc, etc, etc,随便看。





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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:41:29 2009) 提到:

有啥参考文献没?而且我要in vivo的 siRNA不算阿

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 现在看来同时10个肯定没问题。
: 没试过, though





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:43:59 2009) 提到:

你就平行的塞阿,
siRNA是吧
H1-shRNA-TTTTT, 总长越300bp,lenti 总共可以装8kb,你自己算能装多少个


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 有啥参考文献没?而且我要in vivo的 siRNA不算阿






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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:44:23 2009) 提到:

就是他说的那个死劲塞promoter。。。10个,也不怕撑死啊
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 有啥参考文献没?而且我要in vivo的 siRNA不算阿





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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:45:20 2009) 提到:

他是要在fly里面做transgenic吧。。。原来我在酵母里面做过类似的,就是比较累人
而已,没啥技术含量的
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 你就平行的塞阿,
: siRNA是吧
: H1-shRNA-TTTTT, 总长越300bp,lenti 总共可以装8kb,你自己算能装多少个





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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:45:31 2009) 提到:

i c...

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 你就平行的塞阿,
: siRNA是吧
: H1-shRNA-TTTTT, 总长越300bp,lenti 总共可以装8kb,你自己算能装多少个





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 00:45:37 2009) 提到:

所以俺还是觉得最多塞3个,不要太贪心


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 就是他说的那个死劲塞promoter。。。10个,也不怕撑死啊






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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:48:37 2009) 提到:

俺其实就是有个笨想法 如果做某一phenotype的natural variation 直接拿来做se
quencing 找到所有的区别loci 大概怎么也上百吧 为了确定到底哪些有功能 不如
一次作50%gene的RNAi来看 这样总比象征性的挑几个作proof of principle好...


【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 所以俺还是觉得最多塞3个,不要太贪心





☆─────────────────────────────────────☆
  cnyy (tea) 于 (Fri Jan  9 00:49:32 2009) 提到:

塞多了什么后果,外行地问?
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 所以俺还是觉得最多塞3个,不要太贪心





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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:49:46 2009) 提到:

同问

【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 塞多了什么后果,外行地问?





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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 00:52:02 2009) 提到:

俺较着是因为1,vector装不下,lenti不行,transgenic效率也不行,质粒的copy数也
会下降很快
2,没想好。。。
【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 塞多了什么后果,外行地问?





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  cnyy (tea) 于 (Fri Jan  9 00:53:10 2009) 提到:

假设装得下的情况下呢?有没有什么经验性的观察?
【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 俺较着是因为1,vector装不下,lenti不行,transgenic效率也不行,质粒的copy数也
: 会下降很快
: 2,没想好。。。





☆─────────────────────────────────────☆
  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 00:53:26 2009) 提到:

也可能太长了折叠出问题...所以我一直在想如果有个类似于ires的东西用在RNA上就好了

【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 俺较着是因为1,vector装不下,lenti不行,transgenic效率也不行,质粒的copy数也
: 会下降很快
: 2,没想好。。。





☆─────────────────────────────────────☆
  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 01:04:26 2009) 提到:

我也是,你有兴趣可以尝试一下那些poly-premicroRNA的序列,因为microRNA不是要剪
切才能成pro和mature的,肯定可以有被cut的序列,就是不知道有没有可以被
haipinRNA利用的
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 也可能太长了折叠出问题...所以我一直在想如果有个类似于ires的东西用在RNA上就
好了





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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 01:06:12 2009) 提到:

nodnod 有道理...去找找看 你要有这方面的paper法来看看 hehe



【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 我也是,你有兴趣可以尝试一下那些poly-premicroRNA的序列,因为microRNA不是要剪
: 切才能成pro和mature的,肯定可以有被cut的序列,就是不知道有没有可以被
: haipinRNA利用的
: 好了





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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 01:14:01 2009) 提到:

俺们不做microRNA。。。也就平时看看,你就自己动手吧。sorry
【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: nodnod 有道理...去找找看 你要有这方面的paper法来看看 hehe





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  peoplem (kissss) 于 (Fri Jan  9 01:16:27 2009) 提到:

3x anyway!

【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 俺们不做microRNA。。。也就平时看看,你就自己动手吧。sorry





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  neverthink (nevernetbug) 于 (Fri Jan  9 01:17:45 2009) 提到:

How's your titre? do you have retro version? Do you have GFP with it?

(I assume you know I am talking about in Vivo. In vitro it is just a piece
of cake for any of the application.) I am troubled with some of our vectors
which don't give reliable efficiency and work with some application but not
others, for example our Cre-GFP barely works. Our lentiverson works better
but that's not what we/I want. I am kindly on hold with one study now. Our
retro-IRES-GFP(Gage's version) works well but when you put insert in, it is
not reliable anymore...I tried Ad-Cre-GFP, it surprisingly only infected
dividing cells but the titer was way too high and lots of death...I am
currently asking for SHJ's version(he modified from the gage versions and I
am also thinking to do some modification) and would be super if you have
working ones. BTW, I made lenti/retro vectors can express three genes too or
two plus shRNA but haven't really got chance to test them at all.

BTW, if you are targeting neuron, why not use AAV/HSV? i thought those are
more efficient as they could replicate...
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: nonono,
: Dual-promoter lentiviral vectors for constitutive and regulated gene
: expression in neurons.
: Gascón S, Paez-Gomez JA, Díaz-Guerra M, Scheiffele P, Scholl FG.
: J Neurosci Methods. 2008 Feb 15;168(1):104-12. Epub 2007 Sep 29.





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 02:01:38 2009) 提到:

太多病毒的packaging 效率会下降,比如lentivirus那就是借HIV的外壳把HIV的基因组
换成外源的表达蛋白,加几个
逆转录必须的东西,你装的太多,病毒本身没有能力包装。


【 在 cnyy (tea) 的大作中提到: 】
: 塞多了什么后果,外行地问?






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 02:05:59 2009) 提到:

yeah, for in vivo purpose.
you don't need lentiviral, right, i don't need retro at all, so we have different purposes.
for the retro stuff, i don't know how many you can fit in.
cre-GFP doesn't work, so we didn't go that way.


【 在 neverthink (nevernetbug) 的大作中提到: 】
: How's your titre? do you have retro version? Do you have GFP with it?
: (I assume you know I am talking about in Vivo. In vitro it is just a piece
: of cake for any of the application.) I am troubled with some of our
vectors
: which don't give reliable efficiency and work with some application but
not
: others, for example our Cre-GFP barely works. Our lentiverson works better
: but that's not what we/I want. I am kindly on hold with one study now. Our
: retro-IRES-GFP(Gage's version) works well but when you put insert in, it
is
: not reliable anymore...I tried Ad-Cre-GFP, it surprisingly only infected
: dividing cells but the titer was way too high and lots of death...I am
: currently asking for SHJ's version(he modified from the gage versions and
I
: ...................








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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 02:10:30 2009) 提到:

质粒拷贝数不是问题,
lenti进去细胞以后往染色体上面整合,本身并不复制,否则岂不像HIV一样了。


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 俺较着是因为1,vector装不下,lenti不行,transgenic效率也不行,质粒的copy数也
: 会下降很快
: 2,没想好。。。






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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 02:13:49 2009) 提到:

关键就是这样在有限的空间里面放完整的cistron, 然后还要尽可能的模拟基因组内源
基因表达的习惯,具备完全的类
polyA序列,比如WPRE,一个cistron后面不要紧跟另外一个,因为RNA polymeraseII刚
干完活,刚把DNA双链拉上
拉链,你又让人打开。。。。。


【 在 peoplem (kissss) 的大作中提到: 】
: 也可能太长了折叠出问题...所以我一直在想如果有个类似于ires的东西用在RNA上就
好了






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  albertsmwk (Stay in Bio) 于 (Fri Jan  9 02:32:41 2009) 提到:

我说你包病毒大提的时候,只要你病毒titer高,后面我觉得都不怎么影响了
【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 质粒拷贝数不是问题,
: lenti进去细胞以后往染色体上面整合,本身并不复制,否则岂不像HIV一样了。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 12:28:22 2009) 提到:

titer非常牛,一把收200ul,1ul就可以1/12well 里的1million neuron 30%positive.
我后来的生化都是这么做的。


【 在 albertsmwk (Stay in Bio) 的大作中提到: 】
: 我说你包病毒大提的时候,只要你病毒titer高,后面我觉得都不怎么影响了






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  phf (who is who) 于 (Fri Jan  9 12:37:19 2009) 提到:

我也混喜欢这个lentivirus system,效率非常高。但我有个问题,
就是你们上面讨论的多个基因或者RNAi一块上,那你得做多少个
对照才行?尤其是RNAi knock-down's off-target effects那么严重。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: titer非常牛,一把收200ul,1ul就可以1/12well 里的1million neuron 30%
positive.
: 我后来的生化都是这么做的。





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  lanceandfei (La Jolla的云彩) 于 (Fri Jan  9 12:57:28 2009) 提到:

我现在最多上一个RNAi, rescue work就行了,off-target是没法控制的。


【 在 phf (who is who) 的大作中提到: 】
: 我也混喜欢这个lentivirus system,效率非常高。但我有个问题,
: 就是你们上面讨论的多个基因或者RNAi一块上,那你得做多少个
: 对照才行?尤其是RNAi knock-down's off-target effects那么严重。
: positive.






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  phf (who is who) 于 (Fri Jan  9 13:39:12 2009) 提到:

就是好奇,因为你们曾经提到一下子knock-down很多基因。

【 在 lanceandfei (La Jolla的云彩) 的大作中提到: 】
: 我现在最多上一个RNAi, rescue work就行了,off-target是没法控制的。





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  Annie1017 (安) 于 (Fri Jan  9 16:53:22 2009) 提到:

大家都是作neuroscience的呢 来报个到


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